More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3835 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 263 aa  510  1e-144  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  53.64 
 
 		 250 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 203 aa  145  1e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  50 
 
 		 255 aa  144  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  49.08 
 
 		 217 aa  142  6e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6014  PadR-like family transcriptional regulator  54.12 
 
 		 325 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0871441  normal  0.166118 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0619  PadR family transcriptional regulator  53.22 
 
 		 305 aa  138  7.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  0.712803 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  51.03 
 
 		 180 aa  131  9e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4612  PadR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.415527  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2108  transcriptional regulator, PadR-like family  43.4 
 
 		 251 aa  122  7e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.48804 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0796  transcriptional regulator, PadR-like family  47.16 
 
 		 195 aa  119  7e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  45.62 
 
 		 250 aa  116  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  45.12 
 
 		 277 aa  113  3e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5885  transcriptional regulator, PadR-like family  40.82 
 
 		 334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  46.1 
 
 		 316 aa  112  8.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  43.33 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1147  PadR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 240 aa  110  3e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1330  PadR-like family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 240 aa  108  7.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.855689  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  40.12 
 
 		 271 aa  106  4e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5462  PadR-like family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 249 aa  104  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802601 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3245  transcriptional regulator, PadR-like family  43.54 
 
 		 206 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1309  PadR-like family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 189 aa  103  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.123604 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  41.26 
 
 		 219 aa  99.8  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.333889 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  41.3 
 
 		 205 aa  98.6  8e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 213 aa  96.7  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 220 aa  96.3  5e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 220 aa  96.3  5e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3465  transcriptional regulator, PadR-like family  42.66 
 
 		 230 aa  95.9  6e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.236404 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  33.96 
 
 		 195 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  48 
 
 		 176 aa  93.6  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  42.34 
 
 		 183 aa  94  3e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 182 aa  80.5  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 154 aa  80.9  0.00000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  42.86 
 
 		 150 aa  80.5  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  38.58 
 
 		 191 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  43.75 
 
 		 191 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0038  PadR-like family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 141 aa  77.8  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4205  transcriptional regulator PadR-like  39.52 
 
 		 197 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  33.79 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  49.33 
 
 		 131 aa  75.9  0.0000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.735179  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 155 aa  74.3  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1087  PadR-like family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 144 aa  74.7  0.000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.7443 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0364  transcriptional regulator, PadR-like family  45.83 
 
 		 186 aa  73.6  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0411  PadR-like family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 144 aa  73.9  0.000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  40 
 
 		 189 aa  73.6  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1207  transcriptional regulator, PadR-like family  36.97 
 
 		 196 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0563  PadR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 268 aa  71.6  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4307  PadR-like family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 194 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 152 aa  71.6  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0953  PadR-like family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 141 aa  71.6  0.00000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.0000151261  hitchhiker  0.000286609 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 195 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1401  PadR-like family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 141 aa  69.3  0.00000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  42.86 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1021  transcriptional regulator, PadR-like family  35.8 
 
 		 148 aa  68.6  0.0000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3441  PadR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 204 aa  68.6  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3684  transcriptional regulator, PadR-like family  35.64 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1577  PadR-like family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 210 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 215 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0881  PadR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.656788  normal  0.721066 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  45.33 
 
 		 203 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 247 aa  67  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  37.62 
 
 		 114 aa  66.6  0.0000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8287  transcriptional regulator protein-like protein  32.77 
 
 		 243 aa  65.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.504798 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1409  transcriptional regulator protein  45.83 
 
 		 204 aa  64.7  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1087  PadR-like family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  35.61 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2935  transcriptional regulator, PadR-like family  35.48 
 
 		 116 aa  63.5  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000047727  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7568  transcriptional regulator, PadR-like family  43.84 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3375  transcriptional regulator, PadR-like family  35.11 
 
 		 114 aa  62.8  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000695283  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0651  PadR-like family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 150 aa  62.4  0.000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.991167  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0626  PadR-like family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 150 aa  62.4  0.000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0868  PadR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 131 aa  62  0.000000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.343891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3130  PadR-like family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4987  PadR-like family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3678  transcriptional regulator, PadR-like family  38.96 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0792  PadR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 157 aa  60.5  0.00000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3525  PadR family transcriptional regulator  40 
 
 		 181 aa  61.2  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.328828  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4572  PadR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 191 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3562  PadR-like family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 109 aa  60.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2396  transcriptional regulator, PadR-like family  30.3 
 
 		 111 aa  60.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.109028  normal  0.171865 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2191  transcriptional regulator, PadR-like family  40.7 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0106416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5629  transcriptional regulator, PadR-like family  46.77 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.710483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1415  PadR-like family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4355  PadR-like family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 181 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371852 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3281  PadR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3926  transcriptional regulator PadR-like  39.29 
 
 		 196 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.171272 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1092  PadR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 281 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148193 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5137  PadR-like family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 254 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.389503  normal  0.327359 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5149  transcriptional regulator, PadR-like family  35.85 
 
 		 117 aa  58.9  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0918525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3507  transcriptional regulator, PadR family  31.75 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>