More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_2135 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  100 
 
 		 327 aa  664    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  55.18 
 
 		 332 aa  369  1e-101  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  37.69 
 
 		 326 aa  229  3e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  38.94 
 
 		 317 aa  224  2e-57  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  39.81 
 
 		 317 aa  222  6e-57  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  40.62 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  39.81 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  41.01 
 
 		 321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  49.32 
 
 		 322 aa  216  5e-55  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1816  geranyltranstransferase  44.84 
 
 		 321 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.204305  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2209  farnesyltranstransferase  45.16 
 
 		 325 aa  214  1.9999999999999998e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  44.62 
 
 		 320 aa  212  5.999999999999999e-54  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  44.31 
 
 		 324 aa  209  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  41.33 
 
 		 327 aa  208  1e-52  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  43.25 
 
 		 320 aa  204  2e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  38.98 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  38.13 
 
 		 320 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0443  Dimethylallyltranstransferase  42.04 
 
 		 349 aa  191  2e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.843643  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2538  Dimethylallyltranstransferase  40 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2048  Polyprenyl synthetase  43.03 
 
 		 348 aa  189  7e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.225827  normal  0.179552 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  35.19 
 
 		 321 aa  186  4e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  35.21 
 
 		 323 aa  186  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0416  Polyprenyl synthetase  35.31 
 
 		 332 aa  186  6e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0642376 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  35.76 
 
 		 331 aa  185  9e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  39.2 
 
 		 337 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  33.54 
 
 		 324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0315  Polyprenyl synthetase  35.42 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  37.89 
 
 		 338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  35.67 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  35.41 
 
 		 325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  43.29 
 
 		 325 aa  179  4e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  38.54 
 
 		 338 aa  179  5.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1765  geranyltranstransferase  37.09 
 
 		 330 aa  178  9e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.281488 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5487  polyprenyl synthetase  38.25 
 
 		 359 aa  178  9e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.057481  normal  0.26211 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  38.36 
 
 		 322 aa  178  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  39.32 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  33.12 
 
 		 348 aa  175  9e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2049  Polyprenyl synthetase  37.22 
 
 		 346 aa  174  9.999999999999999e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.000493992  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0383  Polyprenyl synthetase  37.4 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.955565  normal  0.0650374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  35.22 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  31.35 
 
 		 323 aa  173  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  35.22 
 
 		 340 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  35.89 
 
 		 327 aa  172  5e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0685  GCN5-related N-acetyltransferase  41.87 
 
 		 322 aa  172  7.999999999999999e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.27357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  33.23 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  37.61 
 
 		 336 aa  170  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  35.16 
 
 		 322 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  33.84 
 
 		 322 aa  171  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  32.59 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  32.59 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  32.59 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  32.59 
 
 		 323 aa  170  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  32.59 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  34.53 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  32.59 
 
 		 370 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  36.92 
 
 		 322 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  32.59 
 
 		 323 aa  170  4e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  32.59 
 
 		 323 aa  170  4e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  32.59 
 
 		 323 aa  170  4e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  32.59 
 
 		 323 aa  170  4e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  32.59 
 
 		 323 aa  170  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  32.59 
 
 		 323 aa  170  4e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  36.92 
 
 		 322 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  32.59 
 
 		 323 aa  170  4e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  31.23 
 
 		 323 aa  168  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  32.29 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  33.33 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  32.97 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  38.94 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  31.86 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2027  trans-hexaprenyltranstransferase  38.66 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  33.44 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1235  Polyprenyl synthetase  40.08 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  33.95 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  37.61 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  38.94 
 
 		 333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  38.94 
 
 		 333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  35.84 
 
 		 322 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3918  dimethylallyltranstransferase  37.5 
 
 		 342 aa  166  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996484 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  33.46 
 
 		 323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  33.54 
 
 		 328 aa  166  5.9999999999999996e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  30.41 
 
 		 323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  36.1 
 
 		 336 aa  166  6.9999999999999995e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1267  farnesyltranstransferase  33.33 
 
 		 327 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000414362  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  33.54 
 
 		 340 aa  165  8e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0833  trans-hexaprenyltranstransferase  35.12 
 
 		 322 aa  165  9e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  30.74 
 
 		 322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  33.74 
 
 		 327 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  33.33 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.45 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  34.17 
 
 		 322 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  34.44 
 
 		 345 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  36.46 
 
 		 336 aa  163  3e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  34.17 
 
 		 322 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  34.17 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4378  Polyprenyl synthetase  36.15 
 
 		 345 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  30.55 
 
 		 322 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  36.19 
 
 		 339 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  35.29 
 
 		 336 aa  162  7e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  37.28 
 
 		 322 aa  162  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>