More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mfl563 on replicon NC_006055
Organism: Mesoplasma florum L1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006055  Mfl563  23S rRNA pseudouridine synthase  100 
 
 
323 aa  654    Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0451901  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0714  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.7 
 
 
302 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.13188  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  32.74 
 
 
324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  32.74 
 
 
324 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1962  RluA family pseudouridine synthase  32.19 
 
 
320 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000134652  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  33.01 
 
 
303 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf012  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.37 
 
 
277 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0893  pseudouridine synthase, RluA family  31.09 
 
 
318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  31.06 
 
 
293 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0123  pseudouridine synthase  31.42 
 
 
315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.352108  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22770  pseudouridine synthase, RluA family  28.21 
 
 
318 aa  110  3e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.191328  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  28.11 
 
 
339 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  32.04 
 
 
303 aa  108  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  30.91 
 
 
323 aa  106  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  30.6 
 
 
304 aa  104  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  31.65 
 
 
317 aa  104  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2789  RluA family pseudouridine synthase  29.07 
 
 
346 aa  103  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.62 
 
 
318 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  27.41 
 
 
339 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  29.77 
 
 
304 aa  101  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  27.24 
 
 
344 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.3 
 
 
318 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  27.41 
 
 
339 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  27.24 
 
 
344 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  26.54 
 
 
344 aa  99.4  7e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.41 
 
 
327 aa  99.4  7e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  26.76 
 
 
316 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.33 
 
 
339 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  26.76 
 
 
334 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  26.76 
 
 
334 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1557  pseudouridine synthase  29.12 
 
 
311 aa  97.1  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.343366  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  27.61 
 
 
364 aa  97.1  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.66 
 
 
305 aa  96.7  5e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.45 
 
 
332 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.71 
 
 
352 aa  96.3  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.16 
 
 
338 aa  96.3  7e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  25.45 
 
 
308 aa  96.3  7e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  25.85 
 
 
316 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0929  pseudouridine synthase  30.91 
 
 
280 aa  95.5  1e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  25.81 
 
 
308 aa  95.5  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  26.59 
 
 
331 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.21 
 
 
323 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  26.16 
 
 
343 aa  94.7  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  25.85 
 
 
338 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.03 
 
 
318 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.97 
 
 
307 aa  94  3e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0445  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.99 
 
 
322 aa  93.6  4e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  25 
 
 
334 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1387  RNA pseudouridylate synthase family protein  26.94 
 
 
305 aa  93.2  5e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  24.65 
 
 
334 aa  93.2  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1358  pseudouridine synthase, RluA family  26.67 
 
 
303 aa  92.4  8e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.364414  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  24.3 
 
 
334 aa  92.4  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.12 
 
 
296 aa  92  1e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  24.92 
 
 
330 aa  92.4  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  25.59 
 
 
353 aa  92  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  26.28 
 
 
318 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  26.42 
 
 
341 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2844  pseudouridine synthase, RluD  28.24 
 
 
324 aa  90.5  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.546073  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  25.25 
 
 
334 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.52 
 
 
303 aa  90.9  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  26.71 
 
 
318 aa  90.5  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  28.57 
 
 
302 aa  90.9  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  26.03 
 
 
333 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  26.91 
 
 
320 aa  90.1  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  25.94 
 
 
326 aa  90.1  4e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  26.03 
 
 
333 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  23.83 
 
 
319 aa  90.1  5e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.25 
 
 
322 aa  89.7  5e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  26.86 
 
 
304 aa  89.7  5e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  26.03 
 
 
333 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  26.83 
 
 
331 aa  89.7  6e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.25 
 
 
322 aa  89.4  7e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  28.24 
 
 
322 aa  89  9e-17  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.74 
 
 
296 aa  89  9e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1416  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.25 
 
 
322 aa  88.6  1e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  25.08 
 
 
319 aa  89  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  28.43 
 
 
305 aa  88.6  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.48 
 
 
322 aa  88.6  1e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  24.09 
 
 
320 aa  89  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.3 
 
 
315 aa  88.2  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  26 
 
 
319 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  30.11 
 
 
305 aa  88.2  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  25.74 
 
 
319 aa  87.8  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  30.11 
 
 
305 aa  88.2  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1158  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  29.03 
 
 
299 aa  87.8  2e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  25.74 
 
 
319 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  25.74 
 
 
319 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  25.74 
 
 
319 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  29 
 
 
307 aa  87.4  3e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  25.74 
 
 
319 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  25.74 
 
 
319 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  25.74 
 
 
319 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  25.74 
 
 
319 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  25.99 
 
 
319 aa  87.4  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  25.74 
 
 
319 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  25.33 
 
 
319 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  25.33 
 
 
319 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  25.33 
 
 
319 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  25.33 
 
 
319 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  25.16 
 
 
322 aa  86.7  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>