67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4207 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  100 
 
 		 346 aa  701    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  79.19 
 
 		 342 aa  555  1e-157  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  88.74 
 
 		 346 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6773  hypothetical protein  58.46 
 
 		 308 aa  268  8e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1179  hypothetical protein  61.95 
 
 		 343 aa  261  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.983645  normal  0.0540579 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6774  peptidase metallopeptidase  65.7 
 
 		 641 aa  260  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.486131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5071  triple helix repeat-containing collagen  77.61 
 
 		 465 aa  211  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0278582  normal  0.141411 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  40.12 
 
 		 469 aa  211  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4889  hypothetical protein  44.37 
 
 		 447 aa  196  7e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2113  hypothetical protein  46.09 
 
 		 493 aa  170  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  0.126619 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  38.75 
 
 		 418 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5397  hypothetical protein  55.26 
 
 		 465 aa  152  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  43.62 
 
 		 1050 aa  150  4e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4881  Collagen triple helix repeat protein  41.94 
 
 		 743 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1987  hypothetical protein  39.9 
 
 		 499 aa  143  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5751  hypothetical protein  46.11 
 
 		 363 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3487  triple helix repeat-containing collagen  44.21 
 
 		 848 aa  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18885 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  37.79 
 
 		 452 aa  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2422  hypothetical protein  38.42 
 
 		 283 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.756462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1763  hypothetical protein  42.93 
 
 		 516 aa  125  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.85755  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2619  hypothetical protein  38.5 
 
 		 460 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0605452  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0641  hypothetical protein  41.61 
 
 		 594 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00375147  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0421  hypothetical protein  37.05 
 
 		 738 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0663  hypothetical protein  39.66 
 
 		 1503 aa  106  5e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.994599  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3940  hypothetical protein  41.26 
 
 		 273 aa  99.8  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  40.56 
 
 		 833 aa  98.2  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  30.66 
 
 		 340 aa  98.2  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  37.64 
 
 		 561 aa  96.3  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  37.82 
 
 		 220 aa  96.3  7e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  41.26 
 
 		 207 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  41.26 
 
 		 207 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0722  hypothetical protein  40.56 
 
 		 266 aa  94  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0772  hypothetical protein  40.56 
 
 		 266 aa  94.4  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.585439  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3681  hemolysin-type calcium-binding protein  39.31 
 
 		 1462 aa  92.8  8e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  31.75 
 
 		 950 aa  92.4  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  40 
 
 		 792 aa  92.4  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0010  hypothetical protein  42.76 
 
 		 425 aa  91.3  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  41.38 
 
 		 369 aa  91.3  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  40.69 
 
 		 589 aa  90.1  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  36.81 
 
 		 232 aa  90.1  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0264  hypothetical protein  39.01 
 
 		 352 aa  90.1  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3000  hypothetical protein  32.27 
 
 		 526 aa  88.6  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3178  hypothetical protein  36.81 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.187373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0953  hypothetical protein  34.64 
 
 		 364 aa  85.1  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1453  hypothetical protein  32.12 
 
 		 387 aa  84.3  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.445258 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4817  hypothetical protein  34.29 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.542662 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1272  hypothetical protein  39.86 
 
 		 351 aa  82.8  0.000000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0353  hypothetical protein  38.82 
 
 		 530 aa  82  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3087  hypothetical protein  36.84 
 
 		 477 aa  81.3  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1505  hypothetical protein  30.69 
 
 		 398 aa  80.1  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0183734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0306  hypothetical protein  30.86 
 
 		 644 aa  79.3  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.919182  decreased coverage  0.00578351 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  37.5 
 
 		 353 aa  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0133  putative type I secretion target repeat protein  37.93 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3159  hypothetical protein  32.64 
 
 		 322 aa  77.4  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1283  hypothetical protein  63.93 
 
 		 190 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00921825  normal  0.841233 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0232  hypothetical protein  37.66 
 
 		 356 aa  76.6  0.0000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1206  hypothetical protein  33.73 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  33.1 
 
 		 1043 aa  75.9  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2690  hemolysin-type calcium-binding region  35.81 
 
 		 767 aa  73.9  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.969151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0234  hypothetical protein  37.76 
 
 		 354 aa  72.8  0.000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1804  hypothetical protein  35.54 
 
 		 338 aa  67  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.269337  normal  0.0111784 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0807  hypothetical protein  34.52 
 
 		 342 aa  64.3  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.219261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1488  hemolysin-type calcium-binding region  33.57 
 
 		 854 aa  61.6  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2421  hypothetical protein  43.53 
 
 		 85 aa  56.2  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.992281 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0616  hypothetical protein  28.73 
 
 		 255 aa  52.8  0.000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1159  hypothetical protein  33.61 
 
 		 172 aa  48.9  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2968  hypothetical protein  41.86 
 
 		 197 aa  46.2  0.0009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>