58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4817 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4817  hypothetical protein  100 
 
 		 212 aa  432  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.542662 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3940  hypothetical protein  46.67 
 
 		 273 aa  192  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0722  hypothetical protein  48.58 
 
 		 266 aa  192  3e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0772  hypothetical protein  48.82 
 
 		 266 aa  191  5e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.585439  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3178  hypothetical protein  44.34 
 
 		 292 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.187373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  38.71 
 
 		 452 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  36.13 
 
 		 418 aa  108  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1763  hypothetical protein  39.35 
 
 		 516 aa  106  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.85755  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2422  hypothetical protein  32.28 
 
 		 283 aa  103  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.756462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1987  hypothetical protein  34.48 
 
 		 499 aa  100  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4881  Collagen triple helix repeat protein  34.71 
 
 		 743 aa  98.6  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2113  hypothetical protein  36.36 
 
 		 493 aa  96.7  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  0.126619 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  36.57 
 
 		 346 aa  95.9  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5397  hypothetical protein  36 
 
 		 465 aa  94.7  9e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  36 
 
 		 342 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5751  hypothetical protein  36.96 
 
 		 363 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4889  hypothetical protein  36 
 
 		 447 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6773  hypothetical protein  35.96 
 
 		 308 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0421  hypothetical protein  36.13 
 
 		 738 aa  92.4  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2619  hypothetical protein  31.98 
 
 		 460 aa  90.9  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0605452  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1179  hypothetical protein  32.29 
 
 		 343 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.983645  normal  0.0540579 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  33.14 
 
 		 1050 aa  89  5e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3487  triple helix repeat-containing collagen  37.42 
 
 		 848 aa  87  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18885 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0641  hypothetical protein  34.67 
 
 		 594 aa  85.1  7e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00375147  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5071  triple helix repeat-containing collagen  35.67 
 
 		 465 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0278582  normal  0.141411 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  34.29 
 
 		 346 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  33.1 
 
 		 469 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0306  hypothetical protein  30.07 
 
 		 644 aa  74.7  0.0000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.919182  decreased coverage  0.00578351 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6774  peptidase metallopeptidase  32.42 
 
 		 641 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.486131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3159  hypothetical protein  31.72 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0133  putative type I secretion target repeat protein  35.17 
 
 		 319 aa  64.7  0.0000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  31.29 
 
 		 833 aa  64.3  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  31.97 
 
 		 561 aa  63.2  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3681  hemolysin-type calcium-binding protein  27.33 
 
 		 1462 aa  62.8  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  30.94 
 
 		 950 aa  62.4  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  26.67 
 
 		 792 aa  61.6  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0663  hypothetical protein  31.21 
 
 		 1503 aa  61.6  0.000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.994599  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0264  hypothetical protein  30.71 
 
 		 352 aa  59.7  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  29.33 
 
 		 589 aa  58.9  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0353  hypothetical protein  28.67 
 
 		 530 aa  58.5  0.00000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  28.28 
 
 		 220 aa  58.5  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  28.08 
 
 		 353 aa  57  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  27.22 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0010  hypothetical protein  28.31 
 
 		 425 aa  55.1  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1804  hypothetical protein  32.19 
 
 		 338 aa  55.1  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.269337  normal  0.0111784 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1206  hypothetical protein  28.29 
 
 		 332 aa  54.3  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0953  hypothetical protein  29.81 
 
 		 364 aa  53.5  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2690  hemolysin-type calcium-binding region  26.9 
 
 		 767 aa  53.1  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.969151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  31.22 
 
 		 340 aa  52.4  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  26.03 
 
 		 1043 aa  52  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  26.9 
 
 		 207 aa  52  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  26.32 
 
 		 207 aa  52  0.000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1283  hypothetical protein  36.51 
 
 		 190 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00921825  normal  0.841233 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1488  hemolysin-type calcium-binding region  25.34 
 
 		 854 aa  45.4  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1272  hypothetical protein  24.66 
 
 		 351 aa  45.1  0.0008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0232  hypothetical protein  26 
 
 		 356 aa  44.7  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  24.83 
 
 		 369 aa  43.5  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2997  hypothetical protein  26.76 
 
 		 365 aa  42.7  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.516476 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>