30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1159 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1159  hypothetical protein  100 
 
 		 172 aa  350  5e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  31.69 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6773  hypothetical protein  32.06 
 
 		 308 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  36.7 
 
 		 346 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  29.58 
 
 		 207 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  35.37 
 
 		 792 aa  52.8  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  29.5 
 
 		 207 aa  52.4  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  31.34 
 
 		 1050 aa  50.1  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  35.23 
 
 		 418 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1763  hypothetical protein  41.98 
 
 		 516 aa  48.5  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.85755  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  33.61 
 
 		 346 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  37.21 
 
 		 561 aa  47.8  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5071  triple helix repeat-containing collagen  40.48 
 
 		 465 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0278582  normal  0.141411 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6774  peptidase metallopeptidase  32.11 
 
 		 641 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.486131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  28.16 
 
 		 220 aa  46.6  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3681  hemolysin-type calcium-binding protein  32.22 
 
 		 1462 aa  46.6  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1179  hypothetical protein  29.52 
 
 		 343 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.983645  normal  0.0540579 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  39.76 
 
 		 833 aa  45.8  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  38.1 
 
 		 340 aa  45.4  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  37.08 
 
 		 353 aa  45.1  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  32.71 
 
 		 342 aa  44.7  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  35.71 
 
 		 452 aa  43.5  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  35.37 
 
 		 469 aa  43.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2422  hypothetical protein  35.53 
 
 		 283 aa  43.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.756462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  32.93 
 
 		 369 aa  42.7  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3487  triple helix repeat-containing collagen  36.56 
 
 		 848 aa  42  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18885 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2113  hypothetical protein  31.4 
 
 		 493 aa  42  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  0.126619 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1987  hypothetical protein  36.11 
 
 		 499 aa  42  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4889  hypothetical protein  37.5 
 
 		 447 aa  40.8  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  28.24 
 
 		 1043 aa  40.8  0.01  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>