248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCAP_0058 on replicon NC_007633
Organism: Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007633  MCAP_0058  N utilization substance protein B (nusB), putative  100 
 
 		 132 aa  261  2e-69  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl332  transcription termination factor  54.96 
 
 		 134 aa  142  1e-33  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000254832  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0405  transcription antitermination protein NusB  36 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0431  transcription antitermination protein NusB  36 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.232136  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1576  transcription antitermination protein NusB  35.2 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0722  transcription termination factor  37.8 
 
 		 325 aa  62  0.000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  27.61 
 
 		 143 aa  60.5  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  26.77 
 
 		 146 aa  60.5  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  39.02 
 
 		 162 aa  60.5  0.000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  39.02 
 
 		 162 aa  60.5  0.000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  28.36 
 
 		 163 aa  60.8  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  39.02 
 
 		 162 aa  60.5  0.000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0541  transcription antitermination protein NusB  36 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  29.27 
 
 		 141 aa  58.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  37.8 
 
 		 164 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf181  transcription termination factor  38.89 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.227846  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12553  transcription antitermination protein NusB  44.26 
 
 		 156 aa  58.2  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0342122 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17920  NusB antitermination factor  38.96 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.552235  normal  0.618471 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1333  transcription antitermination protein NusB  45 
 
 		 131 aa  58.2  0.00000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3008  NusB antitermination factor  40.28 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.147146 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08000  transcription antitermination factor NusB  30.16 
 
 		 183 aa  57.4  0.00000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000357479 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1085  transcription antitermination protein NusB  47.46 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.770091  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1657  transcription antitermination protein NusB  30.99 
 
 		 136 aa  56.6  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  32.2 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1747  transcription antitermination factor NusB  30.71 
 
 		 136 aa  55.5  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  25.74 
 
 		 157 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  41.67 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0403  transcription antitermination protein NusB  28.57 
 
 		 132 aa  55.5  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12640  transcription antitermination factor NusB  41.94 
 
 		 150 aa  55.1  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0196868  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2942  NusB antitermination factor  25.2 
 
 		 138 aa  54.7  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000122519  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  37.68 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  25.17 
 
 		 153 aa  54.7  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  41.67 
 
 		 195 aa  54.7  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  27.94 
 
 		 156 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12640  NusB antitermination factor  39.53 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0537288 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  27.21 
 
 		 156 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  29.46 
 
 		 134 aa  54.3  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1391  NusB antitermination factor  39.19 
 
 		 144 aa  53.9  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.243809  normal  0.057141 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  32.33 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  32.33 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  32.33 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  32.33 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  25 
 
 		 157 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  32.33 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  25 
 
 		 155 aa  53.9  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  26.12 
 
 		 142 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  41.33 
 
 		 141 aa  53.9  0.0000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  26.12 
 
 		 142 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  26.12 
 
 		 142 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  30.12 
 
 		 160 aa  53.5  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4342  transcription antitermination protein NusB  38.57 
 
 		 209 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0030  transcription antitermination protein NusB  43.33 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1839  NusB antitermination factor  32.89 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.156187  normal  0.178844 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  42.03 
 
 		 160 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1328  NusB antitermination factor  39.44 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.732904  normal  0.808756 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  26.95 
 
 		 159 aa  53.5  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2418  transcription antitermination factor NusB  37.5 
 
 		 135 aa  53.1  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.136308  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1706  NusB antitermination factor  39.06 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188231  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1583  transcription antitermination protein NusB  44.26 
 
 		 129 aa  52.8  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00456723  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1616  transcription antitermination protein NusB  44.26 
 
 		 129 aa  52.8  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000103725  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0164  NusB antitermination factor  24.81 
 
 		 165 aa  52.8  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  31.58 
 
 		 134 aa  52  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  28.68 
 
 		 134 aa  52  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0768  transcription antitermination protein NusB  31.3 
 
 		 167 aa  52  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  31.58 
 
 		 134 aa  52  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  31.58 
 
 		 134 aa  52  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  38.96 
 
 		 134 aa  51.6  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  31.58 
 
 		 134 aa  52  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  25.9 
 
 		 153 aa  51.6  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2032  NusB antitermination factor  35.94 
 
 		 153 aa  52  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0272583 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  29.01 
 
 		 133 aa  51.2  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2006  NusB antitermination factor  37.1 
 
 		 136 aa  51.2  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000909018 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0711  transcription antitermination protein NusB  29.71 
 
 		 161 aa  50.8  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.872315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  28.03 
 
 		 154 aa  51.2  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  27.69 
 
 		 134 aa  50.8  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0704  transcription antitermination protein NusB  30.22 
 
 		 155 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  0.913014 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  24.26 
 
 		 169 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  42.62 
 
 		 135 aa  50.8  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  27.13 
 
 		 171 aa  50.8  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2394  NusB antitermination factor  33.77 
 
 		 145 aa  50.4  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0030  NusB antitermination factor  27.91 
 
 		 165 aa  50.4  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  42.62 
 
 		 135 aa  50.4  0.000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2442  transcription antitermination protein NusB  30.3 
 
 		 145 aa  50.4  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2269  NusB antitermination factor  37.1 
 
 		 136 aa  50.4  0.000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.190221  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2854  transcription antitermination factor NusB  36.23 
 
 		 136 aa  50.4  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.026824  normal  0.0879812 
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  25.58 
 
 		 143 aa  50.4  0.000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2147  transcription antitermination protein NusB  31.06 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  24.81 
 
 		 143 aa  49.7  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1529  transcription antitermination protein NusB  31.06 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34192  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2695  transcription antitermination protein NusB  31.78 
 
 		 171 aa  50.1  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32403  normal  0.840878 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  30.3 
 
 		 134 aa  50.1  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0816  transcription antitermination protein NusB  30.3 
 
 		 145 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0825  transcription antitermination protein NusB  30.3 
 
 		 145 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.61519 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0660  transcription antitermination protein NusB  30.83 
 
 		 155 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0762  transcription antitermination protein NusB  31.06 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  25.58 
 
 		 143 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2595  transcription antitermination protein NusB  31.06 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.694144  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3018  transcription antitermination protein NusB  31.06 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3071  transcription antitermination protein NusB  31.06 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2018  transcription antitermination protein NusB  31.06 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.415369  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>