More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0375 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_2047  alanyl-tRNA synthetase  49.83 
 
 		 889 aa  802    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0621427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3297  alanyl-tRNA synthetase  47.87 
 
 		 891 aa  773    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000320998  normal  0.10569 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00471  alanyl-tRNA synthetase  39.09 
 
 		 886 aa  643    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1351  alanyl-tRNA synthetase  57.09 
 
 		 895 aa  999    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1689  alanyl-tRNA synthetase  57.27 
 
 		 895 aa  969    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.153123  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2070  alanyl-tRNA synthetase  50.39 
 
 		 889 aa  837    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.450401  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17690  alanyl-tRNA synthetase  56.54 
 
 		 895 aa  989    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.010603  normal  0.139761 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3878  alanyl-tRNA synthetase  48.04 
 
 		 885 aa  780    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.785303  normal  0.718927 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2640  alanyl-tRNA synthetase  46.4 
 
 		 898 aa  731    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.747101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16360  alanyl-tRNA synthetase  50.5 
 
 		 902 aa  899    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2135  alanyl-tRNA synthetase  51.29 
 
 		 889 aa  799    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00198775  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0375  alanine--tRNA ligase  100 
 
 		 894 aa  1833    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1694  alanyl-tRNA synthetase  49.16 
 
 		 892 aa  779    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0569274  normal  0.130258 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3032  alanyl-tRNA synthetase  54.57 
 
 		 893 aa  912    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1818  alanyl-tRNA synthetase  56.16 
 
 		 897 aa  893    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.17806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0045  alanyl-tRNA synthetase  38.98 
 
 		 886 aa  639    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.214669  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2320  alanyl-tRNA synthetase  46.64 
 
 		 900 aa  761    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.871367  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1828  alanyl-tRNA synthetase  47.51 
 
 		 892 aa  802    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2015  alanyl-tRNA synthetase  52.01 
 
 		 898 aa  880    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000286953 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1819  alanyl-tRNA synthetase  47.35 
 
 		 892 aa  801    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000366282 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2014  alanyl-tRNA synthetase  55.13 
 
 		 896 aa  861    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.226707  normal  0.142525 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3214  alanyl-tRNA synthetase  49.71 
 
 		 881 aa  772    Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0063614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12510  alanyl-tRNA synthetase  50 
 
 		 893 aa  813    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.617945  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12576  alanyl-tRNA synthetase  44.98 
 
 		 904 aa  717    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.251019  normal  0.0860525 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2387  alanyl-tRNA synthetase  46.55 
 
 		 897 aa  732    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.648952  normal  0.0242506 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00451  alanyl-tRNA synthetase  39.2 
 
 		 886 aa  643    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12720  alanyl-tRNA synthetase  53.05 
 
 		 903 aa  876    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.233264  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5265  alanyl-tRNA synthetase  48.99 
 
 		 890 aa  794    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0616  alanyl-tRNA synthetase  80.29 
 
 		 893 aa  1451    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6094  Alanine--tRNA ligase  49.33 
 
 		 890 aa  780    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0138717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2346  alanyl-tRNA synthetase  46.66 
 
 		 897 aa  734    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.413447  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3200  alanyl-tRNA synthetase  43.88 
 
 		 880 aa  652    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0953243  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3158  alanyl-tRNA synthetase  51 
 
 		 897 aa  849    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.412954  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3763  alanyl-tRNA synthetase  46.29 
 
 		 898 aa  735    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.49187 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1975  alanyl-tRNA synthetase  48 
 
 		 890 aa  792    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.235306  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2378  alanyl-tRNA synthetase  51.45 
 
 		 889 aa  874    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3075  alanyl-tRNA synthetase  51.56 
 
 		 888 aa  836    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.314973 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2278  alanyl-tRNA synthetase  52.13 
 
 		 892 aa  875    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00416969  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15270  alanyl-tRNA synthetase  49.39 
 
 		 888 aa  813    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0205422  normal  0.854238 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1330  alanyl-tRNA synthetase  50.29 
 
 		 886 aa  780    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0429057  normal  0.324853 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2407  alanyl-tRNA synthetase  51.88 
 
 		 896 aa  840    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.714506  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2393  alanyl-tRNA synthetase  46.66 
 
 		 897 aa  734    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.545162 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2268  alanyl-tRNA synthetase  40.65 
 
 		 878 aa  628  1e-178  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000149569 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05750  alanyl-tRNA synthetase  41.36 
 
 		 876 aa  624  1e-177  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.214182  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1780  alanyl-tRNA synthetase  40.16 
 
 		 878 aa  624  1e-177  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1331  alanyl-tRNA synthetase  40.31 
 
 		 883 aa  616  1e-175  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.255644  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0146  alanyl-tRNA synthetase  41.43 
 
 		 876 aa  616  1e-175  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0010822  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0769  alanyl-tRNA synthetase  40.38 
 
 		 878 aa  612  1e-173  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0610904  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1052  alanyl-tRNA synthetase  41.56 
 
 		 877 aa  609  1e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.103695 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0934  alanyl-tRNA synthetase  41.56 
 
 		 877 aa  609  1e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0912  alanyl-tRNA synthetase  40.93 
 
 		 880 aa  607  9.999999999999999e-173  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00106674  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00511  alanyl-tRNA synthetase  38.06 
 
 		 886 aa  607  9.999999999999999e-173  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2096  alanyl-tRNA synthetase  40.78 
 
 		 879 aa  605  1.0000000000000001e-171  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.224522  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1281  alanyl-tRNA synthetase  40.49 
 
 		 859 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4806  alanyl-tRNA synthetase  41.57 
 
 		 874 aa  605  1.0000000000000001e-171  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00251805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1489  alanyl-tRNA synthetase  40.7 
 
 		 877 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000163922  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3711  alanyl-tRNA synthetase  40.41 
 
 		 905 aa  602  1.0000000000000001e-171  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.296443  hitchhiker  0.000064855 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1423  alanyl-tRNA synthetase  40.13 
 
 		 879 aa  599  1e-170  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0658  alanyl-tRNA synthetase  39.23 
 
 		 889 aa  602  1e-170  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1433  alanyl-tRNA synthetase  40.67 
 
 		 863 aa  599  1e-170  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2490  alanyl-tRNA synthetase  41.68 
 
 		 877 aa  602  1e-170  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000298908  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3088  alanyl-tRNA synthetase  38.65 
 
 		 880 aa  598  1e-169  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.150623  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0962  alanyl-tRNA synthetase  42.02 
 
 		 878 aa  598  1e-169  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2557  alanyl-tRNA synthetase  41.28 
 
 		 887 aa  598  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243689  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3223  alanyl-tRNA synthetase  39.76 
 
 		 931 aa  593  1e-168  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2026  alanyl-tRNA synthetase  41.03 
 
 		 879 aa  593  1e-168  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0668165  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1387  alanyl-tRNA synthetase  40.45 
 
 		 863 aa  593  1e-168  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115833  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1452  alanyl-tRNA synthetase  39.91 
 
 		 879 aa  593  1e-168  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1521  alanyl-tRNA synthetase  41.78 
 
 		 887 aa  595  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1008  alanyl-tRNA synthetase  39.91 
 
 		 884 aa  595  1e-168  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5448  alanyl-tRNA synthetase  40.22 
 
 		 896 aa  592  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.10309 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0620  alanyl-tRNA synthetase  38.58 
 
 		 876 aa  591  1e-167  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0201  alanyl-tRNA synthetase  41.07 
 
 		 876 aa  592  1e-167  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0035752 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1644  alanyl-tRNA synthetase  40.62 
 
 		 881 aa  589  1e-167  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.859756  normal  0.0937796 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1033  alanyl-tRNA synthetase  39.75 
 
 		 882 aa  590  1e-167  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0389  alanyl-tRNA synthetase  41.07 
 
 		 867 aa  587  1e-166  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2617  alanyl-tRNA synthetase  41 
 
 		 879 aa  588  1e-166  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00109675  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0226  alanyl-tRNA synthetase  39.1 
 
 		 880 aa  587  1e-166  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.821584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3154  alanyl-tRNA synthetase  40.04 
 
 		 876 aa  588  1e-166  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1653  alanyl-tRNA synthetase  39.2 
 
 		 863 aa  586  1e-166  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.149949  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1167  alanyl-tRNA synthetase  38 
 
 		 885 aa  588  1e-166  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0050  alanyl-tRNA synthetase  41.08 
 
 		 871 aa  584  1.0000000000000001e-165  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1279  alanyl-tRNA synthetase  41.53 
 
 		 881 aa  583  1.0000000000000001e-165  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302491  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_50  alanyl-tRNA synthetase  40.97 
 
 		 876 aa  585  1.0000000000000001e-165  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000334801  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3565  alanyl-tRNA synthetase  40.68 
 
 		 875 aa  583  1.0000000000000001e-165  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000341381  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0898  alanyl-tRNA synthetase  38.51 
 
 		 881 aa  584  1.0000000000000001e-165  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1675  alanyl-tRNA synthetase  38.73 
 
 		 876 aa  585  1.0000000000000001e-165  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.131241  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32618  predicted protein  41.24 
 
 		 906 aa  585  1.0000000000000001e-165  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.63515 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0951  alanyl-tRNA synthetase  42.77 
 
 		 854 aa  583  1.0000000000000001e-165  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.197115  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1709  alanyl-tRNA synthetase  38.73 
 
 		 876 aa  585  1.0000000000000001e-165  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.314343  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0047  alanyl-tRNA synthetase  41.05 
 
 		 871 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.620417  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2740  alanyl-tRNA synthetase  39.4 
 
 		 870 aa  584  1.0000000000000001e-165  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2168  alanyl-tRNA synthetase  39.96 
 
 		 884 aa  582  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.176955  normal  0.0912251 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0148  alanyl-tRNA synthetase  41.32 
 
 		 875 aa  582  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.379709  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1182  alanyl-tRNA synthetase  38.17 
 
 		 876 aa  582  1e-164  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0457  alanyl-tRNA synthetase  39.51 
 
 		 881 aa  581  1e-164  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28371  alanyl-tRNA synthetase  39.82 
 
 		 930 aa  581  1e-164  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.578023 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1120  alanyl-tRNA synthetase  38.81 
 
 		 874 aa  582  1e-164  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00495062  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3101  alanyl-tRNA synthetase  40.32 
 
 		 880 aa  579  1e-164  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.438368  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0013  alanyl-tRNA synthetase  39.71 
 
 		 878 aa  579  1e-164  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>