More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0245 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0245  radical SAM family protein  100 
 
 		 502 aa  1002    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000162793  hitchhiker  0.0000142762 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2989  Radical SAM domain protein  65.87 
 
 		 500 aa  671    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  76.29 
 
 		 429 aa  622  1e-177  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  58.05 
 
 		 503 aa  590  1e-167  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  40.68 
 
 		 531 aa  305  9.000000000000001e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2450  radical SAM domain-containing protein  27.02 
 
 		 590 aa  136  9.999999999999999e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.271447 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  29.65 
 
 		 716 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2210  radical SAM domain-containing protein  28.34 
 
 		 565 aa  127  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362097 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  24.04 
 
 		 715 aa  120  6e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2787  Radical SAM domain protein  26.21 
 
 		 732 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.231637  normal  0.0637853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1777  Radical SAM domain protein  25.98 
 
 		 737 aa  111  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.54513 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0112  Fe-S oxidoreductase  26.53 
 
 		 726 aa  104  4e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1855  radical SAM family protein  27.18 
 
 		 638 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.357803 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  36.41 
 
 		 705 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4972  radical SAM domain-containing protein  23.55 
 
 		 738 aa  100  6e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.991033  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0089  Radical SAM domain protein  27.13 
 
 		 643 aa  100  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4370  radical SAM domain-containing protein  26.3 
 
 		 634 aa  100  8e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0105  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 636 aa  99  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1420  radical SAM domain-containing protein  27.43 
 
 		 632 aa  98.2  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0070  Radical SAM domain protein  27.18 
 
 		 635 aa  96.7  8e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0050  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 707 aa  95.1  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3586  Radical SAM domain protein  24.19 
 
 		 732 aa  93.6  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00751133 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3570  radical SAM domain-containing protein  26.85 
 
 		 658 aa  93.6  7e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370781  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3504  radical SAM domain-containing protein  23.6 
 
 		 646 aa  93.6  8e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.596547 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0246  radical SAM domain-containing protein  26.03 
 
 		 647 aa  93.2  9e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1155  radical SAM family protein  26.64 
 
 		 658 aa  92  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2276  radical SAM domain-containing protein  25.95 
 
 		 642 aa  90.9  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.315011  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1481  radical SAM family protein  25.26 
 
 		 644 aa  89.4  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.177835  normal  0.151823 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  24.49 
 
 		 548 aa  80.9  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 473 aa  78.6  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  24.17 
 
 		 540 aa  78.2  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24.44 
 
 		 459 aa  77.8  0.0000000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.09 
 
 		 478 aa  77.4  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  26.51 
 
 		 518 aa  76.6  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  28.63 
 
 		 450 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  24.34 
 
 		 462 aa  74.3  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  30.43 
 
 		 475 aa  73.9  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  26.32 
 
 		 459 aa  73.2  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  28.11 
 
 		 501 aa  72.4  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  26.03 
 
 		 520 aa  71.6  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  21.99 
 
 		 441 aa  71.6  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.66 
 
 		 485 aa  71.2  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1779  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.55 
 
 		 476 aa  70.9  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2120  radical SAM domain protein  26.55 
 
 		 476 aa  70.9  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.323478  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  28.84 
 
 		 495 aa  70.5  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.29 
 
 		 471 aa  70.5  0.00000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  21.99 
 
 		 441 aa  70.5  0.00000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  22.89 
 
 		 425 aa  70.1  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  23.96 
 
 		 472 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  26.55 
 
 		 474 aa  69.3  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 521 aa  68.9  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.3 
 
 		 465 aa  69.3  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  23.23 
 
 		 473 aa  68.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  30.6 
 
 		 497 aa  69.3  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 		 451 aa  68.6  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  24.49 
 
 		 470 aa  68.2  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  28.25 
 
 		 467 aa  67  0.0000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  30.34 
 
 		 469 aa  67  0.0000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  24.58 
 
 		 541 aa  67  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  30.99 
 
 		 424 aa  66.2  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.89 
 
 		 461 aa  66.2  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  25.98 
 
 		 476 aa  66.6  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  25.67 
 
 		 681 aa  66.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.41 
 
 		 474 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.01 
 
 		 474 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.09 
 
 		 476 aa  65.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00191  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  27.98 
 
 		 506 aa  65.9  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  25.45 
 
 		 583 aa  65.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  28.5 
 
 		 476 aa  65.9  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  29.94 
 
 		 469 aa  65.9  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3764  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.41 
 
 		 474 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.427217  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  25.38 
 
 		 529 aa  65.1  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  24.01 
 
 		 1250 aa  64.7  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  24.2 
 
 		 576 aa  64.3  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  26.42 
 
 		 470 aa  64.3  0.000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  26.29 
 
 		 462 aa  64.3  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  22.73 
 
 		 474 aa  63.9  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1133  radical SAM family protein  25.59 
 
 		 656 aa  63.9  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0262562 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.4 
 
 		 535 aa  63.9  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 		 468 aa  63.9  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  21.57 
 
 		 552 aa  63.5  0.000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  24.2 
 
 		 576 aa  63.5  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.53 
 
 		 479 aa  63.5  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  26.44 
 
 		 520 aa  63.5  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.53 
 
 		 479 aa  63.5  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.68 
 
 		 472 aa  63.2  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1626  Radical SAM domain protein  23.47 
 
 		 655 aa  63.2  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  22.86 
 
 		 446 aa  62.8  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0879  radical SAM family Fe-S protein  27.09 
 
 		 488 aa  62.8  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.293304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  27.68 
 
 		 467 aa  63.2  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  29.82 
 
 		 424 aa  63.2  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  24.14 
 
 		 426 aa  62.4  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  25.26 
 
 		 484 aa  62.4  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  21.38 
 
 		 468 aa  62  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  28.64 
 
 		 444 aa  62  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  25.41 
 
 		 445 aa  62.4  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0095  radical SAM domain-containing protein  24.37 
 
 		 651 aa  62.4  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0641109 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1463  radical SAM domain-containing protein  23.96 
 
 		 528 aa  62.4  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  25 
 
 		 475 aa  62  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3654  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.54 
 
 		 474 aa  62  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176133  normal  0.0619947 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>