More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2475 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 252 aa  493  9.999999999999999e-139  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.907428  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.48 
 
 		 249 aa  315  5e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.220031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12109  short-chain type dehydrogenase  68.7 
 
 		 249 aa  303  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0969854  normal  0.809118 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.82 
 
 		 246 aa  298  5e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.81 
 
 		 260 aa  298  7e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.362714  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.81 
 
 		 260 aa  298  7e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.257102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.81 
 
 		 260 aa  298  7e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.75 
 
 		 256 aa  295  3e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22830  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  61.35 
 
 		 247 aa  293  2e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.702609 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.29 
 
 		 247 aa  290  2e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0680281  normal  0.231101 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.66 
 
 		 247 aa  250  2e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0286474  normal  0.0317437 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.41 
 
 		 249 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.41 
 
 		 250 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5628  short chain dehydrogenase  46.06 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 		 251 aa  189  5e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.150929 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13825  short chain dehydrogenase  46.03 
 
 		 254 aa  185  6e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01390  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  44.18 
 
 		 251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.253341 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2462  putative short chain dehydrogenase  47.64 
 
 		 255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5001  short chain dehydrogenase  45.7 
 
 		 256 aa  182  3e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5382  short chain dehydrogenase  45.7 
 
 		 256 aa  182  3e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5089  short chain dehydrogenase  45.7 
 
 		 256 aa  182  3e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1177  short chain dehydrogenase  43.7 
 
 		 260 aa  181  8.000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.56412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 		 253 aa  163  3e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 		 257 aa  152  4e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422733 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0143  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 		 243 aa  143  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  40.49 
 
 		 246 aa  142  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 245 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  35.37 
 
 		 246 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4050  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 243 aa  133  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 		 248 aa  130  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  35.77 
 
 		 246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 		 246 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7180  short chain dehydrogenase  38.08 
 
 		 248 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2832  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 		 244 aa  122  5e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0580098  normal  0.214495 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5791  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 		 249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  30.61 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1597  short chain dehydrogenase  38.91 
 
 		 245 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.109463 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1950  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 		 246 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2164  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1026  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 		 270 aa  109  5e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.969015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 		 246 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 		 252 aa  105  1e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 		 243 aa  102  5e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3976  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 		 245 aa  102  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00930617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.47 
 
 		 254 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03335  putative oxidoreductase  25.2 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.472323  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 		 249 aa  99.4  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 		 255 aa  94.4  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.376241  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.88 
 
 		 250 aa  88.6  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  28.92 
 
 		 261 aa  85.5  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.98 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 		 257 aa  84.3  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2596  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.86 
 
 		 287 aa  82.4  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.7335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 		 249 aa  82  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 		 247 aa  81.6  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 		 254 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2218  short chain dehydrogenase  27.17 
 
 		 249 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 		 249 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.786749  normal  0.588294 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  28.35 
 
 		 250 aa  81.3  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 		 254 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.41 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.726547  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  29.53 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.5 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  27.16 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  28.4 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.38 
 
 		 245 aa  75.9  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.12 
 
 		 245 aa  75.9  0.0000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  29.76 
 
 		 250 aa  75.1  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.31 
 
 		 238 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 		 251 aa  73.2  0.000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0994  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  31.53 
 
 		 243 aa  72.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.840356  normal  0.274345 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.27 
 
 		 241 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.914636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  29.6 
 
 		 270 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  26.75 
 
 		 249 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.39 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.11 
 
 		 267 aa  70.1  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1164  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase)  30.41 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.115217  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.06 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  29.2 
 
 		 270 aa  68.9  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.67 
 
 		 277 aa  68.6  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0632  short chain dehydrogenase  26.81 
 
 		 249 aa  68.6  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  26.67 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.05 
 
 		 255 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 		 255 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.841301 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.63 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.46 
 
 		 241 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699599  normal  0.026116 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02915  serine 3-dehydrogenase  33.33 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  25.2 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 		 272 aa  67.8  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  29.27 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.77 
 
 		 253 aa  66.2  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2625  acetoacetyl-CoA reductase  24.76 
 
 		 248 aa  66.2  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.35 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.198108  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3470  acetoacetyl-CoA reductase  27.23 
 
 		 242 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.887481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.68 
 
 		 258 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>