More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0171 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  100 
 
 
246 aa  496  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  84.15 
 
 
246 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  81.3 
 
 
246 aa  417  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  64.63 
 
 
246 aa  316  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  61.79 
 
 
246 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  55.28 
 
 
245 aa  254  8e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.87 
 
 
248 aa  254  1.0000000000000001e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  51.63 
 
 
245 aa  252  3e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  51.63 
 
 
243 aa  223  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
254 aa  223  3e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2832  short chain dehydrogenase  44.44 
 
 
244 aa  194  8.000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0580098  normal  0.214495 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4050  short chain dehydrogenase  41.06 
 
 
243 aa  193  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
247 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  39.27 
 
 
243 aa  186  2e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1950  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
250 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
255 aa  179  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.376241  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
245 aa  175  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1026  short chain dehydrogenase  40.98 
 
 
270 aa  172  5.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.969015  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0143  short chain dehydrogenase  39.75 
 
 
243 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5791  short chain dehydrogenase  42.34 
 
 
249 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1597  short chain dehydrogenase  43.9 
 
 
245 aa  168  8e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.109463 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
254 aa  166  4e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2164  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
247 aa  165  5e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 
244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
249 aa  161  8.000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.726547  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
251 aa  157  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.150929 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22830  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  37.6 
 
 
247 aa  156  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.702609 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7180  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
248 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367118  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3976  short chain dehydrogenase  43.62 
 
 
245 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00930617  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
252 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 
249 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.220031  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
246 aa  135  7.000000000000001e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01390  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  34.98 
 
 
251 aa  131  7.999999999999999e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.253341 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
257 aa  129  4.0000000000000003e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422733 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.257102  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.362714  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
254 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
247 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0680281  normal  0.231101 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  33.74 
 
 
251 aa  126  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12109  short-chain type dehydrogenase  37.92 
 
 
249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0969854  normal  0.809118 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.907428  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
249 aa  124  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03335  putative oxidoreductase  32.41 
 
 
240 aa  122  5e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.472323  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2462  putative short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
256 aa  113  3e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 
247 aa  113  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0286474  normal  0.0317437 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  30.2 
 
 
261 aa  111  8.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  34.14 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5628  short chain dehydrogenase  30.12 
 
 
260 aa  109  3e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391011  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5382  short chain dehydrogenase  32.93 
 
 
256 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5001  short chain dehydrogenase  32.93 
 
 
256 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5089  short chain dehydrogenase  32.93 
 
 
256 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13825  short chain dehydrogenase  31.97 
 
 
254 aa  108  1e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1177  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 
260 aa  108  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.56412  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  32.13 
 
 
260 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 
260 aa  106  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 
249 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  29.51 
 
 
258 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 
249 aa  102  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.786749  normal  0.588294 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
267 aa  102  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
250 aa  102  5e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 
253 aa  102  6e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  29.8 
 
 
260 aa  102  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
249 aa  102  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.63 
 
 
241 aa  102  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.914636  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  30.86 
 
 
260 aa  101  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.22 
 
 
245 aa  101  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  30.95 
 
 
239 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
249 aa  99  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  30.71 
 
 
250 aa  98.6  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.12 
 
 
247 aa  98.2  1e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 
259 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 
247 aa  98.2  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
257 aa  98.2  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  30.04 
 
 
254 aa  97.4  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 
254 aa  97.4  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  30.04 
 
 
270 aa  96.7  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  30.04 
 
 
270 aa  97.1  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  29.92 
 
 
261 aa  96.3  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  29.88 
 
 
267 aa  95.9  5e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1759  hypothetical protein  29.8 
 
 
240 aa  95.9  5e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
249 aa  95.9  5e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000668025  hitchhiker  0.00000185563 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.27 
 
 
242 aa  95.1  8e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.6 
 
 
257 aa  94.7  1e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  29.34 
 
 
259 aa  93.6  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  29.34 
 
 
259 aa  93.6  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  29.34 
 
 
259 aa  93.6  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  29.34 
 
 
259 aa  93.6  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  29.34 
 
 
259 aa  93.6  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  28.39 
 
 
256 aa  94  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  29.34 
 
 
259 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  29.34 
 
 
259 aa  93.6  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.28 
 
 
257 aa  93.6  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 
256 aa  93.2  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1759  hypothetical protein  29.8 
 
 
240 aa  92.8  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0632  short chain dehydrogenase  29.62 
 
 
249 aa  92.4  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  28.93 
 
 
259 aa  92  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>