More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7180 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_7180  short chain dehydrogenase  100 
 
 
248 aa  494  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367118  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1597  short chain dehydrogenase  65.59 
 
 
245 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.109463 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1026  short chain dehydrogenase  62.86 
 
 
270 aa  300  2e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.969015  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2164  short chain dehydrogenase  62.1 
 
 
247 aa  295  5e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5791  short chain dehydrogenase  62.35 
 
 
249 aa  292  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2832  short chain dehydrogenase  48.58 
 
 
244 aa  217  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0580098  normal  0.214495 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3976  short chain dehydrogenase  52.67 
 
 
245 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00930617  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4050  short chain dehydrogenase  43.44 
 
 
243 aa  199  5e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0143  short chain dehydrogenase  42.62 
 
 
243 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  41.74 
 
 
243 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  44.18 
 
 
246 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  42.97 
 
 
246 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
246 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1950  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 
246 aa  154  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 
246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
246 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
248 aa  143  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
254 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
255 aa  132  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.376241  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 
244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  39.22 
 
 
245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03335  putative oxidoreductase  39.79 
 
 
240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.472323  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
247 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22830  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  37.01 
 
 
247 aa  123  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.702609 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
252 aa  123  3e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.907428  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
251 aa  122  5e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.150929 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
254 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
250 aa  115  6e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
241 aa  115  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.914636  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
260 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.362714  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
260 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.257102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
260 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.220031  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
249 aa  112  5e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.726547  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
247 aa  112  6e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0286474  normal  0.0317437 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
245 aa  108  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12109  short-chain type dehydrogenase  37.21 
 
 
249 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0969854  normal  0.809118 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
247 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0680281  normal  0.231101 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01390  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  33.6 
 
 
251 aa  105  5e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.253341 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13825  short chain dehydrogenase  33.06 
 
 
254 aa  105  7e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
257 aa  104  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422733 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
249 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
249 aa  102  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.786749  normal  0.588294 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
253 aa  102  8e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2462  putative short chain dehydrogenase  37.84 
 
 
255 aa  102  8e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
249 aa  100  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5001  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 
256 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5382  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 
256 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5089  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 
256 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
250 aa  97.8  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
252 aa  95.1  9e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
256 aa  92.8  4e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
270 aa  92.4  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5628  short chain dehydrogenase  31.62 
 
 
260 aa  92.4  6e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391011  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
270 aa  89.7  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1177  short chain dehydrogenase  31.01 
 
 
260 aa  89  7e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.56412  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  30.36 
 
 
258 aa  87  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  34.02 
 
 
261 aa  85.5  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4782  short chain dehydrogenase  31.97 
 
 
264 aa  85.1  9e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  31.87 
 
 
260 aa  81.3  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 
256 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  28.4 
 
 
266 aa  80.9  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.53 
 
 
247 aa  80.1  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  29.92 
 
 
260 aa  79  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.61 
 
 
238 aa  78.6  0.00000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0366896 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  32.14 
 
 
260 aa  77  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0142  short chain dehydrogenase  29.84 
 
 
266 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  29.6 
 
 
259 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0134  short chain dehydrogenase  29.07 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.34 
 
 
257 aa  75.5  0.0000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  31.15 
 
 
265 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2596  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.33 
 
 
287 aa  74.7  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.7335  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  29.55 
 
 
265 aa  74.3  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.25 
 
 
257 aa  73.9  0.000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  29.2 
 
 
259 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
257 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.05 
 
 
238 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  33.5 
 
 
267 aa  71.6  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
257 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  26.8 
 
 
261 aa  71.6  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.46 
 
 
260 aa  71.2  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2937  short chain dehydrogenase  33.5 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2308  short chain dehydrogenase  33.5 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2971  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
257 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2922  short chain dehydrogenase  33.5 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.86 
 
 
249 aa  71.2  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  31.22 
 
 
259 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2872  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.09 
 
 
222 aa  70.5  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.2 
 
 
249 aa  70.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0382  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0284  short chain dehydrogenase  33.18 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.600145  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.25 
 
 
242 aa  70.5  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1221  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  25.4 
 
 
241 aa  68.9  0.00000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.810471 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3887  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.27 
 
 
241 aa  68.2  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>