More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_01390 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_01390  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  100 
 
 
251 aa  500  1e-141  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.253341 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5382  short chain dehydrogenase  66.27 
 
 
256 aa  329  3e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5001  short chain dehydrogenase  66.27 
 
 
256 aa  329  3e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5089  short chain dehydrogenase  66.27 
 
 
256 aa  329  3e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5628  short chain dehydrogenase  64.86 
 
 
260 aa  328  6e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391011  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1177  short chain dehydrogenase  62.93 
 
 
260 aa  321  6e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.56412  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13825  short chain dehydrogenase  62.45 
 
 
254 aa  321  7e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.87 
 
 
253 aa  305  6e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.61 
 
 
257 aa  303  2.0000000000000002e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422733 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.81 
 
 
254 aa  301  5.000000000000001e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.78 
 
 
251 aa  267  2e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.150929 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
249 aa  207  2e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22830  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  48.15 
 
 
247 aa  199  1.9999999999999998e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.702609 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2462  putative short chain dehydrogenase  47.15 
 
 
255 aa  194  1e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 
252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.907428  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.8 
 
 
250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 
246 aa  181  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
249 aa  171  1e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.220031  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.98 
 
 
247 aa  169  3e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0680281  normal  0.231101 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
247 aa  167  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0286474  normal  0.0317437 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
260 aa  161  7e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.362714  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
260 aa  161  7e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.257102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
260 aa  161  7e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12109  short-chain type dehydrogenase  45.31 
 
 
249 aa  150  2e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0969854  normal  0.809118 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
252 aa  148  9e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2832  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 
244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0580098  normal  0.214495 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4050  short chain dehydrogenase  35.66 
 
 
243 aa  138  7.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  33.61 
 
 
243 aa  135  9e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 
246 aa  131  7.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  35.1 
 
 
245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03335  putative oxidoreductase  32.38 
 
 
240 aa  129  5.0000000000000004e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.472323  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  34.57 
 
 
246 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0143  short chain dehydrogenase  33.87 
 
 
243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  32.92 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1597  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
245 aa  118  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.109463 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
254 aa  117  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  33.74 
 
 
246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
244 aa  115  5e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  30.61 
 
 
245 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
247 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  32.52 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1950  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2164  short chain dehydrogenase  34.14 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5791  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 
249 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
241 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.914636  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3976  short chain dehydrogenase  36.48 
 
 
245 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00930617  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.81 
 
 
248 aa  105  5e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7180  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 
248 aa  105  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367118  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
255 aa  102  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.376241  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1026  short chain dehydrogenase  32.11 
 
 
270 aa  101  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.969015  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.02 
 
 
250 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.8 
 
 
249 aa  100  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.726547  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.42 
 
 
245 aa  94.4  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
254 aa  94  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
254 aa  85.5  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.83 
 
 
255 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.841301 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 
281 aa  77  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
257 aa  77  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1485  acetyacetyl-CoA reductase  29.23 
 
 
246 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.050583  normal  0.0314041 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0518  short chain dehydrogenase  31.2 
 
 
287 aa  75.5  0.0000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.693984  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0528  short chain dehydrogenase  31.2 
 
 
287 aa  75.5  0.0000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0540  short chain dehydrogenase  31.2 
 
 
287 aa  75.5  0.0000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0506548  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1700  acetyacetyl-CoA reductase  28.97 
 
 
246 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1727  acetyacetyl-CoA reductase  28.97 
 
 
246 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.337687  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1813  acetyacetyl-CoA reductase  28.72 
 
 
246 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.486438 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.5 
 
 
249 aa  74.3  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6290  acetyacetyl-CoA reductase  28.72 
 
 
246 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.14 
 
 
255 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1789  acetyacetyl-CoA reductase  28.72 
 
 
246 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
271 aa  72.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1349  acetyacetyl-CoA reductase  27.27 
 
 
246 aa  72.4  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.640594  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0971  acetyacetyl-CoA reductase  28.21 
 
 
246 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.438237  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1358  acetyacetyl-CoA reductase  27.06 
 
 
246 aa  72  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.5 
 
 
249 aa  72  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.786749  normal  0.588294 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1845  acetyacetyl-CoA reductase  27.18 
 
 
246 aa  72  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.142964 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.82 
 
 
249 aa  72  0.000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5090  acetyacetyl-CoA reductase  27.69 
 
 
246 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.682377  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3915  acetoacetyl-CoA reductase  29.06 
 
 
252 aa  71.2  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0087  acetyacetyl-CoA reductase  28.79 
 
 
246 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1320  acetyacetyl-CoA reductase  28.79 
 
 
246 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0653328  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2205  acetoacetyl-CoA reductase  27.23 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000734439  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2329  acetyacetyl-CoA reductase  28.79 
 
 
248 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1080  acetyacetyl-CoA reductase  28.79 
 
 
246 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.597092  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1809  acetyacetyl-CoA reductase  28.79 
 
 
246 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0410945  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2164  acetyacetyl-CoA reductase  28.79 
 
 
246 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.456725  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2341  acetyacetyl-CoA reductase  27.18 
 
 
246 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25299  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1825  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
278 aa  70.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.356255  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2201  acetyacetyl-CoA reductase  28.79 
 
 
246 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0378854  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1633  acetyacetyl-CoA reductase  27.27 
 
 
246 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.495901  normal  0.389319 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2257  acetyacetyl-CoA reductase  28.79 
 
 
260 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0153797  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23650  Acetoacetl-CoA reductase in PHB biosynthesis  27.49 
 
 
247 aa  68.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3865  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  27.84 
 
 
277 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0690  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 
292 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0965776 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 
258 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0924  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.37 
 
 
246 aa  66.6  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.25353  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.7 
 
 
230 aa  67  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0621  hypothetical protein  26.67 
 
 
248 aa  67  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
240 aa  67  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>