More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3914 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 258 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3014  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  59.29 
 
 		 257 aa  301  7.000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.698047  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.56 
 
 		 260 aa  298  6e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.92 
 
 		 223 aa  261  6.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 		 255 aa  255  5e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 		 261 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3237  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.36 
 
 		 262 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.85457  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.36 
 
 		 262 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0537  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.36 
 
 		 262 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.618923  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2291  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.36 
 
 		 262 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.448302  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3288  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.36 
 
 		 262 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2168  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.36 
 
 		 262 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408948  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3273  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.36 
 
 		 262 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 		 261 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0372396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0780  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 		 251 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 		 256 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3871  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 		 263 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 		 267 aa  172  6.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1339  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.91 
 
 		 261 aa  166  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.789963  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.27 
 
 		 236 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.450899  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.841301 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 		 267 aa  159  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 		 255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.836425  normal  0.228083 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 		 275 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0247795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 		 255 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.678089  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 		 242 aa  139  7e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 		 271 aa  135  7.000000000000001e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 		 255 aa  135  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0928322 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  37.05 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 		 257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.25395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 		 249 aa  128  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  39.42 
 
 		 259 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  39.26 
 
 		 259 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 		 259 aa  125  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  38.84 
 
 		 259 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  38.84 
 
 		 259 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  38.84 
 
 		 259 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  38.84 
 
 		 259 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  38.84 
 
 		 259 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 		 259 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 		 261 aa  123  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 265 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 		 265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  34.41 
 
 		 265 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 259 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  35.8 
 
 		 260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  36.48 
 
 		 259 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  33.74 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  32.65 
 
 		 264 aa  108  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 		 260 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.22 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  36.5 
 
 		 253 aa  107  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.649512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 		 245 aa  106  4e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 250 aa  105  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 		 258 aa  105  7e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 		 247 aa  105  9e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 		 282 aa  105  9e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 		 258 aa  104  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  36.21 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 		 261 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  31.86 
 
 		 251 aa  103  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2971  short chain dehydrogenase  36.21 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 		 261 aa  104  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  33.97 
 
 		 260 aa  104  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.4 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 		 254 aa  102  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_36881  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.69 
 
 		 308 aa  102  7e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.804236  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.06 
 
 		 257 aa  102  9e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  37.89 
 
 		 249 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4421  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 		 249 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.4 
 
 		 264 aa  101  1e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4335  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 		 249 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0693718  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2937  short chain dehydrogenase  36.63 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2308  short chain dehydrogenase  36.63 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2922  short chain dehydrogenase  36.63 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1201  short chain dehydrogenase  34.26 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0718298  normal  0.0224844 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 		 249 aa  100  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  34.26 
 
 		 250 aa  99.8  4e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0382  short chain dehydrogenase  33.88 
 
 		 257 aa  99.4  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.88 
 
 		 248 aa  99.4  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 249 aa  99  6e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  29.8 
 
 		 260 aa  99  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  34.52 
 
 		 267 aa  99  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 		 240 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 		 240 aa  98.6  8e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 		 257 aa  98.6  8e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  32.51 
 
 		 270 aa  98.6  9e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0885  short chain dehydrogenase  31.71 
 
 		 250 aa  98.2  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.99 
 
 		 244 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1188  short chain dehydrogenase  33.8 
 
 		 291 aa  97.8  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0152839  normal  0.145128 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 		 281 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0284  short chain dehydrogenase  34.68 
 
 		 266 aa  97.1  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.600145  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0601  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  32.39 
 
 		 258 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 		 245 aa  97.1  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.980517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.52 
 
 		 258 aa  96.3  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>