More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0284 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0284  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 266 aa  531  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.600145  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0142  short chain dehydrogenase  82.09 
 
 		 266 aa  410  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0134  short chain dehydrogenase  81.72 
 
 		 266 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  68.08 
 
 		 265 aa  332  6e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  65.22 
 
 		 265 aa  306  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  65.12 
 
 		 259 aa  296  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  63.42 
 
 		 259 aa  291  9e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  63.04 
 
 		 259 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  63.04 
 
 		 259 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  63.04 
 
 		 259 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  63.04 
 
 		 259 aa  290  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  63.04 
 
 		 259 aa  290  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  62.65 
 
 		 259 aa  289  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  62.02 
 
 		 259 aa  278  5e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  62.26 
 
 		 259 aa  276  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  58.37 
 
 		 256 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  58.24 
 
 		 260 aa  268  7e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  60.7 
 
 		 257 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2937  short chain dehydrogenase  61.87 
 
 		 257 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2308  short chain dehydrogenase  61.87 
 
 		 257 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2922  short chain dehydrogenase  61.87 
 
 		 257 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  61.87 
 
 		 257 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2971  short chain dehydrogenase  62.26 
 
 		 257 aa  255  5e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0382  short chain dehydrogenase  61.87 
 
 		 257 aa  248  9e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  52.11 
 
 		 261 aa  247  1e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  54.79 
 
 		 264 aa  245  6e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  54.26 
 
 		 254 aa  242  3.9999999999999997e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  53.03 
 
 		 258 aa  240  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  50.96 
 
 		 270 aa  229  5e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  51.72 
 
 		 260 aa  227  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  50.19 
 
 		 270 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  52.85 
 
 		 261 aa  222  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  50.38 
 
 		 260 aa  219  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  51.71 
 
 		 267 aa  213  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4782  short chain dehydrogenase  51.53 
 
 		 264 aa  206  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  46.74 
 
 		 266 aa  194  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  47.55 
 
 		 261 aa  187  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  47.55 
 
 		 261 aa  187  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 		 256 aa  139  6e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 		 250 aa  129  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 256 aa  124  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 		 267 aa  123  3e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 		 267 aa  122  8e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  34.33 
 
 		 256 aa  121  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 259 aa  119  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 		 265 aa  117  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 		 254 aa  117  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 		 260 aa  116  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 		 266 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.871012  hitchhiker  0.000000000383418 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 260 aa  112  9e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 260 aa  112  9e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  37.3 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  38.72 
 
 		 253 aa  108  1e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  34.17 
 
 		 239 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  37.35 
 
 		 249 aa  107  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4335  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 		 249 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0693718  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4421  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 		 249 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 		 249 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0372396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 		 258 aa  106  5e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 		 277 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.35 
 
 		 256 aa  104  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  36.95 
 
 		 249 aa  104  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.83 
 
 		 261 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 		 257 aa  105  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 		 251 aa  104  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 		 254 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.03 
 
 		 253 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 		 255 aa  104  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1201  short chain dehydrogenase  34.73 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0718298  normal  0.0224844 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 		 250 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.52 
 
 		 264 aa  103  4e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 		 267 aa  102  4e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.691417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1188  short chain dehydrogenase  33.89 
 
 		 291 aa  102  8e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0152839  normal  0.145128 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30 
 
 		 230 aa  102  9e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 		 282 aa  102  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.29 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 		 257 aa  101  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  33.17 
 
 		 239 aa  101  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.33 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.05 
 
 		 291 aa  100  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0300911  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.95 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 		 258 aa  100  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.56 
 
 		 238 aa  99.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3871  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 		 263 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 258 aa  99.8  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1787  short chain dehydrogenase  34 
 
 		 258 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 258 aa  99.4  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.56 
 
 		 250 aa  98.6  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  30.71 
 
 		 239 aa  98.6  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 		 280 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.300242  normal  0.231356 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 251 aa  98.6  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0977  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  32.49 
 
 		 248 aa  98.6  1e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.616956  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0230  hypothetical protein  34.68 
 
 		 261 aa  97.1  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.599536 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>