More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0632 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0632  short chain dehydrogenase  100 
 
 
249 aa  512  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2218  short chain dehydrogenase  74.7 
 
 
249 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0885  short chain dehydrogenase  68.95 
 
 
250 aa  361  8e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  60.73 
 
 
250 aa  305  4.0000000000000004e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  56.68 
 
 
251 aa  297  1e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  53.04 
 
 
250 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1201  short chain dehydrogenase  54.44 
 
 
289 aa  278  5e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0718298  normal  0.0224844 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1188  short chain dehydrogenase  53.23 
 
 
291 aa  275  3e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0152839  normal  0.145128 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0469  short chain dehydrogenase  53.44 
 
 
292 aa  270  1e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  50.62 
 
 
249 aa  248  8e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4335  short chain dehydrogenase  50.62 
 
 
249 aa  247  1e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0693718  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4421  short chain dehydrogenase  50.62 
 
 
249 aa  247  1e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  48.96 
 
 
249 aa  234  7e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  48.35 
 
 
253 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  48.13 
 
 
249 aa  233  3e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.56 
 
 
247 aa  223  2e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.88 
 
 
245 aa  214  9.999999999999999e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01994  short chain dehydrogenase  76.74 
 
 
130 aa  211  7e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000979327  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.9 
 
 
260 aa  202  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
242 aa  121  9e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  33.78 
 
 
259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  34.22 
 
 
259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  33.78 
 
 
259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  33.78 
 
 
259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  33.78 
 
 
259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  33.78 
 
 
259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  33.78 
 
 
259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  33.78 
 
 
259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.47 
 
 
264 aa  105  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.66 
 
 
256 aa  103  3e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 
238 aa  103  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0366896 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
257 aa  103  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 
264 aa  103  3e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  29.41 
 
 
256 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
258 aa  101  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
238 aa  101  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136725 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 
259 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  31.44 
 
 
259 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.17 
 
 
257 aa  98.2  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.82 
 
 
258 aa  97.4  2e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
247 aa  97.4  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  32.38 
 
 
257 aa  97.8  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  31.9 
 
 
257 aa  96.7  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
254 aa  96.7  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  30.04 
 
 
261 aa  95.1  9e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.92 
 
 
249 aa  94.4  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  31.53 
 
 
257 aa  94  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
261 aa  93.6  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80053  NADP(+)-dependent dehydrogenase acts on serine, L-allo-threonine, and other 3-hydroxy acids  32.99 
 
 
269 aa  92.8  4e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  29.62 
 
 
246 aa  92.4  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2872  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.33 
 
 
222 aa  92  8e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.49 
 
 
253 aa  91.7  9e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.9 
 
 
264 aa  91.3  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 
246 aa  91.3  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  32.59 
 
 
265 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
247 aa  90.5  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  31.25 
 
 
344 aa  90.9  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2308  short chain dehydrogenase  32.35 
 
 
257 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.31 
 
 
255 aa  90.9  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000634692  hitchhiker  0.00117931 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2922  short chain dehydrogenase  32.35 
 
 
257 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2937  short chain dehydrogenase  32.35 
 
 
257 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.85 
 
 
249 aa  89.7  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
260 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  27.94 
 
 
246 aa  89.7  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.39 
 
 
251 aa  89.7  4e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00618  conserved hypothetical protein  29.85 
 
 
268 aa  89.4  5e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.767704 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.89 
 
 
262 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  29.31 
 
 
252 aa  89.4  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  32.35 
 
 
257 aa  89  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.63 
 
 
266 aa  88.6  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  28.19 
 
 
256 aa  88.2  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.85 
 
 
257 aa  88.2  1e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
242 aa  88.2  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
250 aa  87  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  28.93 
 
 
270 aa  87.4  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  30.08 
 
 
246 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
237 aa  87.4  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62919  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.89 
 
 
272 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.91 
 
 
248 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.29 
 
 
258 aa  87  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  29.13 
 
 
246 aa  87  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  28.93 
 
 
270 aa  86.3  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  27.17 
 
 
260 aa  86.3  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
293 aa  86.3  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.98 
 
 
267 aa  86.3  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2971  short chain dehydrogenase  32.02 
 
 
257 aa  86.3  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.86 
 
 
250 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  31.15 
 
 
265 aa  85.9  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.69 
 
 
268 aa  85.9  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.2 
 
 
248 aa  85.5  7e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0344  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  23.41 
 
 
265 aa  85.5  8e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.21 
 
 
251 aa  85.1  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.81 
 
 
261 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.17 
 
 
231 aa  84.7  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.49 
 
 
252 aa  84.7  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.02 
 
 
265 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.37 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0091  putative serine dehydrogenase  31.71 
 
 
252 aa  85.1  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
250 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>