More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6632 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  585  1e-166  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  51.66 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  48.81 
 
 		 298 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  47.8 
 
 		 297 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 295 aa  235  8e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  45.54 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 314 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 301 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 306 aa  229  6e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 307 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 323 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  44.2 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 325 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  49.33 
 
 		 328 aa  214  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  39.53 
 
 		 319 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  45.2 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 305 aa  205  9e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  45.62 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 339 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 339 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 321 aa  202  8e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  43.55 
 
 		 317 aa  200  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 278 aa  199  5e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  43.12 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 319 aa  193  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  37.91 
 
 		 321 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 353 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  44.67 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 307 aa  167  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 312 aa  145  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 331 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.51 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.24 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  37.11 
 
 		 321 aa  136  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 314 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 432 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  31.53 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  30.77 
 
 		 347 aa  133  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.9 
 
 		 323 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 314 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 314 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.77 
 
 		 302 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 333 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  30.72 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 315 aa  128  9.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 318 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 311 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.06 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.89 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  33.54 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.55 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  34.24 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>