More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0228 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0170  ABC-2 type transport system  66.3 
 
 
925 aa  1241  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.476544  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2340  ABC multidrug efflux pump, fused duplicated ATPase and inner membrane subunits  66.59 
 
 
927 aa  1186  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0626468  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0565  ABC transporter related  57.91 
 
 
912 aa  1026  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.620253  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3788  ABC transporter, ATP binding protein  89.27 
 
 
913 aa  1662  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3778  ABC transporter permease and ATP-binding protein  89.49 
 
 
913 aa  1665  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0174984  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1432  ABC transporter related  64.6 
 
 
908 aa  1141  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5268  ABC transporter related  53.96 
 
 
906 aa  973  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155488  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1684  response regulator receiver domain-containing protein  66.67 
 
 
919 aa  1224  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00676218  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3898  ABC transporter permease and ATP-binding protein  89.16 
 
 
913 aa  1662  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1612  ABC transporter related  53.88 
 
 
935 aa  991  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5883  ABC transporter related  63.03 
 
 
942 aa  1120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4831  ABC transporter, ATP binding protein  99.23 
 
 
911 aa  1852  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3790  ABC transporter related  57.49 
 
 
912 aa  1029  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2950  ABC transporter related  58.7 
 
 
943 aa  1097  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1151  ABC transporter related  60.94 
 
 
994 aa  1137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.64731  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0170  response regulator receiver domain-containing protein  66.23 
 
 
930 aa  1221  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.696598  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7849  ABC transporter permease ATP-binding protein  58.32 
 
 
915 aa  1076  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0180786  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0018  ABC transporter related  60.02 
 
 
909 aa  1071  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3577  ABC transporter related  67.51 
 
 
930 aa  1209  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4664  ABC transporter related  66.85 
 
 
927 aa  1228  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.113948 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0167  response regulator receiver domain-containing protein  68.38 
 
 
921 aa  1243  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000281851 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3660  ABC transporter permease ATP-binding protein  65.82 
 
 
924 aa  1209  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.388882  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1950  ABC transporter related  67.58 
 
 
921 aa  1229  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1561  ABC transporter related  54.88 
 
 
918 aa  1021  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2361  ABC transporter related  65.38 
 
 
936 aa  1205  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0787622  normal  0.702477 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1309  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  70.96 
 
 
1071 aa  717  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3896  ABC transporter related  54.44 
 
 
901 aa  919  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.184002 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3836  ABC transporter, ATP binding protein  99.56 
 
 
911 aa  1859  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.932304  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3775  ABC transporter, ATP binding protein  99.34 
 
 
911 aa  1855  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0810  ABC transporter related  59.49 
 
 
932 aa  1069  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2776  response regulator receiver domain-containing protein  70.96 
 
 
1089 aa  717  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.591057  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2633  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  70.87 
 
 
1066 aa  717  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0165  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  71.09 
 
 
1079 aa  717  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.243814  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0536  ABC transporter related  58.59 
 
 
912 aa  1041  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.94583  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3216  hypothetical protein  54.8 
 
 
901 aa  934  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.881603  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1743  ABC transporter related  58.15 
 
 
917 aa  1075  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00128073 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3855  ABC transporter permease and ATP-binding protein  89.49 
 
 
913 aa  1667  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0081  ABC transporter related  59.36 
 
 
911 aa  1041  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111976  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69070  putative ATP-binding/permease fusion ABC transporter  68.87 
 
 
916 aa  1225  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0229  ABC transporter related  99.67 
 
 
911 aa  1856  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0316  ABC transporter related  71.18 
 
 
901 aa  1268  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0749  ABC transporter related  58.83 
 
 
904 aa  1026  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118496  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3419  ABC transporter related  70.13 
 
 
929 aa  1264  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4686  ABC transporter related  64.38 
 
 
912 aa  1147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.248247 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6206  ABC transporter related  63.56 
 
 
936 aa  1121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.84654  normal  0.203674 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0500  ABC transporter related  58.36 
 
 
912 aa  1020  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0987  ABC-2:ABC transporter related  62.45 
 
 
920 aa  1153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.149444  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16780  ABC transporter, ATP binding/permease hybrid protein  67.44 
 
 
911 aa  1211  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200958  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1350  ABC transporter, ATP binding/permease protein  65.86 
 
 
922 aa  1238  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5974  putative ABC transporter ATP-binding protein/permease  68.46 
 
 
916 aa  1243  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1824  ABC transporter related  65.57 
 
 
926 aa  1236  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03288  hypothetical protein  100 
 
 
911 aa  1862  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2686  ABC transporter, ATP-binding protein  71.06 
 
 
930 aa  1303  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3159  ABC transporter, 2 fused ATPase and 1 inner membrane subunits  54.5 
 
 
901 aa  920  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.827226  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5442  ABC transporter-like  55.41 
 
 
906 aa  979  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0350358 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2180  ABC transporter related  69.64 
 
 
927 aa  1287  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1504  ABC transporter related  68.53 
 
 
914 aa  1279  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.13475  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1039  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  71.51 
 
 
1082 aa  717  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4915  ABC transporter related  67.76 
 
 
933 aa  1273  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0139  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  70.96 
 
 
1071 aa  717  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4845  ABC transporter related  54.09 
 
 
928 aa  982  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.771087  normal  0.268191 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0759  ABC transporter related  68.03 
 
 
918 aa  1221  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207246  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1497  ABC transporter related  65.38 
 
 
936 aa  1203  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3446  ABC transporter related  65.62 
 
 
922 aa  1210  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0228  ABC transporter related protein  100 
 
 
911 aa  1862  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3685  ABC transporter, ATP binding protein  99.67 
 
 
911 aa  1856  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5750  ABC transporter related  52.09 
 
 
942 aa  926  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295356  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0438  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  50.84 
 
 
1017 aa  876  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5207  ABC transporter permease/ATP-binding protein  53.96 
 
 
906 aa  969  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468455  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0555  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  57.54 
 
 
907 aa  1003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3968  ABC transporter, ATP binding protein  99.67 
 
 
911 aa  1860  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5115  ABC transporter related  53.85 
 
 
906 aa  969  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9217  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  54.69 
 
 
913 aa  970  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.808205  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3880  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  55.2 
 
 
914 aa  986  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.859575  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0210  ABC transporter related  57.68 
 
 
916 aa  1023  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10228  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03336  fused ribosome-associated ATPase: ATP-binding protein/ATP-binding protein/predicted membrane protein  100 
 
 
911 aa  1862  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2905  ABC transporter related  41.29 
 
 
512 aa  374  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.725658  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3106  ABC transporter related  40.66 
 
 
510 aa  375  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4697  ABC transporter related  40.11 
 
 
582 aa  360  8e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.793973  normal  0.717601 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0350  ABC transporter, ATP-binding protein  35.77 
 
 
541 aa  356  1e-96  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2421  ABC transporter related  38.64 
 
 
582 aa  355  3e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.259147  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2512  ABC transporter related  37.37 
 
 
583 aa  349  1e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.58848  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2943  ABC transporter related protein  36.46 
 
 
585 aa  348  2e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.773013  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1328  ABC transporter-related protein  37.36 
 
 
576 aa  343  9e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3038  ABC transporter related  36.3 
 
 
588 aa  338  2e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1304  ABC transporter related  38.17 
 
 
590 aa  338  4e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1795  ABC transporter related  37.88 
 
 
578 aa  336  1e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2483  ABC transporter related  36.98 
 
 
592 aa  330  8e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2862  ABC transporter, ATP-binding protein  36.98 
 
 
592 aa  330  8e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1381  ABC transporter related  36.98 
 
 
587 aa  330  1e-88  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  hitchhiker  3.41514e-05 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2369  ABC transporter related  37.12 
 
 
575 aa  328  2e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.296305  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1019  ABC transporter related  37.26 
 
 
590 aa  322  2e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2156  ABC transporter related  31.54 
 
 
1106 aa  313  1e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8103  ABC transporter related  36.14 
 
 
578 aa  309  2e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4678  ABC transporter related  34.81 
 
 
667 aa  307  7e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0260  ABC transporter, ATP-binding protein  35.29 
 
 
551 aa  292  2e-77  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2708  ABC transporter related  32.07 
 
 
691 aa  289  2e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.163982  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3706  ABC transporter related  46.2 
 
 
594 aa  238  4e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1520  ABC transporter related  42.61 
 
 
580 aa  236  1e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.226797  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2813  ABC transporter, ATP-binding protein  44.65 
 
 
580 aa  236  2e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>