More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1612 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011094  SeSA_A3778  ABC transporter permease and ATP-binding protein  54.42 
 
 
913 aa  1003    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0174984  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03336  fused ribosome-associated ATPase: ATP-binding protein/ATP-binding protein/predicted membrane protein  53.88 
 
 
911 aa  997    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0228  ABC transporter related protein  53.88 
 
 
911 aa  997    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3685  ABC transporter, ATP binding protein  53.77 
 
 
911 aa  993    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2686  ABC transporter, ATP-binding protein  54.29 
 
 
930 aa  1006    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5207  ABC transporter permease/ATP-binding protein  51.29 
 
 
906 aa  939    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468455  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0555  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  52.21 
 
 
907 aa  924    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0316  ABC transporter related  57.02 
 
 
901 aa  1027    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0536  ABC transporter related  53.05 
 
 
912 aa  969    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.94583  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1350  ABC transporter, ATP binding/permease protein  54.39 
 
 
922 aa  1009    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0139  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  64.09 
 
 
1071 aa  655    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0987  ABC-2:ABC transporter related  55.48 
 
 
920 aa  1029    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.149444  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3775  ABC transporter, ATP binding protein  53.88 
 
 
911 aa  996    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0229  ABC transporter related  53.77 
 
 
911 aa  993    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1039  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  64.26 
 
 
1082 aa  655    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5442  ABC transporter-like  51.41 
 
 
906 aa  922    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0350358 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3159  ABC transporter, 2 fused ATPase and 1 inner membrane subunits  50.91 
 
 
901 aa  890    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.827226  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03288  hypothetical protein  53.88 
 
 
911 aa  997    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4915  ABC transporter related  55.89 
 
 
933 aa  1042    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2180  ABC transporter related  55.59 
 
 
927 aa  1023    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3660  ABC transporter permease ATP-binding protein  55.64 
 
 
924 aa  1022    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.388882  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0565  ABC transporter related  53.51 
 
 
912 aa  968    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.620253  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9217  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  58.78 
 
 
913 aa  1075    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.808205  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3836  ABC transporter, ATP binding protein  53.88 
 
 
911 aa  996    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.932304  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2776  response regulator receiver domain-containing protein  64.76 
 
 
1089 aa  654    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.591057  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4831  ABC transporter, ATP binding protein  53.66 
 
 
911 aa  993    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16780  ABC transporter, ATP binding/permease hybrid protein  54.19 
 
 
911 aa  990    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200958  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5115  ABC transporter related  51.29 
 
 
906 aa  937    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1151  ABC transporter related  53.16 
 
 
994 aa  998    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.64731  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0759  ABC transporter related  55.46 
 
 
918 aa  1004    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207246  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0438  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  64.96 
 
 
1017 aa  671    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1950  ABC transporter related  52.74 
 
 
921 aa  978    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3788  ABC transporter, ATP binding protein  54.31 
 
 
913 aa  1003    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3419  ABC transporter related  56.75 
 
 
929 aa  1028    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0170  ABC-2 type transport system  55.09 
 
 
925 aa  1025    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.476544  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3216  hypothetical protein  52.05 
 
 
901 aa  907    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.881603  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3790  ABC transporter related  52.97 
 
 
912 aa  959    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1497  ABC transporter related  55.97 
 
 
936 aa  1027    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3446  ABC transporter related  55.83 
 
 
922 aa  1010    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0170  response regulator receiver domain-containing protein  53.68 
 
 
930 aa  974    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.696598  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3880  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  50.27 
 
 
914 aa  895    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.859575  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3577  ABC transporter related  55.36 
 
 
930 aa  994    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4664  ABC transporter related  54.42 
 
 
927 aa  993    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.113948 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0167  response regulator receiver domain-containing protein  55.54 
 
 
921 aa  1008    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000281851 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5974  putative ABC transporter ATP-binding protein/permease  55.88 
 
 
916 aa  1017    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0165  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  64.26 
 
 
1079 aa  655    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.243814  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2950  ABC transporter related  52.62 
 
 
943 aa  999    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3968  ABC transporter, ATP binding protein  53.88 
 
 
911 aa  997    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2340  ABC multidrug efflux pump, fused duplicated ATPase and inner membrane subunits  53.21 
 
 
927 aa  954    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0626468  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0210  ABC transporter related  52 
 
 
916 aa  946    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10228  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1432  ABC transporter related  53.25 
 
 
908 aa  969    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1743  ABC transporter related  52.22 
 
 
917 aa  979    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00128073 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1684  response regulator receiver domain-containing protein  54.1 
 
 
919 aa  996    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00676218  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2361  ABC transporter related  55.76 
 
 
936 aa  1026    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0787622  normal  0.702477 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5883  ABC transporter related  51.67 
 
 
942 aa  923    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5268  ABC transporter related  51.29 
 
 
906 aa  939    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155488  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7849  ABC transporter permease ATP-binding protein  53.27 
 
 
915 aa  1013    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0180786  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1612  ABC transporter related  100 
 
 
935 aa  1914    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6206  ABC transporter related  52.1 
 
 
936 aa  931    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.84654  normal  0.203674 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1561  ABC transporter related  69.11 
 
 
918 aa  1320    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0810  ABC transporter related  51.94 
 
 
932 aa  975    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0081  ABC transporter related  52.09 
 
 
911 aa  936    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111976  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2633  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  63.6 
 
 
1066 aa  655    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5750  ABC transporter related  48.1 
 
 
942 aa  874    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295356  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3896  ABC transporter related  50.86 
 
 
901 aa  891    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.184002 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1824  ABC transporter related  53.58 
 
 
926 aa  1004    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69070  putative ATP-binding/permease fusion ABC transporter  56.2 
 
 
916 aa  1001    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0500  ABC transporter related  53.4 
 
 
912 aa  954    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4845  ABC transporter related  51.97 
 
 
928 aa  970    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.771087  normal  0.268191 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0749  ABC transporter related  53.19 
 
 
904 aa  964    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118496  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1504  ABC transporter related  55.53 
 
 
914 aa  1033    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.13475  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4686  ABC transporter related  54.15 
 
 
912 aa  972    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.248247 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3898  ABC transporter permease and ATP-binding protein  54.26 
 
 
913 aa  1002    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3855  ABC transporter permease and ATP-binding protein  54.42 
 
 
913 aa  1004    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1309  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  64.09 
 
 
1071 aa  655    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0018  ABC transporter related  55.06 
 
 
909 aa  993    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2905  ABC transporter related  39.57 
 
 
512 aa  385  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.725658  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3106  ABC transporter related  39.57 
 
 
510 aa  363  1e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1381  ABC transporter related  36.01 
 
 
587 aa  341  2.9999999999999998e-92  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341514 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0714  hypothetical protein  36.82 
 
 
580 aa  340  7e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1304  ABC transporter related  36.33 
 
 
590 aa  338  1.9999999999999998e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0696  hypothetical protein  36.65 
 
 
580 aa  337  5.999999999999999e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8103  ABC transporter related  36.17 
 
 
578 aa  334  4e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1328  ABC transporter-related protein  36.28 
 
 
576 aa  329  1.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2369  ABC transporter related  37.07 
 
 
575 aa  328  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.296305  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3706  ABC transporter related  35.66 
 
 
594 aa  327  5e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0130  ABC transporter related  37.37 
 
 
576 aa  327  6e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2512  ABC transporter related  34.41 
 
 
583 aa  327  8.000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.58848  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2421  ABC transporter related  34.89 
 
 
582 aa  325  2e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.259147  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3038  ABC transporter related  35.68 
 
 
588 aa  322  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0350  ABC transporter, ATP-binding protein  34.55 
 
 
541 aa  321  3.9999999999999996e-86  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1779  ABC transporter, ATPase subunit  37.3 
 
 
579 aa  321  3.9999999999999996e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0880  ABC transporter ATP-binding protein  35.5 
 
 
578 aa  305  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0912  ABC transporter ATP-binding protein  35.33 
 
 
578 aa  305  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0852  ABC transporter, ATP-binding protein  35.5 
 
 
578 aa  304  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0965  ABC transporter ATP-binding protein  35.33 
 
 
578 aa  304  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0944  ABC transporter ATP-binding protein  35.5 
 
 
578 aa  304  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2838  Fis family transcriptional regulator  30.87 
 
 
1171 aa  299  1e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.360962  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2156  ABC transporter related  30.28 
 
 
1106 aa  289  2e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0260  ABC transporter, ATP-binding protein  32.73 
 
 
551 aa  265  4e-69  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>