More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1561 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2950  ABC transporter related  53.47 
 
 		 943 aa  992    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03336  fused ribosome-associated ATPase: ATP-binding protein/ATP-binding protein/predicted membrane protein  54.88 
 
 		 911 aa  1010    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0228  ABC transporter related protein  54.88 
 
 		 911 aa  1010    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16780  ABC transporter, ATP binding/permease hybrid protein  55.86 
 
 		 911 aa  993    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200958  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3446  ABC transporter related  55.19 
 
 		 922 aa  1008    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2686  ABC transporter, ATP-binding protein  55.33 
 
 		 930 aa  1012    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5207  ABC transporter permease/ATP-binding protein  51.2 
 
 		 906 aa  936    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468455  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0555  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  53.92 
 
 		 907 aa  932    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1824  ABC transporter related  54.4 
 
 		 926 aa  994    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2180  ABC transporter related  54.69 
 
 		 927 aa  1003    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1350  ABC transporter, ATP binding/permease protein  54.49 
 
 		 922 aa  1004    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0165  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  65.19 
 
 		 1079 aa  667    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.243814  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0139  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  65.19 
 
 		 1071 aa  667    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03288  hypothetical protein  54.88 
 
 		 911 aa  1010    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3880  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  52.45 
 
 		 914 aa  939    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.859575  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0987  ABC-2:ABC transporter related  56.22 
 
 		 920 aa  1047    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.149444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2633  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  65.19 
 
 		 1066 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1950  ABC transporter related  54.1 
 
 		 921 aa  1000    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3968  ABC transporter, ATP binding protein  54.88 
 
 		 911 aa  1010    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1039  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  66.47 
 
 		 1082 aa  662    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5442  ABC transporter-like  50.55 
 
 		 906 aa  907    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350358 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3159  ABC transporter, 2 fused ATPase and 1 inner membrane subunits  52.08 
 
 		 901 aa  905    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.827226  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0210  ABC transporter related  54.16 
 
 		 916 aa  975    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5974  putative ABC transporter ATP-binding protein/permease  56.22 
 
 		 916 aa  1016    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3775  ABC transporter, ATP binding protein  54.99 
 
 		 911 aa  1012    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0565  ABC transporter related  54.17 
 
 		 912 aa  979    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.620253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0749  ABC transporter related  54.02 
 
 		 904 aa  969    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118496  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3419  ABC transporter related  57.34 
 
 		 929 aa  1028    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2776  response regulator receiver domain-containing protein  65.01 
 
 		 1089 aa  668    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.591057  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3855  ABC transporter permease and ATP-binding protein  54.88 
 
 		 913 aa  1016    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4831  ABC transporter, ATP binding protein  54.77 
 
 		 911 aa  1008    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4845  ABC transporter related  52.07 
 
 		 928 aa  944    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.771087  normal  0.268191 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0438  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  65.94 
 
 		 1017 aa  667    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0081  ABC transporter related  52.58 
 
 		 911 aa  939    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111976  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0536  ABC transporter related  54.06 
 
 		 912 aa  974    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.94583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1497  ABC transporter related  53.99 
 
 		 936 aa  986    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0170  ABC-2 type transport system  55.6 
 
 		 925 aa  1015    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.476544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3660  ABC transporter permease ATP-binding protein  55.52 
 
 		 924 aa  1008    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.388882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1151  ABC transporter related  52.61 
 
 		 994 aa  991    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.64731  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0316  ABC transporter related  57.59 
 
 		 901 aa  1034    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3216  hypothetical protein  52.03 
 
 		 901 aa  907    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.881603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3788  ABC transporter, ATP binding protein  54.77 
 
 		 913 aa  1014    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5268  ABC transporter related  51.31 
 
 		 906 aa  935    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0170  response regulator receiver domain-containing protein  54.44 
 
 		 930 aa  974    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.696598  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0759  ABC transporter related  55.75 
 
 		 918 aa  988    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5883  ABC transporter related  51.36 
 
 		 942 aa  901    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3577  ABC transporter related  55.3 
 
 		 930 aa  973    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4664  ABC transporter related  54.59 
 
 		 927 aa  981    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.113948 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0167  response regulator receiver domain-containing protein  55.68 
 
 		 921 aa  999    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281851 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3778  ABC transporter permease and ATP-binding protein  54.67 
 
 		 913 aa  1014    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0174984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5750  ABC transporter related  47.91 
 
 		 942 aa  855    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0500  ABC transporter related  54.17 
 
 		 912 aa  958    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2340  ABC multidrug efflux pump, fused duplicated ATPase and inner membrane subunits  53.75 
 
 		 927 aa  946    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0626468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1504  ABC transporter related  57.14 
 
 		 914 aa  1048    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.13475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9217  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  60.61 
 
 		 913 aa  1095    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.808205  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7849  ABC transporter permease ATP-binding protein  54.78 
 
 		 915 aa  1025    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0180786  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1432  ABC transporter related  53.96 
 
 		 908 aa  959    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4915  ABC transporter related  56.24 
 
 		 933 aa  1043    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3685  ABC transporter, ATP binding protein  54.88 
 
 		 911 aa  1009    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1684  response regulator receiver domain-containing protein  54.98 
 
 		 919 aa  993    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00676218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1612  ABC transporter related  69.11 
 
 		 935 aa  1294    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0810  ABC transporter related  53.57 
 
 		 932 aa  987    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6206  ABC transporter related  51.7 
 
 		 936 aa  913    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.84654  normal  0.203674 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1561  ABC transporter related  100 
 
 		 918 aa  1874    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1743  ABC transporter related  53.89 
 
 		 917 aa  988    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00128073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5115  ABC transporter related  51.31 
 
 		 906 aa  936    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3790  ABC transporter related  53.46 
 
 		 912 aa  960    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69070  putative ATP-binding/permease fusion ABC transporter  56.07 
 
 		 916 aa  997    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3836  ABC transporter, ATP binding protein  54.88 
 
 		 911 aa  1009    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.932304  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4686  ABC transporter related  55.79 
 
 		 912 aa  996    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.248247 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0229  ABC transporter related  54.88 
 
 		 911 aa  1009    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3898  ABC transporter permease and ATP-binding protein  54.67 
 
 		 913 aa  1014    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0018  ABC transporter related  56.85 
 
 		 909 aa  1010    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2361  ABC transporter related  54.2 
 
 		 936 aa  988    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0787622  normal  0.702477 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1309  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  65.19 
 
 		 1071 aa  667    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3896  ABC transporter related  52.15 
 
 		 901 aa  903    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.184002 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1134  ABC transporter related  40.68 
 
 		 651 aa  399  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3106  ABC transporter related  40.24 
 
 		 510 aa  376  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2905  ABC transporter related  40 
 
 		 512 aa  376  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.725658  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3001  ABC transporter related  40.1 
 
 		 585 aa  357  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2369  ABC transporter related  37.19 
 
 		 575 aa  352  1e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.296305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3038  ABC transporter related  37.28 
 
 		 588 aa  343  8e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1285  ABC transporter related  37.15 
 
 		 579 aa  337  5e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2421  ABC transporter related  35.61 
 
 		 582 aa  336  1e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.259147  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2512  ABC transporter related  35.33 
 
 		 583 aa  336  1e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.58848  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2483  ABC transporter related  37.83 
 
 		 592 aa  335  2e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2862  ABC transporter, ATP-binding protein  37.83 
 
 		 592 aa  335  2e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0350  ABC transporter, ATP-binding protein  33.82 
 
 		 541 aa  333  1e-89  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1381  ABC transporter related  37.7 
 
 		 587 aa  330  5.0000000000000004e-89  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341514 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2943  ABC transporter related protein  35.32 
 
 		 585 aa  327  9e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.773013  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0260  ABC transporter, ATP-binding protein  33.27 
 
 		 551 aa  279  1e-73  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2156  ABC transporter related  30.42 
 
 		 1106 aa  277  6e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2708  ABC transporter related  28.57 
 
 		 691 aa  248  4.9999999999999997e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.163982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0130  ABC transporter related  44.44 
 
 		 576 aa  228  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2918  ABC transporter related  43.82 
 
 		 247 aa  226  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.79893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5639  ABC transporter related  45.02 
 
 		 248 aa  224  7e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.307001 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2108  ABC transporter related  49.33 
 
 		 325 aa  223  9.999999999999999e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.947862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1761  ABC transporter related  49.32 
 
 		 322 aa  222  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.726529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3251  ABC transporter related  43.37 
 
 		 581 aa  221  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2391  ABC transporter related  42.61 
 
 		 599 aa  219  1e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>