More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_3616 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
200 aa  411  1e-114  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.5 
 
 
200 aa  219  3e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.98 
 
 
220 aa  170  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.63 
 
 
206 aa  164  8e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.26 
 
 
193 aa  160  1e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  43.41 
 
 
204 aa  157  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  43.96 
 
 
192 aa  152  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.32 
 
 
190 aa  149  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.78 
 
 
195 aa  149  3e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.62 
 
 
192 aa  148  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.16 
 
 
192 aa  149  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.3 
 
 
205 aa  149  4e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.16 
 
 
192 aa  148  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.08 
 
 
192 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.16 
 
 
192 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.16 
 
 
192 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.16 
 
 
192 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.16 
 
 
192 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.44 
 
 
199 aa  145  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  42.78 
 
 
208 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  43.02 
 
 
192 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.11 
 
 
192 aa  145  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.78 
 
 
208 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.39 
 
 
199 aa  144  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.21 
 
 
200 aa  144  9e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.63 
 
 
192 aa  144  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.63 
 
 
192 aa  144  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.44 
 
 
199 aa  142  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.53 
 
 
208 aa  143  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.3 
 
 
199 aa  143  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.21 
 
 
199 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.21 
 
 
199 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.7 
 
 
223 aa  143  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.54 
 
 
192 aa  142  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.31 
 
 
191 aa  141  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.4 
 
 
192 aa  142  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.31 
 
 
191 aa  142  5e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.31 
 
 
191 aa  141  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.31 
 
 
191 aa  141  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.31 
 
 
191 aa  141  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.31 
 
 
191 aa  141  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.78 
 
 
192 aa  141  6e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  42.31 
 
 
191 aa  141  7e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.31 
 
 
191 aa  141  7e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.86 
 
 
192 aa  141  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.31 
 
 
191 aa  141  7e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  42.31 
 
 
191 aa  141  7e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.31 
 
 
191 aa  141  7e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.31 
 
 
191 aa  141  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  40 
 
 
192 aa  141  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.31 
 
 
191 aa  141  7e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  40 
 
 
192 aa  141  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0395  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.98 
 
 
195 aa  141  7e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.31 
 
 
191 aa  141  7e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.98 
 
 
199 aa  140  9e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.98 
 
 
199 aa  140  9e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  41.99 
 
 
199 aa  140  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  41.81 
 
 
200 aa  140  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.48 
 
 
203 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  42.31 
 
 
191 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.37 
 
 
192 aa  139  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  40 
 
 
192 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2077  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.77 
 
 
197 aa  138  3.9999999999999997e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  40 
 
 
198 aa  138  3.9999999999999997e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.44 
 
 
199 aa  138  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.89 
 
 
199 aa  137  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.44 
 
 
199 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.44 
 
 
199 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.44 
 
 
199 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.44 
 
 
199 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.36 
 
 
191 aa  137  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.67 
 
 
192 aa  137  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.36 
 
 
191 aa  137  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.89 
 
 
199 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.89 
 
 
199 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.36 
 
 
191 aa  137  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.89 
 
 
199 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.36 
 
 
191 aa  137  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.89 
 
 
199 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.89 
 
 
199 aa  136  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.89 
 
 
199 aa  136  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.89 
 
 
199 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.89 
 
 
199 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.89 
 
 
199 aa  136  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.54 
 
 
191 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  40.54 
 
 
191 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.89 
 
 
191 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.55 
 
 
193 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.56 
 
 
202 aa  135  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.71 
 
 
216 aa  135  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0065  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.2 
 
 
193 aa  135  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.695831 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.66 
 
 
215 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.89 
 
 
392 aa  134  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.83 
 
 
191 aa  134  8e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.63 
 
 
191 aa  134  9e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.3 
 
 
216 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.34 
 
 
191 aa  133  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  38.78 
 
 
201 aa  132  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.44 
 
 
201 aa  131  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.56 
 
 
206 aa  131  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>