More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0660 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  100 
 
 		 249 aa  511  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  72.53 
 
 		 248 aa  367  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  72.53 
 
 		 248 aa  367  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  72.1 
 
 		 248 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2547  Crp/FNR family transcriptional regulator  70.17 
 
 		 246 aa  363  2e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  67.8 
 
 		 248 aa  343  1e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1850  CRP/FNR family transcriptional regulator  69.52 
 
 		 211 aa  308  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 230 aa  189  4e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 231 aa  178  7e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  38.53 
 
 		 241 aa  175  7e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.36 
 
 		 240 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291012 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  41 
 
 		 242 aa  169  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.67 
 
 		 240 aa  168  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.948966  hitchhiker  0.00636029 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 242 aa  158  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2061  Crp family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 241 aa  151  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00300081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 253 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1258  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 241 aa  143  3e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.73 
 
 		 246 aa  142  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.61 
 
 		 254 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 239 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 237 aa  138  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.83 
 
 		 238 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.83 
 
 		 238 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  36.4 
 
 		 250 aa  136  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.4 
 
 		 250 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2279  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 258 aa  132  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2572  crpK, Fnr-type transcriptional regulator  37.37 
 
 		 263 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1230  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 263 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 239 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 245 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1951  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 263 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.19 
 
 		 239 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 248 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 262 aa  125  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  34.26 
 
 		 251 aa  124  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 310 aa  123  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 249 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 222 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1752  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.05 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.68 
 
 		 250 aa  108  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.97 
 
 		 230 aa  106  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1464  transcriptional activator Anr  32.07 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  32 
 
 		 242 aa  104  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 235 aa  103  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6164  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.48 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257657  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3610  hypothetical protein  29.33 
 
 		 231 aa  101  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  35.75 
 
 		 229 aa  99.4  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 230 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  35.36 
 
 		 229 aa  99  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  33.77 
 
 		 230 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 226 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  34.81 
 
 		 229 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 227 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.49 
 
 		 229 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  31.49 
 
 		 229 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  33.5 
 
 		 215 aa  95.5  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.25 
 
 		 228 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.12 
 
 		 229 aa  94  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  31.75 
 
 		 220 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  33.33 
 
 		 227 aa  94.4  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 232 aa  94  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1799  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.04 
 
 		 250 aa  92.8  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.417815  normal  0.180258 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  34.05 
 
 		 229 aa  92.4  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1961  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.56 
 
 		 250 aa  92.8  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00754009 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  33.51 
 
 		 211 aa  92.4  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 227 aa  92  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2356  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.94 
 
 		 254 aa  91.3  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  34.2 
 
 		 231 aa  91.7  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2018  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.31 
 
 		 252 aa  91.7  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.831368  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3788  transcriptional regulator Anr  29.54 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.620164  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1787  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.7 
 
 		 263 aa  90.9  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1993  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.81 
 
 		 249 aa  90.9  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.238952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2014  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.87 
 
 		 250 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000422436 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44490  transcriptional regulator Anr  29.54 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2115  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.87 
 
 		 250 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.508722  normal  0.0650668 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.73 
 
 		 250 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.523077  normal  0.289991 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2222  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.84 
 
 		 250 aa  89.7  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0665535  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1951  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.35 
 
 		 250 aa  89.7  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.80493  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2219  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.23 
 
 		 249 aa  89.7  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 253 aa  89.7  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3583  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 244 aa  89  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3830  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 244 aa  89  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.525453 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4265  transcriptional regulator Anr  29.52 
 
 		 244 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 236 aa  88.6  8e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1603  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 244 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.138297 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  31.44 
 
 		 231 aa  88.6  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1147  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.32 
 
 		 261 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1217  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.32 
 
 		 261 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 204 aa  88.6  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 220 aa  87.8  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1153  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.18 
 
 		 250 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1853  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.24 
 
 		 250 aa  88.2  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.755428 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1546  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.24 
 
 		 250 aa  87  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2209  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.15 
 
 		 250 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2291  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.24 
 
 		 250 aa  87  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.61 
 
 		 256 aa  87.4  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0588975 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4495  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.15 
 
 		 250 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2162  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.15 
 
 		 250 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.914647  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1450  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.24 
 
 		 250 aa  87  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>