More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0123 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  619  1e-176  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  80.81 
 
 		 301 aa  501  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  79.18 
 
 		 301 aa  488  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  78.5 
 
 		 301 aa  488  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  74.06 
 
 		 313 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  73.72 
 
 		 301 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.16 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.22 
 
 		 305 aa  245  6.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 335 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.88 
 
 		 297 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 299 aa  238  6.999999999999999e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 301 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 293 aa  231  8.000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 301 aa  231  9e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 316 aa  230  2e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 309 aa  222  6e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 298 aa  222  7e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 303 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  38.95 
 
 		 289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  40 
 
 		 303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.55 
 
 		 293 aa  219  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 303 aa  218  7e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 313 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 295 aa  218  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 322 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 292 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 301 aa  216  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  37.86 
 
 		 289 aa  215  7e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 324 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  37.89 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  38.21 
 
 		 289 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.93 
 
 		 290 aa  213  2.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 289 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  38.03 
 
 		 288 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 299 aa  212  7e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 311 aa  211  9e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 349 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 322 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 349 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 349 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 289 aa  209  4e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 349 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 307 aa  209  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 328 aa  209  5e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 297 aa  209  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 306 aa  209  6e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  38.82 
 
 		 305 aa  209  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 334 aa  208  9e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3662  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 306 aa  208  9e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6979  normal  0.769038 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 334 aa  208  9e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 349 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>