More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_695 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_695  pseudouridine synthase, RsuA family  100 
 
 		 249 aa  500  1e-141  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0789  RsuA family pseudouridine synthase  99.2 
 
 		 249 aa  496  1e-139  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.767423  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0715  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  93.57 
 
 		 249 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 238 aa  172  3.9999999999999995e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  41.32 
 
 		 242 aa  172  5e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  42.32 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  42.98 
 
 		 387 aa  169  5e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.45 
 
 		 258 aa  167  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 238 aa  167  1e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  39.5 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  40.91 
 
 		 242 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  40.91 
 
 		 242 aa  166  4e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 242 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 242 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 242 aa  166  4e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  40.5 
 
 		 242 aa  166  5e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 242 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 239 aa  164  9e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 236 aa  164  9e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.5 
 
 		 242 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  40.37 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  42.8 
 
 		 273 aa  161  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  40 
 
 		 239 aa  161  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 243 aa  160  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  39.31 
 
 		 255 aa  160  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 247 aa  159  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  40.32 
 
 		 274 aa  158  8e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 237 aa  158  9e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.48 
 
 		 240 aa  157  1e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 243 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 251 aa  157  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 240 aa  157  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  40.6 
 
 		 236 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 264 aa  156  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  41.7 
 
 		 556 aa  156  3e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  39.48 
 
 		 233 aa  156  4e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 567 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 249 aa  155  5.0000000000000005e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  41.99 
 
 		 268 aa  155  7e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  37.02 
 
 		 266 aa  154  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  39.68 
 
 		 516 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  38.21 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  42.19 
 
 		 624 aa  152  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 235 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  37.04 
 
 		 251 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.21 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.21 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  36.71 
 
 		 472 aa  152  4e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  37.55 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  37.55 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  36.6 
 
 		 266 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 265 aa  151  1e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  36.21 
 
 		 280 aa  150  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  39.52 
 
 		 254 aa  151  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.17 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  36.89 
 
 		 251 aa  149  3e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  37.6 
 
 		 403 aa  149  3e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  37.8 
 
 		 259 aa  149  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  39.22 
 
 		 241 aa  149  4e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 252 aa  149  5e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.4 
 
 		 251 aa  149  5e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  38.84 
 
 		 322 aa  148  6e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 248 aa  148  6e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.14 
 
 		 255 aa  148  6e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  36.97 
 
 		 406 aa  149  6e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  39.24 
 
 		 252 aa  148  8e-35  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  39.51 
 
 		 638 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 555 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.25 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  38.98 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  38.66 
 
 		 253 aa  146  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  37.45 
 
 		 250 aa  146  3e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.07 
 
 		 236 aa  146  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 262 aa  146  3e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  38.59 
 
 		 254 aa  145  4.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  37 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4425  pseudouridine synthase  39.09 
 
 		 244 aa  145  7.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.223617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.37 
 
 		 247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 242 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  39.58 
 
 		 254 aa  145  8.000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  35.9 
 
 		 240 aa  144  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  38.24 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  39.26 
 
 		 250 aa  143  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  39.15 
 
 		 240 aa  142  4e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  38.68 
 
 		 243 aa  142  4e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.6 
 
 		 238 aa  142  4e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 271 aa  142  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  37.77 
 
 		 296 aa  142  4e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.59 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916857  normal  0.0913763 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2973  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.59 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.59 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  37.45 
 
 		 263 aa  142  6e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1958  pseudouridine synthase, Rsu  39.52 
 
 		 292 aa  141  9e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.347299  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  37.34 
 
 		 621 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.82 
 
 		 243 aa  141  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 239 aa  141  9.999999999999999e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>