More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DehaBAV1_0715 on replicon NC_009455
Organism: Dehalococcoides sp. BAV1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009455  DehaBAV1_0715  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 249 aa  498  1e-140  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_695  pseudouridine synthase, RsuA family  93.57 
 
 		 249 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0789  RsuA family pseudouridine synthase  93.57 
 
 		 249 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.767423  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.49 
 
 		 239 aa  170  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  41.32 
 
 		 242 aa  169  5e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  41.74 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 238 aa  167  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.25 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.45 
 
 		 258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  42.45 
 
 		 238 aa  163  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  40.49 
 
 		 255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 242 aa  163  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 242 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  40.08 
 
 		 242 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 236 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  40.66 
 
 		 387 aa  162  4.0000000000000004e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  40.08 
 
 		 242 aa  162  6e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 242 aa  162  6e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 242 aa  162  7e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  40.08 
 
 		 242 aa  162  7e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 242 aa  162  7e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 237 aa  161  8.000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.56 
 
 		 249 aa  160  1e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 242 aa  161  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  37.82 
 
 		 284 aa  160  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.67 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  42.37 
 
 		 273 aa  159  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 233 aa  159  5e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  41.32 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 243 aa  158  8e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 243 aa  157  1e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  40.69 
 
 		 268 aa  157  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 265 aa  156  2e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.15 
 
 		 240 aa  156  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 239 aa  156  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 243 aa  154  9e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.32 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.51 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.06 
 
 		 240 aa  153  2e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.41 
 
 		 252 aa  153  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  36.99 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  37.4 
 
 		 259 aa  151  8.999999999999999e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 256 aa  150  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  39.74 
 
 		 621 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  38.2 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  35.34 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  40.42 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 235 aa  149  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  39.33 
 
 		 322 aa  149  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  41.03 
 
 		 567 aa  149  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  40.93 
 
 		 254 aa  149  4e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  41 
 
 		 250 aa  149  4e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  36.71 
 
 		 239 aa  149  4e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 262 aa  149  5e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 403 aa  149  5e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  36.71 
 
 		 239 aa  149  5e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  35.95 
 
 		 280 aa  149  6e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  36.17 
 
 		 266 aa  148  8e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  39.06 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  35.44 
 
 		 472 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  39.58 
 
 		 375 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  39.22 
 
 		 254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  37.34 
 
 		 406 aa  147  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.68 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  36.99 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 241 aa  146  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4425  pseudouridine synthase  38.93 
 
 		 244 aa  146  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.223617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.6 
 
 		 238 aa  146  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  35.74 
 
 		 266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  34.54 
 
 		 256 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  38.66 
 
 		 253 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 556 aa  145  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.33 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.33 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.6 
 
 		 249 aa  145  5e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  36.07 
 
 		 245 aa  144  9e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  36.64 
 
 		 248 aa  145  9e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  37.13 
 
 		 251 aa  144  1e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.24 
 
 		 247 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.24 
 
 		 247 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916857  normal  0.0913763 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  37.82 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.71 
 
 		 255 aa  144  1e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2973  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.24 
 
 		 247 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  34.21 
 
 		 229 aa  142  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  39.08 
 
 		 638 aa  142  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  37.31 
 
 		 282 aa  142  5e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.56 
 
 		 239 aa  142  5e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 250 aa  142  5e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  37.02 
 
 		 250 aa  142  6e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 242 aa  142  6e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 245 aa  141  8e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 243 aa  141  8e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 254 aa  141  9e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 624 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  34.96 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0829  pseudouridylate synthase  35.39 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  35.04 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>