More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0553 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 352 aa  734    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  79.14 
 
 		 356 aa  551  1e-156  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  68.21 
 
 		 347 aa  493  9.999999999999999e-139  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  60.69 
 
 		 356 aa  441  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  63.08 
 
 		 342 aa  442  1e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  56.48 
 
 		 348 aa  407  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  55.49 
 
 		 343 aa  392  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  52.49 
 
 		 341 aa  389  1e-107  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.61 
 
 		 348 aa  389  1e-107  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.82 
 
 		 350 aa  313  1.9999999999999998e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  47.55 
 
 		 354 aa  310  2e-83  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  46.59 
 
 		 349 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  46.93 
 
 		 354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  44.97 
 
 		 347 aa  299  4e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  46.56 
 
 		 363 aa  291  1e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  44.24 
 
 		 346 aa  288  1e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.39 
 
 		 305 aa  267  2e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.39 
 
 		 303 aa  261  1e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  46.42 
 
 		 305 aa  259  4e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  46.42 
 
 		 305 aa  259  4e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  47.88 
 
 		 304 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  46.86 
 
 		 320 aa  258  9e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  48.21 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  45.95 
 
 		 306 aa  257  3e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  45.69 
 
 		 305 aa  255  8e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  44.1 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  47.71 
 
 		 302 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  44.72 
 
 		 302 aa  253  3e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  45.63 
 
 		 306 aa  253  3e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 		 302 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.41 
 
 		 302 aa  252  6e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  44.41 
 
 		 302 aa  252  6e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 		 302 aa  252  6e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  42.81 
 
 		 315 aa  252  7e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.43 
 
 		 303 aa  252  9.000000000000001e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.1 
 
 		 302 aa  251  2e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  47.06 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  44.1 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  47.06 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.08 
 
 		 302 aa  250  3e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.5 
 
 		 319 aa  249  6e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.17 
 
 		 347 aa  249  7e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  41.92 
 
 		 355 aa  248  8e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.48 
 
 		 322 aa  246  3e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.02 
 
 		 334 aa  246  4e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.84 
 
 		 301 aa  246  4e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.81 
 
 		 296 aa  242  7.999999999999999e-63  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  45.13 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  39.2 
 
 		 334 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  41.3 
 
 		 341 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  38.96 
 
 		 345 aa  239  4e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  43.32 
 
 		 305 aa  239  4e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  44.19 
 
 		 304 aa  239  4e-62  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  41.9 
 
 		 309 aa  239  5.999999999999999e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.82 
 
 		 318 aa  239  6.999999999999999e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.6 
 
 		 343 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 344 aa  238  1e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  41.59 
 
 		 326 aa  237  2e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  43.18 
 
 		 331 aa  237  2e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.99 
 
 		 319 aa  237  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  39.87 
 
 		 313 aa  237  3e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.81 
 
 		 296 aa  236  5.0000000000000005e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  42.68 
 
 		 313 aa  236  5.0000000000000005e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  41.82 
 
 		 326 aa  235  8e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 325 aa  235  8e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.68 
 
 		 319 aa  235  9e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  42.43 
 
 		 327 aa  235  9e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  45.39 
 
 		 334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  43.69 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.72 
 
 		 438 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.37 
 
 		 319 aa  233  4.0000000000000004e-60  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.16 
 
 		 356 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  42.05 
 
 		 431 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  42.28 
 
 		 318 aa  233  5e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.49 
 
 		 306 aa  233  5e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.55 
 
 		 391 aa  233  5e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  40.39 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.2 
 
 		 343 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  41.3 
 
 		 341 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  39.08 
 
 		 400 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  40.79 
 
 		 328 aa  232  9e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 		 407 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  41.31 
 
 		 326 aa  231  1e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  38.1 
 
 		 339 aa  231  1e-59  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 		 405 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  40.85 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.12 
 
 		 318 aa  231  2e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.62 
 
 		 333 aa  231  2e-59  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  40.74 
 
 		 342 aa  231  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.54 
 
 		 349 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.79 
 
 		 304 aa  230  4e-59  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.67 
 
 		 402 aa  229  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  42.04 
 
 		 349 aa  229  7e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  39.67 
 
 		 402 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  39.67 
 
 		 402 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.75 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.81 
 
 		 403 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  37.8 
 
 		 320 aa  227  3e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>