More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_1228 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  69.93 
 
 
542 aa  749    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  75.55 
 
 
537 aa  812    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
549 aa  1129    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  80.18 
 
 
543 aa  889    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  71 
 
 
544 aa  763    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  77.05 
 
 
544 aa  859    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  77.09 
 
 
545 aa  845    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  51.77 
 
 
539 aa  554  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  50.09 
 
 
522 aa  544  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.63 
 
 
561 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  49.53 
 
 
533 aa  528  1e-149  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  49.44 
 
 
537 aa  528  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  46.32 
 
 
507 aa  510  1e-143  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.74 
 
 
535 aa  487  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  46.28 
 
 
517 aa  481  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.36 
 
 
522 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  45.25 
 
 
508 aa  457  1e-127  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  43.87 
 
 
493 aa  454  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.28 
 
 
508 aa  437  1e-121  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.64 
 
 
527 aa  415  1e-114  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  41.52 
 
 
576 aa  411  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  41.02 
 
 
529 aa  404  1e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.26 
 
 
522 aa  398  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.62 
 
 
517 aa  393  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.41 
 
 
529 aa  380  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  39.85 
 
 
510 aa  369  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39.96 
 
 
524 aa  368  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  40.41 
 
 
522 aa  362  1e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  38.68 
 
 
515 aa  360  3e-98  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  39.71 
 
 
593 aa  358  9.999999999999999e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  35.88 
 
 
545 aa  355  1e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  35.88 
 
 
545 aa  355  1e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  36.59 
 
 
532 aa  350  3e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.74 
 
 
579 aa  349  6e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  39.53 
 
 
525 aa  345  1e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.29 
 
 
502 aa  344  2e-93  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  40.07 
 
 
511 aa  345  2e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.05 
 
 
546 aa  344  2e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  39.1 
 
 
569 aa  341  2e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  39.96 
 
 
485 aa  341  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  41 
 
 
600 aa  340  5e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.06 
 
 
454 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  34.57 
 
 
535 aa  337  2.9999999999999997e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.24 
 
 
463 aa  337  2.9999999999999997e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.11 
 
 
533 aa  336  5.999999999999999e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  38.92 
 
 
572 aa  335  9e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.25 
 
 
538 aa  335  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  49.84 
 
 
461 aa  334  2e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  36.25 
 
 
534 aa  335  2e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  35.57 
 
 
576 aa  334  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  49.84 
 
 
461 aa  334  3e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  49.84 
 
 
461 aa  333  5e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.84 
 
 
461 aa  333  5e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  49.84 
 
 
461 aa  333  5e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  49.84 
 
 
461 aa  333  5e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.8 
 
 
458 aa  332  1e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  37.09 
 
 
549 aa  332  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  35.58 
 
 
580 aa  330  3e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  38.12 
 
 
531 aa  330  4e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  34.9 
 
 
580 aa  329  9e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  38.82 
 
 
566 aa  328  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  40.48 
 
 
608 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.81 
 
 
442 aa  327  3e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.24 
 
 
539 aa  327  4.0000000000000003e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  34.61 
 
 
547 aa  326  7e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4004  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  35.79 
 
 
599 aa  325  9e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  37.5 
 
 
550 aa  325  9e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.92 
 
 
466 aa  324  2e-87  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.84 
 
 
480 aa  324  3e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.46 
 
 
447 aa  324  3e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  34.37 
 
 
583 aa  324  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
452 aa  324  3e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  34.78 
 
 
584 aa  322  8e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.43 
 
 
463 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  39.74 
 
 
627 aa  320  3e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  50 
 
 
668 aa  320  5e-86  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  34.26 
 
 
582 aa  319  9e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.84 
 
 
483 aa  318  1e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.3 
 
 
473 aa  319  1e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.3 
 
 
473 aa  319  1e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.51 
 
 
485 aa  318  2e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.37 
 
 
454 aa  317  3e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.27 
 
 
748 aa  317  3e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.51 
 
 
483 aa  317  3e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  49.68 
 
 
668 aa  317  3e-85  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.22 
 
 
470 aa  317  4e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.99 
 
 
473 aa  317  4e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
458 aa  315  9e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.8 
 
 
457 aa  316  9e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0372  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  50.65 
 
 
461 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  35.26 
 
 
597 aa  315  9.999999999999999e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.74 
 
 
468 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  42.55 
 
 
479 aa  315  1.9999999999999998e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0035  NifA subfamily transcriptional regulator  33.17 
 
 
564 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.48 
 
 
457 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.61 
 
 
456 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  48.26 
 
 
455 aa  313  5.999999999999999e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.59 
 
 
470 aa  313  6.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  52 
 
 
466 aa  311  1e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.9 
 
 
455 aa  312  1e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>