More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1087 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  100 
 
 
384 aa  798  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  38.12 
 
 
415 aa  253  3e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  34.29 
 
 
376 aa  183  4e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  33.15 
 
 
398 aa  165  1e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  31.62 
 
 
398 aa  161  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  31.62 
 
 
426 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  32.84 
 
 
435 aa  153  5e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  30.24 
 
 
457 aa  151  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  29.38 
 
 
423 aa  151  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  30.62 
 
 
393 aa  150  3e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  32.63 
 
 
418 aa  150  4e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  31.35 
 
 
434 aa  150  4e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  30.67 
 
 
445 aa  150  5e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  29.84 
 
 
423 aa  149  9e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  30.05 
 
 
393 aa  148  1e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  32.01 
 
 
430 aa  149  1e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  29.79 
 
 
431 aa  146  5e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  31.85 
 
 
424 aa  145  1e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  30.15 
 
 
434 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  29.1 
 
 
419 aa  143  6e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  29.38 
 
 
409 aa  142  7e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  32.1 
 
 
425 aa  141  2e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  30.79 
 
 
413 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  30.85 
 
 
443 aa  139  9e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  30.42 
 
 
423 aa  139  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  29.09 
 
 
424 aa  138  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  29.71 
 
 
431 aa  137  3e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  29.22 
 
 
443 aa  135  8e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  30.42 
 
 
382 aa  134  2e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  29.71 
 
 
420 aa  134  4e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  26.84 
 
 
430 aa  132  1e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  32.02 
 
 
444 aa  132  1e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  29.79 
 
 
393 aa  129  7e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  29.79 
 
 
393 aa  129  7e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  29.53 
 
 
431 aa  129  1e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  29.5 
 
 
393 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1494  oxidoreductase, FAD-binding, putative  28.61 
 
 
455 aa  125  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  29.23 
 
 
440 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  29.91 
 
 
389 aa  122  2e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  28.33 
 
 
390 aa  118  2e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  29.79 
 
 
396 aa  118  2e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  30.05 
 
 
395 aa  117  3e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  27.7 
 
 
414 aa  117  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  30.6 
 
 
385 aa  117  4e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  32.85 
 
 
466 aa  117  5e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  28.5 
 
 
409 aa  115  1e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  28.7 
 
 
403 aa  114  2e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  29.92 
 
 
403 aa  112  1e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  28.83 
 
 
411 aa  111  2e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3957  tryptophan halogenase  27.73 
 
 
444 aa  110  4e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  29.74 
 
 
400 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  29.74 
 
 
406 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  28.78 
 
 
387 aa  108  1e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  31.72 
 
 
408 aa  109  1e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  26.63 
 
 
381 aa  109  1e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  29.74 
 
 
406 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1825  FAD dependent oxidoreductase  27.34 
 
 
455 aa  108  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.133963  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  29.33 
 
 
408 aa  108  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  26.58 
 
 
390 aa  107  4e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  25.28 
 
 
406 aa  105  9e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4197  monooxygenase, FAD-binding:FAD dependent oxidoreductase:tryptophan halogenase  28.08 
 
 
444 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  26.74 
 
 
390 aa  104  3e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  28.78 
 
 
406 aa  103  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  26.33 
 
 
378 aa  103  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  4.24296e-05 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  28.46 
 
 
407 aa  101  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1644  FAD dependent oxidoreductase  26.54 
 
 
378 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00782092 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  28.97 
 
 
375 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  28.91 
 
 
416 aa  100  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0788  non-heme halogenase, putative  25.77 
 
 
439 aa  100  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.702938  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0931  tryptophan halogenase  25.77 
 
 
439 aa  100  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  27.07 
 
 
390 aa  100  5e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  25.47 
 
 
396 aa  100  5e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  32.81 
 
 
384 aa  100  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  29.33 
 
 
406 aa  100  6e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  29.93 
 
 
435 aa  99.8  7e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1852  NAD binding site  27.43 
 
 
376 aa  99  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05771  NAD binding site  27.91 
 
 
376 aa  98.2  2e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.161819  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  26.7 
 
 
391 aa  97.1  4e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1332  oxidoreductase, FAD-binding, putative  26.89 
 
 
449 aa  97.1  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.401661  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3185  monooxygenase FAD-binding protein  25 
 
 
375 aa  95.9  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.388588  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  28.71 
 
 
418 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2035  FAD dependent oxidoreductase  26.42 
 
 
379 aa  94.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  27.38 
 
 
384 aa  95.1  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  28.53 
 
 
387 aa  94.7  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0668  geranylgeranyl reductase  25.97 
 
 
458 aa  94.7  3e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.159483  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3806  FAD dependent oxidoreductase  26.1 
 
 
375 aa  94  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5035  FAD dependent oxidoreductase  24.79 
 
 
374 aa  94  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.378834 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  28.61 
 
 
362 aa  94  4e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  7.05466e-05 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  26.38 
 
 
436 aa  93.6  5e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1073  geranylgeranyl reductase  25.61 
 
 
452 aa  93.2  7e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2763  oxidoreductase, FAD-binding, putative  26 
 
 
445 aa  93.2  8e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2969  tryptophan halogenase  25.78 
 
 
455 aa  92.8  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.339747  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0506  geranylgeranyl reductase  26.69 
 
 
398 aa  92.4  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  26.67 
 
 
370 aa  91.7  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03738  hydroxylase  25.53 
 
 
461 aa  92  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2206  FAD dependent oxidoreductase  25.07 
 
 
410 aa  90.9  3e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.685598 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  29.13 
 
 
374 aa  90.9  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3091  FAD dependent oxidoreductase  24.8 
 
 
410 aa  90.5  5e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.275239  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3481  geranylgeranyl reductase  25.96 
 
 
374 aa  90.1  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  28.67 
 
 
429 aa  90.1  6e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>