84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2860 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  99.32 
 
 
455 aa  912  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 
454 aa  936  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  99.32 
 
 
455 aa  912  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  34.92 
 
 
454 aa  257  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  34.49 
 
 
454 aa  256  6e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  36.15 
 
 
453 aa  256  7e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  34.84 
 
 
452 aa  254  2e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  2.09451e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  33.69 
 
 
452 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  34.55 
 
 
447 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  34.48 
 
 
447 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  34.76 
 
 
447 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  35.73 
 
 
456 aa  251  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  34.48 
 
 
447 aa  251  3e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  35.73 
 
 
456 aa  251  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  35.7 
 
 
453 aa  250  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  35.51 
 
 
456 aa  249  5e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  35.86 
 
 
444 aa  250  5e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  35.63 
 
 
444 aa  246  5e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  35.89 
 
 
453 aa  245  1e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  34.32 
 
 
448 aa  244  2e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  34.94 
 
 
444 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  33.95 
 
 
482 aa  232  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  34.61 
 
 
448 aa  221  2e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  31.1 
 
 
446 aa  182  9e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  29.26 
 
 
417 aa  137  3e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  28.12 
 
 
396 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  27.63 
 
 
422 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  28.12 
 
 
422 aa  132  1e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  28.36 
 
 
422 aa  131  2e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  28.31 
 
 
476 aa  129  2e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  27.11 
 
 
514 aa  114  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  27.02 
 
 
501 aa  112  1e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  25.81 
 
 
504 aa  111  2e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  25.81 
 
 
504 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  25.81 
 
 
504 aa  111  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  25.81 
 
 
504 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  25.81 
 
 
504 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  25.81 
 
 
504 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  25.81 
 
 
504 aa  111  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  25.49 
 
 
494 aa  110  7e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  27.18 
 
 
510 aa  109  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  24.86 
 
 
425 aa  108  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  26.46 
 
 
485 aa  107  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  27.08 
 
 
486 aa  106  9e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  26.28 
 
 
534 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  24.48 
 
 
492 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  25.68 
 
 
495 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  25.17 
 
 
493 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  25.17 
 
 
514 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  25.17 
 
 
514 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  26.08 
 
 
478 aa  98.6  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  24.07 
 
 
440 aa  97.4  5e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  26.39 
 
 
490 aa  95.9  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  22.69 
 
 
512 aa  95.9  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  25.89 
 
 
507 aa  94  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  22.93 
 
 
481 aa  90.9  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 
488 aa  90.1  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  25.26 
 
 
474 aa  87  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  24.94 
 
 
502 aa  86.7  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  25.88 
 
 
417 aa  85.9  1e-15  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  24.67 
 
 
498 aa  84.7  3e-15  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  24.83 
 
 
483 aa  80.1  8e-14  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  23.32 
 
 
480 aa  78.2  3e-13  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  24.36 
 
 
502 aa  71.6  3e-11  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 
444 aa  71.2  3e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  21.97 
 
 
534 aa  70.9  5e-11  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  23.02 
 
 
449 aa  69.3  1e-10  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  21.74 
 
 
534 aa  68.2  3e-10  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  21.36 
 
 
509 aa  68.6  3e-10  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  23.31 
 
 
446 aa  60.5  6e-08  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  20.8 
 
 
452 aa  59.7  9e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  23.45 
 
 
522 aa  59.7  1e-07  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  24.59 
 
 
480 aa  57.4  5e-07  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  21.59 
 
 
473 aa  54.7  3e-06  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  24.09 
 
 
434 aa  52.4  2e-05  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  9.778e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  22.84 
 
 
490 aa  51.2  4e-05  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  22.09 
 
 
481 aa  51.2  4e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  23.25 
 
 
490 aa  51.2  4e-05  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  23.24 
 
 
476 aa  46.6  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  23.83 
 
 
452 aa  46.6  0.0009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  26 
 
 
464 aa  45.8  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  22.54 
 
 
476 aa  44.7  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  26.53 
 
 
484 aa  44.7  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  21.33 
 
 
462 aa  43.1  0.01  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>