More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5990 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  100 
 
 		 292 aa  577  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  69.26 
 
 		 299 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  62.24 
 
 		 289 aa  377  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  65.56 
 
 		 292 aa  365  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  61.48 
 
 		 284 aa  353  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  58.16 
 
 		 287 aa  338  5e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  56.94 
 
 		 287 aa  329  3e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  45.45 
 
 		 289 aa  256  4e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  44.49 
 
 		 284 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  44.49 
 
 		 287 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  44.12 
 
 		 284 aa  248  6e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  44.12 
 
 		 284 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  43.06 
 
 		 288 aa  245  8e-64  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  47.2 
 
 		 287 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  53.95 
 
 		 293 aa  240  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  54.17 
 
 		 286 aa  240  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  43.96 
 
 		 306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  48.25 
 
 		 288 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  53.46 
 
 		 286 aa  235  6e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  45.85 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  43.96 
 
 		 311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  48.29 
 
 		 289 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  46.36 
 
 		 285 aa  232  6e-60  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  53 
 
 		 286 aa  232  6e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  45.82 
 
 		 295 aa  232  6e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  42.49 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  47.37 
 
 		 293 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  47.77 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  47.37 
 
 		 293 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  43.42 
 
 		 287 aa  226  3e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  46.43 
 
 		 274 aa  224  9e-58  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  44.57 
 
 		 282 aa  224  1e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0204  2,3-dimethylmalate lyase  50.42 
 
 		 325 aa  222  4.9999999999999996e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5166  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  42.6 
 
 		 292 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.919323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  42.7 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  41.97 
 
 		 292 aa  210  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  42.69 
 
 		 291 aa  209  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  42.28 
 
 		 292 aa  208  7e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  41.61 
 
 		 292 aa  208  8e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  44.14 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  42.28 
 
 		 292 aa  207  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  42.86 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  42.12 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  43.41 
 
 		 291 aa  207  2e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  41.13 
 
 		 292 aa  206  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  41.7 
 
 		 292 aa  206  4e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  41.91 
 
 		 292 aa  206  4e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  41.91 
 
 		 292 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  43.46 
 
 		 296 aa  205  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2334  2-methylisocitrate lyase  43.08 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474392  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  40.96 
 
 		 292 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  42.44 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  42.44 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  41.54 
 
 		 292 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3644  2-methylisocitrate lyase  41.54 
 
 		 292 aa  204  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4021  2-methylisocitrate lyase  41.54 
 
 		 292 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4140  2-methylisocitrate lyase  41.54 
 
 		 292 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4047  2-methylisocitrate lyase  41.54 
 
 		 292 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  39.65 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  41.06 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0461  2,3-dimethylmalate lyase  41.42 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1197  2-methylisocitrate lyase  40.3 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  43.08 
 
 		 308 aa  201  9e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  42.86 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1935  2-methylisocitrate lyase  42.69 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146073  hitchhiker  0.00000021306 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  45.06 
 
 		 289 aa  200  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  40.51 
 
 		 292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1775  2-methylisocitrate lyase  43.08 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367112  hitchhiker  0.000175442 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  43.48 
 
 		 294 aa  200  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0952  2-methylisocitrate lyase  41.77 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1666  2-methylisocitrate lyase  41.31 
 
 		 295 aa  199  7e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1764  2-methylisocitrate lyase  42.31 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02397  2-methylisocitrate lyase  40.56 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23210  2-methylisocitrate lyase  42.69 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  39.78 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1122  2-methylisocitrate lyase  40.22 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0458  2,3-dimethylmalate lyase  38.06 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  41.15 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2605  2-methylisocitrate lyase  40.82 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  hitchhiker  0.000512853 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  41.11 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003388  methylisocitrate lyase  40.56 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  43.36 
 
 		 302 aa  195  9e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  38.69 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2775  2,3-dimethylmalate lyase  38.52 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1092  carboxyvinyl-carboxyphosphonatephosphorylmutase  37.59 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.301564  normal  0.346372 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  43.58 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2287  methylisocitrate lyase  43.08 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.298126  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1587  2-methylisocitrate lyase  41.22 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000235696  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4722  2-methylisocitrate lyase  42.31 
 
 		 298 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  43.55 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53940  2-methylisocitrate lyase  42.31 
 
 		 298 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  43.19 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  43.58 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  43.19 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  44.35 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4356  2-methylisocitrate lyase  43.5 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  43.19 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  40.96 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2189  2-methylisocitrate lyase  40.96 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  43.19 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>