More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2775 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2775  2,3-dimethylmalate lyase  100 
 
 		 287 aa  593  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  57.69 
 
 		 287 aa  342  2.9999999999999997e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5166  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  53.02 
 
 		 292 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.919323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0458  2,3-dimethylmalate lyase  49.47 
 
 		 296 aa  276  4e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  46.45 
 
 		 289 aa  264  1e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  41.64 
 
 		 287 aa  224  9e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  42.7 
 
 		 289 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  41.49 
 
 		 291 aa  216  2.9999999999999998e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  41.13 
 
 		 289 aa  207  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  38.68 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  40.93 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  37.72 
 
 		 288 aa  206  3e-52  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  41.96 
 
 		 284 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  44.67 
 
 		 274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  38.63 
 
 		 284 aa  198  7e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  38.63 
 
 		 284 aa  198  7e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  41.9 
 
 		 293 aa  198  7.999999999999999e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1092  carboxyvinyl-carboxyphosphonatephosphorylmutase  37.89 
 
 		 293 aa  198  9e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.301564  normal  0.346372 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  37.94 
 
 		 287 aa  198  9e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  37.28 
 
 		 287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1029  2,3-dimethylmalate lyase  38.93 
 
 		 287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114621  normal  0.155549 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  38.27 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  38.77 
 
 		 292 aa  195  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0283  putative methylisocitrate lyase  44.36 
 
 		 289 aa  195  6e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.548186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  38.52 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  39.01 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  37.94 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  44.27 
 
 		 285 aa  192  4e-48  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40267  predicted protein  37.98 
 
 		 323 aa  193  4e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.158521  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  38.65 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  38.65 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  38.65 
 
 		 302 aa  191  8e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  38.65 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  38.65 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  38.65 
 
 		 302 aa  191  8e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  38.65 
 
 		 302 aa  191  8e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  37.81 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1459  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  42.22 
 
 		 278 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  38.3 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  38.65 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  38.65 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  40.21 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  37.82 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  41.44 
 
 		 282 aa  188  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2934  putative methylisocitrate lyase  36.43 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  37.28 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0661  2,3-dimethylmalate lyase  37.5 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.428755 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  37.86 
 
 		 294 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  40.56 
 
 		 295 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  37.87 
 
 		 286 aa  182  7e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  37.87 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  39.01 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  36.46 
 
 		 306 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  39.36 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  39.36 
 
 		 293 aa  178  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  39.07 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0461  2,3-dimethylmalate lyase  38.2 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  38.95 
 
 		 302 aa  175  7e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  37.28 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09369  conserved hypothetical protein  33.57 
 
 		 454 aa  172  5e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.925933  hitchhiker  0.00486144 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  37.31 
 
 		 292 aa  172  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  37.63 
 
 		 304 aa  172  6.999999999999999e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  43.2 
 
 		 297 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  38.67 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0659  2,3-dimethylmalate lyase  36.49 
 
 		 322 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858206 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  39.66 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  38.67 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  38.67 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  38.67 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  37.05 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3496  methylisocitrate lyase  40.16 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4325  2,3-dimethylmalate lyase  37.32 
 
 		 285 aa  166  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2189  2-methylisocitrate lyase  37.02 
 
 		 297 aa  165  8e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12030  methylisocitrate lyase  36.49 
 
 		 312 aa  165  8e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.55917  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  36.15 
 
 		 292 aa  165  8e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  35.42 
 
 		 296 aa  165  9e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  34.94 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  34.54 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0204  2,3-dimethylmalate lyase  38.25 
 
 		 325 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1666  2-methylisocitrate lyase  34.83 
 
 		 295 aa  161  9e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  41.26 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  36.36 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  41.26 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  35.06 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  37.21 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0622  methylisocitrate lyase  39.13 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14150  methylisocitrate lyase  36.24 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06882  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase (AFU_orthologue; AFUA_2G00120)  34.91 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.463581  normal  0.914555 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2605  2-methylisocitrate lyase  40.91 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  hitchhiker  0.000512853 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  36.14 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  39.82 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  38.77 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5389  2-methylisocitrate lyase  38.67 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.36576  normal  0.795706 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  37.34 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  34.64 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  39.21 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  35.23 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4842  2-methylisocitrate lyase  38.67 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0568  methylisocitrate lyase  37.77 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  37.76 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>