More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4325 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4325  2,3-dimethylmalate lyase  100 
 
 		 285 aa  561  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  41.13 
 
 		 289 aa  212  7e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5166  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  43.17 
 
 		 292 aa  208  9e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.919323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  39.58 
 
 		 287 aa  202  4e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0204  2,3-dimethylmalate lyase  47.58 
 
 		 325 aa  198  9e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  40.93 
 
 		 287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  38.19 
 
 		 288 aa  196  3e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  43.75 
 
 		 288 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  44.66 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  45.31 
 
 		 293 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  37.85 
 
 		 291 aa  192  6e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  44.9 
 
 		 293 aa  192  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  48.64 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  44.72 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  40.66 
 
 		 284 aa  188  8e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  41.88 
 
 		 295 aa  188  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40267  predicted protein  41.4 
 
 		 323 aa  187  1e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.158521  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  44.35 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  42.56 
 
 		 302 aa  183  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0458  2,3-dimethylmalate lyase  38.41 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  40.74 
 
 		 293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  42.29 
 
 		 312 aa  181  9.000000000000001e-45  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0283  putative methylisocitrate lyase  43.48 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.548186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  43.48 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  43.22 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  33.56 
 
 		 287 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  33.68 
 
 		 284 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  33.33 
 
 		 284 aa  175  7e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  33.33 
 
 		 284 aa  175  8e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  39.37 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  41.2 
 
 		 296 aa  173  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2775  2,3-dimethylmalate lyase  37.32 
 
 		 287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1029  2,3-dimethylmalate lyase  37.33 
 
 		 287 aa  172  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114621  normal  0.155549 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  40.81 
 
 		 292 aa  172  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  40.81 
 
 		 292 aa  172  5e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  40.36 
 
 		 292 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0461  2,3-dimethylmalate lyase  38.52 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  37.76 
 
 		 282 aa  172  7.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  38.78 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  40.25 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  40.57 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  40.89 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  37.94 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  41.7 
 
 		 292 aa  170  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  40.36 
 
 		 292 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3644  2-methylisocitrate lyase  39.91 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4140  2-methylisocitrate lyase  39.91 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4021  2-methylisocitrate lyase  39.46 
 
 		 292 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  39.46 
 
 		 292 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  38.52 
 
 		 286 aa  167  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  36.5 
 
 		 274 aa  168  1e-40  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4047  2-methylisocitrate lyase  39.46 
 
 		 292 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  40.33 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  39.91 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  40.33 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0568  methylisocitrate lyase  43.97 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  38.15 
 
 		 286 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  40.69 
 
 		 311 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  40.57 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_18345  predicted protein  35.17 
 
 		 348 aa  166  4e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  39.92 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  39.42 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  39.92 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  40.36 
 
 		 292 aa  166  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  39.92 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  39.76 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  39.92 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  39.92 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  39.92 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  38.1 
 
 		 285 aa  165  9e-40  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  38.96 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  40.43 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  39.92 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  40.36 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  39.92 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3496  methylisocitrate lyase  41.28 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1092  carboxyvinyl-carboxyphosphonatephosphorylmutase  35.99 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.301564  normal  0.346372 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2400  2-methylisocitrate lyase  37.87 
 
 		 311 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1524  methylisocitrate lyase  41.3 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000427671 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  41.89 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  37.68 
 
 		 287 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2934  putative methylisocitrate lyase  33.1 
 
 		 288 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1524  2,3-dimethylmalate lyase  41.22 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  37.11 
 
 		 292 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14150  methylisocitrate lyase  40.34 
 
 		 312 aa  162  6e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  37.05 
 
 		 287 aa  162  8.000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  41.44 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  40.99 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  41.44 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  40.27 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12030  methylisocitrate lyase  39.48 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.55917  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  41.44 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  40.99 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  40.99 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  40 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  38.63 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2000  2-methylisocitrate lyase  40.74 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440629  normal  0.42713 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  36.49 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0659  2,3-dimethylmalate lyase  35.25 
 
 		 322 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858206 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  36.67 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>