More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0283 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0283  putative methylisocitrate lyase  100 
 
 		 289 aa  565  1e-160  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.548186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5166  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  48.31 
 
 		 292 aa  255  5e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.919323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  46.21 
 
 		 289 aa  253  2.0000000000000002e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  49.82 
 
 		 287 aa  249  4e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  43.22 
 
 		 291 aa  232  5e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  43.68 
 
 		 288 aa  228  8e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  46.21 
 
 		 289 aa  226  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  45.42 
 
 		 289 aa  225  7e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0458  2,3-dimethylmalate lyase  44.16 
 
 		 296 aa  222  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  45.56 
 
 		 292 aa  217  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  41.48 
 
 		 287 aa  215  7e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2775  2,3-dimethylmalate lyase  44.36 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  43.17 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  43.53 
 
 		 284 aa  209  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  43.37 
 
 		 287 aa  209  4e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  43.32 
 
 		 287 aa  209  5e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40267  predicted protein  43.62 
 
 		 323 aa  209  6e-53  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.158521  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  42.59 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  43.55 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  46.52 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  42.21 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  40.21 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  40.15 
 
 		 285 aa  195  8.000000000000001e-49  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  44.2 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0461  2,3-dimethylmalate lyase  36.88 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  37.13 
 
 		 284 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  37.13 
 
 		 284 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  44.54 
 
 		 296 aa  191  8e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1459  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  42.49 
 
 		 278 aa  191  8e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  37.13 
 
 		 287 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  37.13 
 
 		 284 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  46.06 
 
 		 288 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0661  2,3-dimethylmalate lyase  39.93 
 
 		 310 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.428755 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  44.02 
 
 		 292 aa  188  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1092  carboxyvinyl-carboxyphosphonatephosphorylmutase  45 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.301564  normal  0.346372 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  41.3 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1029  2,3-dimethylmalate lyase  38.83 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114621  normal  0.155549 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  40 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  42.34 
 
 		 302 aa  185  6e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  42.34 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  41.95 
 
 		 293 aa  185  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0204  2,3-dimethylmalate lyase  44.98 
 
 		 325 aa  185  8e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  41.95 
 
 		 293 aa  185  8e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  40.93 
 
 		 274 aa  185  8e-46  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  42.34 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  42.34 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  42.34 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57236  methylisocitrate lyase (2-methylisocitrate lyase)  39.57 
 
 		 299 aa  185  9e-46  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.703646  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  42.34 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  42.34 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  42.34 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  42.34 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  44.73 
 
 		 286 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  43.16 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  42.13 
 
 		 291 aa  183  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  41.94 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  42.91 
 
 		 286 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  43.97 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  41.45 
 
 		 292 aa  182  6e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  41.22 
 
 		 292 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1666  2-methylisocitrate lyase  43.59 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  42.06 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4325  2,3-dimethylmalate lyase  43.48 
 
 		 285 aa  181  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  44.54 
 
 		 289 aa  179  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  44.3 
 
 		 286 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  41.63 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  40.85 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  42.98 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  40.77 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  41.83 
 
 		 308 aa  177  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  40.76 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  41.2 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  42.55 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2934  putative methylisocitrate lyase  34.8 
 
 		 288 aa  174  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06882  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase (AFU_orthologue; AFUA_2G00120)  42.44 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.463581  normal  0.914555 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  40.77 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09369  conserved hypothetical protein  39.34 
 
 		 454 aa  172  6.999999999999999e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.925933  hitchhiker  0.00486144 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  38.35 
 
 		 282 aa  170  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02397  2-methylisocitrate lyase  38.49 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1122  2-methylisocitrate lyase  41.45 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  40.17 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  40.17 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  37.7 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  39.06 
 
 		 292 aa  169  7e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3510  methylisocitrate lyase  40.16 
 
 		 306 aa  168  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.120815  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2605  2-methylisocitrate lyase  39.66 
 
 		 293 aa  169  7e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  hitchhiker  0.000512853 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  41.18 
 
 		 294 aa  167  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  40.6 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003388  methylisocitrate lyase  38.49 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  40.16 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0462  2-methylisocitrate lyase  40.15 
 
 		 295 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237337  hitchhiker  0.00000000745318 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  40.15 
 
 		 295 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  40.15 
 
 		 295 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  41.3 
 
 		 295 aa  165  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  40.15 
 
 		 295 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  41.88 
 
 		 302 aa  165  9e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  39.75 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  39.75 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  39.75 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  40.15 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>