More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0806 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  100 
 
 		 287 aa  584  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  89.2 
 
 		 287 aa  520  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  59.72 
 
 		 289 aa  353  2e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  61.48 
 
 		 284 aa  352  4e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  58.16 
 
 		 292 aa  338  5e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  56.89 
 
 		 299 aa  329  3e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  57.61 
 
 		 292 aa  322  3e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  45.04 
 
 		 289 aa  252  6e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  44.76 
 
 		 287 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  43.75 
 
 		 287 aa  235  6e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  43.38 
 
 		 284 aa  234  8e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  43.38 
 
 		 284 aa  234  8e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  43.38 
 
 		 284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5166  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  44 
 
 		 292 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.919323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  44.28 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  43.49 
 
 		 311 aa  225  7e-58  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  46.72 
 
 		 288 aa  222  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 304 aa  221  9e-57  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  40.07 
 
 		 288 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  41.88 
 
 		 287 aa  219  5e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  43.33 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  45.02 
 
 		 286 aa  217  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  43.66 
 
 		 289 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  44.65 
 
 		 286 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  44.06 
 
 		 285 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  45.34 
 
 		 295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  43.94 
 
 		 274 aa  211  1e-53  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  46.67 
 
 		 286 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  44 
 
 		 293 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  45.23 
 
 		 293 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  46.25 
 
 		 295 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2775  2,3-dimethylmalate lyase  38.68 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  44.58 
 
 		 293 aa  206  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  43.15 
 
 		 294 aa  205  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  46.5 
 
 		 282 aa  204  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  51.57 
 
 		 296 aa  202  5e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  47.03 
 
 		 292 aa  202  7e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  46.61 
 
 		 292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  42.59 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  40.59 
 
 		 291 aa  201  1.9999999999999998e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  46.61 
 
 		 292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  50.7 
 
 		 308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  43.94 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  46.19 
 
 		 292 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  43.19 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  38.1 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  43.19 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  45.76 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4021  2-methylisocitrate lyase  45.76 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4047  2-methylisocitrate lyase  45.76 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3644  2-methylisocitrate lyase  45.76 
 
 		 292 aa  196  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4140  2-methylisocitrate lyase  45.76 
 
 		 292 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  43.19 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0462  2-methylisocitrate lyase  43.19 
 
 		 295 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237337  hitchhiker  0.00000000745318 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 295 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0283  putative methylisocitrate lyase  43.32 
 
 		 289 aa  195  7e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.548186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0458  2,3-dimethylmalate lyase  37.41 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  40.5 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0819  2-methylisocitrate lyase  40.74 
 
 		 290 aa  193  3e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445655  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1177  2-methylisocitrate lyase  40.74 
 
 		 290 aa  193  3e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.984478  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  43.53 
 
 		 298 aa  192  4e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  41.2 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2189  2-methylisocitrate lyase  39.44 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  40.49 
 
 		 292 aa  192  5e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  40.49 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0952  2-methylisocitrate lyase  41.33 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1092  carboxyvinyl-carboxyphosphonatephosphorylmutase  39.86 
 
 		 293 aa  192  7e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.301564  normal  0.346372 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  40.14 
 
 		 297 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0397  2-methylisocitrate lyase  40.51 
 
 		 296 aa  191  8e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  41.94 
 
 		 292 aa  192  8e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  40.14 
 
 		 297 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  40.14 
 
 		 297 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3275  methylisocitrate lyase  40.51 
 
 		 296 aa  191  9e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00286  2-methylisocitrate lyase  40.51 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  40.85 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0403  2-methylisocitrate lyase  40.51 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  41.96 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3293  2-methylisocitrate lyase  40.51 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  40.85 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0356  2-methylisocitrate lyase  40.51 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00290  hypothetical protein  40.51 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  41.96 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0363  2-methylisocitrate lyase  40.51 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.85 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.85 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.85 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  39.43 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  39.84 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  40.85 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  45.11 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  39.84 
 
 		 297 aa  189  2.9999999999999997e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  40.22 
 
 		 296 aa  189  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  41.13 
 
 		 292 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0204  2,3-dimethylmalate lyase  46.3 
 
 		 325 aa  189  4e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  41.06 
 
 		 296 aa  189  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.85 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.85 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  41.98 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  41.03 
 
 		 296 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  43.28 
 
 		 302 aa  188  8e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>