More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4291 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  100 
 
 		 295 aa  592  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  85.71 
 
 		 293 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  85.71 
 
 		 293 aa  513  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  69.39 
 
 		 294 aa  427  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  72.7 
 
 		 295 aa  430  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  65.96 
 
 		 286 aa  390  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  65.36 
 
 		 286 aa  377  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  65.36 
 
 		 286 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  59.93 
 
 		 293 aa  346  3e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  55.47 
 
 		 288 aa  278  5e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  47.46 
 
 		 284 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  43.61 
 
 		 292 aa  232  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  44.28 
 
 		 282 aa  230  3e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  47.84 
 
 		 301 aa  229  4e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  43.87 
 
 		 274 aa  228  1e-58  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.68 
 
 		 289 aa  227  2e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  39.62 
 
 		 284 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  44.65 
 
 		 285 aa  224  1e-57  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  39.25 
 
 		 284 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  38.81 
 
 		 287 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  46.83 
 
 		 289 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  39.25 
 
 		 284 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  49.58 
 
 		 292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  43.87 
 
 		 299 aa  219  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  37.77 
 
 		 288 aa  218  7e-56  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  46.03 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  43.72 
 
 		 287 aa  215  8e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  45.56 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  50.23 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1666  2-methylisocitrate lyase  47.14 
 
 		 295 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  43.58 
 
 		 292 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  43.58 
 
 		 292 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  43.58 
 
 		 292 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0204  2,3-dimethylmalate lyase  42.35 
 
 		 325 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  43.58 
 
 		 292 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  46.05 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  46.05 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  41.18 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  43.56 
 
 		 287 aa  211  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2080  2-methylisocitrate lyase  41.46 
 
 		 295 aa  211  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.734153  normal  0.114818 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  40 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  43.2 
 
 		 296 aa  210  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  44.76 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4021  2-methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 292 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 292 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4047  2-methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 292 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  44.3 
 
 		 296 aa  208  9e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  43.88 
 
 		 296 aa  208  9e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  41.96 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4140  2-methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 292 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3644  2-methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 292 aa  208  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  40.74 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  38.11 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2400  2-methylisocitrate lyase  41.79 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  43.9 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  41.16 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  42.23 
 
 		 289 aa  206  5e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  43.35 
 
 		 291 aa  205  6e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  40.15 
 
 		 287 aa  205  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1197  2-methylisocitrate lyase  42.02 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  40.37 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1122  2-methylisocitrate lyase  39.21 
 
 		 304 aa  203  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23210  2-methylisocitrate lyase  41.28 
 
 		 295 aa  203  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2334  2-methylisocitrate lyase  44.98 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474392  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  39.77 
 
 		 292 aa  203  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1509  2-methylisocitrate lyase  46.61 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.265222  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  37.85 
 
 		 297 aa  202  4e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  44.98 
 
 		 296 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 295 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 295 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  39.07 
 
 		 304 aa  202  8e-51  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 295 aa  201  8e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  37.5 
 
 		 297 aa  201  9e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  38.04 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  42.4 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  37.5 
 
 		 289 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  41.01 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1935  2-methylisocitrate lyase  44.98 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146073  hitchhiker  0.00000021306 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  39.45 
 
 		 292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2189  2-methylisocitrate lyase  42.13 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4722  2-methylisocitrate lyase  40.77 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2605  2-methylisocitrate lyase  44.49 
 
 		 293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  hitchhiker  0.000512853 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  39.45 
 
 		 292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53940  2-methylisocitrate lyase  40.77 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0819  2-methylisocitrate lyase  44.44 
 
 		 290 aa  200  3e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445655  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2000  2-methylisocitrate lyase  42.63 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440629  normal  0.42713 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  42.52 
 
 		 297 aa  199  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1177  2-methylisocitrate lyase  44.44 
 
 		 290 aa  200  3e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.984478  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  37.8 
 
 		 291 aa  199  3e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0462  2-methylisocitrate lyase  42.4 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237337  hitchhiker  0.00000000745318 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1764  2-methylisocitrate lyase  41.52 
 
 		 296 aa  199  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1808  2-methylisocitrate lyase  43.43 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.988873  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1775  2-methylisocitrate lyase  44.58 
 
 		 296 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367112  hitchhiker  0.000175442 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  43.56 
 
 		 292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  42.13 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  42.13 
 
 		 297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  42.13 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  42.13 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0403  2-methylisocitrate lyase  42 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3293  2-methylisocitrate lyase  42 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>