More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0689 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  100 
 
 		 292 aa  587  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  73.55 
 
 		 289 aa  419  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  67.64 
 
 		 299 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  65.56 
 
 		 292 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  61.15 
 
 		 284 aa  328  8e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  57.61 
 
 		 287 aa  322  3e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  57.45 
 
 		 287 aa  322  5e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  48.26 
 
 		 311 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  46.18 
 
 		 306 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  46.56 
 
 		 304 aa  239  5e-62  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  45.85 
 
 		 284 aa  234  9e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  45.85 
 
 		 284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  46.25 
 
 		 287 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  45.85 
 
 		 284 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  43.33 
 
 		 289 aa  233  3e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  45.49 
 
 		 282 aa  230  3e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  44.57 
 
 		 287 aa  228  1e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  45.45 
 
 		 312 aa  223  3e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  47.15 
 
 		 274 aa  220  3e-56  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  43.37 
 
 		 285 aa  218  8.999999999999998e-56  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  45 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  47.24 
 
 		 288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5166  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.79 
 
 		 292 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.919323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  50.23 
 
 		 295 aa  215  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  50.69 
 
 		 286 aa  215  9e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  48.39 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  44.2 
 
 		 295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  48.39 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  50.23 
 
 		 286 aa  211  9e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  43.68 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0204  2,3-dimethylmalate lyase  47.58 
 
 		 325 aa  211  1e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  49.77 
 
 		 286 aa  209  4e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  42.74 
 
 		 294 aa  205  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  43.75 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  47.56 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  41.7 
 
 		 291 aa  202  7e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  44.53 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0461  2,3-dimethylmalate lyase  41.26 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  36.23 
 
 		 288 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0283  putative methylisocitrate lyase  45.56 
 
 		 289 aa  199  3.9999999999999996e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.548186  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2775  2,3-dimethylmalate lyase  38.77 
 
 		 287 aa  195  7e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0800  methylisocitrate lyase  42.25 
 
 		 307 aa  195  7e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0629223  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  41.33 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  41.8 
 
 		 296 aa  189  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  40.52 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  40.54 
 
 		 291 aa  186  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  43.8 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0650  methylisocitrate lyase  44.24 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  44.4 
 
 		 289 aa  186  5e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  39.77 
 
 		 292 aa  185  7e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  40.59 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0952  2-methylisocitrate lyase  38.78 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.59 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  40.59 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  40.59 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1869  2-methylisocitrate lyase  38.55 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.59 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.59 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  40.59 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.59 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.59 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  39.45 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  39.45 
 
 		 292 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  41.46 
 
 		 296 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  39.45 
 
 		 292 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  39 
 
 		 292 aa  182  6e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2320  2,3-dimethylmalate lyase  41.73 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0895569  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1935  2-methylisocitrate lyase  41.06 
 
 		 294 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146073  hitchhiker  0.00000021306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2334  2-methylisocitrate lyase  41.06 
 
 		 296 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474392  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2648  methylisocitrate lyase  43.56 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.843725  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0462  2-methylisocitrate lyase  40.08 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.237337  hitchhiker  0.00000000745318 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  40.56 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4791  2,3-dimethylmalate lyase  42.35 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.147274  normal  0.246336 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02397  2-methylisocitrate lyase  38.55 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  41.77 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0661  2,3-dimethylmalate lyase  37.96 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.428755 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  41.77 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  40.56 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  41.15 
 
 		 292 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  39.06 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1666  2-methylisocitrate lyase  40.41 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  41.77 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1775  2-methylisocitrate lyase  41.06 
 
 		 296 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367112  hitchhiker  0.000175442 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00286  2-methylisocitrate lyase  40.23 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2085  2-methylisocitrate lyase  42.68 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.36601  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00290  hypothetical protein  40.23 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  41.37 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0403  2-methylisocitrate lyase  40.23 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3510  methylisocitrate lyase  41.35 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.120815  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  36.5 
 
 		 292 aa  179  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0356  2-methylisocitrate lyase  40.23 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3275  methylisocitrate lyase  40.23 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3293  2-methylisocitrate lyase  41.46 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2287  methylisocitrate lyase  42.68 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.298126  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  41.7 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0363  2-methylisocitrate lyase  41.46 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0397  2-methylisocitrate lyase  41.46 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  40.77 
 
 		 292 aa  179  7e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  40.38 
 
 		 292 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  40.77 
 
 		 292 aa  179  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>