More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1092 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1092  carboxyvinyl-carboxyphosphonatephosphorylmutase  100 
 
 		 293 aa  588  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.301564  normal  0.346372 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40267  predicted protein  50.87 
 
 		 323 aa  268  1e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.158521  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09369  conserved hypothetical protein  44.76 
 
 		 454 aa  228  7e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.925933  hitchhiker  0.00486144 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_18345  predicted protein  43.66 
 
 		 348 aa  224  1e-57  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  38.21 
 
 		 289 aa  223  3e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  40.14 
 
 		 287 aa  219  5e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  37.46 
 
 		 288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  38.38 
 
 		 291 aa  209  4e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  39.22 
 
 		 289 aa  208  7e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06882  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase (AFU_orthologue; AFUA_2G00120)  41.79 
 
 		 334 aa  208  9e-53  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.463581  normal  0.914555 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2775  2,3-dimethylmalate lyase  37.89 
 
 		 287 aa  198  9e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2934  putative methylisocitrate lyase  36.86 
 
 		 288 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  40.28 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  37.41 
 
 		 287 aa  193  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  37.59 
 
 		 292 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  38.06 
 
 		 286 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  39.86 
 
 		 287 aa  192  8e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  38.97 
 
 		 288 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  39.06 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  39.06 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  41.22 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  37.93 
 
 		 286 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  37.8 
 
 		 293 aa  189  7e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0458  2,3-dimethylmalate lyase  36.45 
 
 		 296 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0661  2,3-dimethylmalate lyase  37.09 
 
 		 310 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.428755 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  39.86 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  38.71 
 
 		 295 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  37.59 
 
 		 286 aa  186  6e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  39.04 
 
 		 287 aa  185  9e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  38.37 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5166  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  38.06 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.919323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  41.11 
 
 		 282 aa  183  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1029  2,3-dimethylmalate lyase  34.25 
 
 		 287 aa  183  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114621  normal  0.155549 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  40.82 
 
 		 311 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  37.2 
 
 		 289 aa  182  6e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  34.98 
 
 		 284 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12030  methylisocitrate lyase  39.43 
 
 		 312 aa  181  1e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.55917  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  34.63 
 
 		 284 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  34.63 
 
 		 287 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  36.86 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  37.79 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  34.63 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  38.62 
 
 		 289 aa  176  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  39.76 
 
 		 285 aa  176  6e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  36.13 
 
 		 297 aa  176  6e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  37.94 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  37.94 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  37.54 
 
 		 292 aa  175  9e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  35.42 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1666  2-methylisocitrate lyase  36.86 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  41.67 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  39.53 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  37.35 
 
 		 274 aa  171  1e-41  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0283  putative methylisocitrate lyase  45 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.548186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  40.32 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  38.63 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  40.21 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57236  methylisocitrate lyase (2-methylisocitrate lyase)  39.69 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.703646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2080  2-methylisocitrate lyase  36.62 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.734153  normal  0.114818 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  39.75 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  37.55 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  39.36 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  37.83 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  37.83 
 
 		 296 aa  168  9e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  38.87 
 
 		 291 aa  168  9e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  40.17 
 
 		 292 aa  168  9e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  38.17 
 
 		 292 aa  167  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  35.74 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2605  2-methylisocitrate lyase  36.57 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  hitchhiker  0.000512853 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  39.13 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14150  methylisocitrate lyase  38.3 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  36.17 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  36.96 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  36.17 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  40.64 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  36.17 
 
 		 292 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  38.93 
 
 		 299 aa  165  8e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  39.68 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  38.87 
 
 		 292 aa  165  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  35.9 
 
 		 292 aa  165  9e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  37.5 
 
 		 295 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  34.66 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  35.82 
 
 		 292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  37.23 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0204  2,3-dimethylmalate lyase  39.74 
 
 		 325 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  37.5 
 
 		 295 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  37.23 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  37.23 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  37.5 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  34.66 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  33.57 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  36.52 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  36.88 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23210  2-methylisocitrate lyase  36.75 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  37.5 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1197  2-methylisocitrate lyase  37.02 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1459  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  37.85 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  34.66 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  34.66 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  34.66 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>