More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5933 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  72.91 
 
 
584 aa  837    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  59.64 
 
 
627 aa  711    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  58.08 
 
 
576 aa  644    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  100 
 
 
580 aa  1177    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  74.11 
 
 
583 aa  863    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  72.39 
 
 
580 aa  842    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  74.19 
 
 
582 aa  855    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  68.94 
 
 
597 aa  809    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  57.09 
 
 
608 aa  631  1e-179  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4004  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  54.38 
 
 
599 aa  578  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  51.64 
 
 
581 aa  545  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  49.29 
 
 
545 aa  510  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  49.29 
 
 
545 aa  510  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  48.74 
 
 
600 aa  496  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6232  transcriptional regulator NifA  48.01 
 
 
541 aa  458  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  45.49 
 
 
572 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  44.56 
 
 
593 aa  448  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0547  NifA subfamily transcriptional regulator  44.81 
 
 
581 aa  443  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2198  transcriptional regulator NifA  44.81 
 
 
581 aa  443  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1240  transcriptional regulator NifA  46.14 
 
 
582 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0431383  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  45.72 
 
 
569 aa  441  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  45.05 
 
 
547 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4925  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.49 
 
 
360 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  41.45 
 
 
522 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  41.81 
 
 
524 aa  378  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5044  transcriptional regulator, Fis family  54.67 
 
 
361 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000694611  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  41.42 
 
 
511 aa  369  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  41.68 
 
 
525 aa  370  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39 
 
 
535 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  38.24 
 
 
507 aa  361  2e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  40.11 
 
 
549 aa  358  9.999999999999999e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  39.37 
 
 
485 aa  353  4e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.49 
 
 
529 aa  352  1e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  40.22 
 
 
532 aa  349  9e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  38.31 
 
 
550 aa  348  1e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  39.46 
 
 
515 aa  340  4e-92  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  38.54 
 
 
508 aa  335  1e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  36.85 
 
 
510 aa  332  9e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.97 
 
 
544 aa  331  3e-89  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.89 
 
 
544 aa  328  1.0000000000000001e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  34.9 
 
 
549 aa  329  1.0000000000000001e-88  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.58 
 
 
579 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  34.75 
 
 
542 aa  329  1.0000000000000001e-88  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.91 
 
 
543 aa  327  3e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  35.66 
 
 
545 aa  327  3e-88  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  38.09 
 
 
533 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  37 
 
 
537 aa  322  9.999999999999999e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  37.18 
 
 
539 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  33.57 
 
 
502 aa  320  3.9999999999999996e-86  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  38.19 
 
 
522 aa  320  5e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.81 
 
 
522 aa  318  2e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.07 
 
 
535 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  34.67 
 
 
537 aa  313  3.9999999999999997e-84  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.58 
 
 
561 aa  312  9e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  37.93 
 
 
493 aa  308  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.35 
 
 
452 aa  306  1.0000000000000001e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  41.8 
 
 
517 aa  303  5.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.28 
 
 
546 aa  302  1e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  37 
 
 
531 aa  301  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.09 
 
 
508 aa  300  4e-80  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.04 
 
 
538 aa  300  6e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.52 
 
 
480 aa  300  7e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  36.4 
 
 
534 aa  299  1e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.82 
 
 
452 aa  298  2e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  34.41 
 
 
539 aa  298  2e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.11 
 
 
483 aa  297  3e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.11 
 
 
485 aa  297  3e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.11 
 
 
483 aa  296  5e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.35 
 
 
464 aa  296  6e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.88 
 
 
466 aa  294  3e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.14 
 
 
527 aa  294  3e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.86 
 
 
469 aa  293  8e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.86 
 
 
469 aa  293  8e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.43 
 
 
467 aa  293  8e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.43 
 
 
467 aa  292  1e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.14 
 
 
469 aa  292  1e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.43 
 
 
495 aa  290  4e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  45.38 
 
 
566 aa  290  5.0000000000000004e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  46.04 
 
 
441 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.54 
 
 
533 aa  289  1e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.05 
 
 
458 aa  288  2e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.34 
 
 
454 aa  288  2e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3111  NifA subfamily transcriptional regulator  34.73 
 
 
547 aa  288  2.9999999999999996e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4507  transcriptional regulatory protein ZraR  45.75 
 
 
441 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0570238 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  46.06 
 
 
441 aa  288  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  45.75 
 
 
441 aa  288  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.88 
 
 
472 aa  287  4e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0077  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.83 
 
 
457 aa  287  4e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  45.45 
 
 
441 aa  286  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.96 
 
 
458 aa  286  7e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.89 
 
 
452 aa  286  8e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000141339 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.86 
 
 
455 aa  286  9e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.26 
 
 
457 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  37.7 
 
 
576 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2845  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.44 
 
 
454 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.04 
 
 
457 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  38.22 
 
 
733 aa  284  4.0000000000000003e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.93 
 
 
515 aa  283  5.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.14 
 
 
502 aa  283  7.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  44.57 
 
 
461 aa  283  9e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>