32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5500 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5500  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 400 aa  767    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000165306  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  38.15 
 
 		 434 aa  101  3e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  26.27 
 
 		 503 aa  84  0.000000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2840  hypothetical protein  30.88 
 
 		 503 aa  75.1  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0895  putative DNA-binding protein  35.06 
 
 		 503 aa  74.3  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0510  helix-turn-helix domain-containing protein  30.98 
 
 		 473 aa  71.2  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  29.22 
 
 		 537 aa  70.5  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2729  transcriptional regulator, XRE family  34.18 
 
 		 431 aa  70.1  0.00000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000809201  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0917  hypothetical protein  31.52 
 
 		 342 aa  65.5  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1827  hypothetical protein  29.92 
 
 		 484 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6698  transcriptional regulator, XRE family  34.56 
 
 		 412 aa  64.7  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.142695 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7489  hypothetical protein  29.8 
 
 		 400 aa  62.4  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0882714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1829  hypothetical protein  31.28 
 
 		 519 aa  59.7  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.790785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  30.36 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2626  hypothetical protein  31.15 
 
 		 519 aa  58.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4608  hypothetical protein  31.82 
 
 		 363 aa  57.8  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7529  transcriptional regulator, XRE family  38.79 
 
 		 457 aa  57.4  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0980  transcriptional regulator, XRE family  27.21 
 
 		 445 aa  55.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1281  transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 		 419 aa  55.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.525264  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.58 
 
 		 444 aa  53.9  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  27.04 
 
 		 432 aa  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4907  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 433 aa  49.7  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.63 
 
 		 418 aa  49.3  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 490 aa  48.5  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 397 aa  46.6  0.0009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  26.79 
 
 		 477 aa  46.2  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1136  XRE family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 282 aa  46.2  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  36.14 
 
 		 460 aa  46.2  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1962  XRE family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 410 aa  45.4  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.622079 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 497 aa  43.5  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  34.69 
 
 		 456 aa  43.1  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1987  helix-turn-helix domain-containing protein  35.37 
 
 		 415 aa  43.1  0.009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00401079  normal  0.325189 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>