More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0096 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
372 aa  723  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.642474  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01090  histidine kinase with GAF domain protein  53.28 
 
 
385 aa  340  3e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4838  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.4 
 
 
566 aa  194  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3046  GAF:ATP-binding region, ATPase-like  39.08 
 
 
572 aa  193  5e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1654  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.5 
 
 
567 aa  191  1e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.309377  normal  0.649993 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0191  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.73 
 
 
544 aa  184  2e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.303575  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3523  Histidine kinase  36.36 
 
 
591 aa  180  3e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0630905  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4819  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.27 
 
 
543 aa  174  2e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.563449  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0501  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 
571 aa  165  1e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1578  ATPase domain-containing protein  38.4 
 
 
573 aa  163  5e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.593562 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2005  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.41 
 
 
595 aa  157  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0401989  hitchhiker  0.00207123 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2289  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.79 
 
 
590 aa  154  2e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0109809  hitchhiker  0.000893685 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 
409 aa  152  6e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0274237 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1529  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.6 
 
 
573 aa  152  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.916601  hitchhiker  0.000293469 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1395  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 
559 aa  148  1e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735957  normal  0.354354 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1969  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 
568 aa  149  1e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.197678  normal  0.851655 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22860  histidine kinase with GAF domain protein  34.49 
 
 
543 aa  147  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.854581  normal  0.459297 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11340  histidine kinase with GAF domain  33.67 
 
 
391 aa  147  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00610406 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0157  putative phytochrome sensor protein  34.99 
 
 
401 aa  146  6e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2135  putative signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 
565 aa  143  6e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0347228  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3326  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.16 
 
 
571 aa  142  1e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.742829 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0994  GAF domain-containing protein  36.34 
 
 
577 aa  140  4e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1907  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 
566 aa  140  4e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1413  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.4 
 
 
568 aa  137  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4980  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.08 
 
 
631 aa  137  3e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.691708  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6099  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.41 
 
 
525 aa  134  4e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 
578 aa  133  5e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1700  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.68 
 
 
535 aa  131  2e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0180519 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1486  putative signal transduction histidine kinase  39.15 
 
 
579 aa  129  6e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0200919  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4200  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 
568 aa  129  1e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.112122  normal  0.730315 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4125  putative signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 
568 aa  129  1e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1093  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.61 
 
 
566 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.209887 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1077  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.61 
 
 
566 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4737  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.91 
 
 
535 aa  127  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1104  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.61 
 
 
566 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4356  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
568 aa  126  6e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.641048  normal  0.232825 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13153  two component system sensor histidine kinase devS  32.98 
 
 
578 aa  126  8e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0946  GAF domain-containing protein  39.33 
 
 
536 aa  125  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0197994  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3460  putative signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
556 aa  120  4e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4147  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
381 aa  119  9e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6937  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.22 
 
 
580 aa  116  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0516  putative signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 
392 aa  112  9e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.587002  normal  0.721825 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1560  putative signal transduction histidine kinase  34.64 
 
 
588 aa  112  9e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.298915  normal  0.578819 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3844  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.42 
 
 
575 aa  111  2e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00743108  normal  0.0464921 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3251  putative signal transduction histidine kinase  35.36 
 
 
592 aa  108  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1613  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.79 
 
 
550 aa  107  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2137  GAF domain protein  34.84 
 
 
549 aa  104  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.565017  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0227  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.74 
 
 
421 aa  101  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38430  PAS domain S-box  31.44 
 
 
552 aa  100  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0507  Histidine kinase  30.82 
 
 
373 aa  100  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1992  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
574 aa  98.6  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0873865  normal  0.754427 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
464 aa  97.4  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12064  histidine kinase response regulator  34.1 
 
 
573 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23240  histidine kinase with GAF domain protein  30.34 
 
 
635 aa  95.9  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.677284 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33000  PAS domain S-box  30.55 
 
 
547 aa  94  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.569309  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0508  putative PAS/PAC sensor protein  30.74 
 
 
673 aa  93.6  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663118  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3834  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
709 aa  91.7  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.154622  normal  0.0585187 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4921  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
412 aa  91.3  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0892179  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1842  histidine kinase  32.28 
 
 
529 aa  90.5  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18330  histidine kinase  34.42 
 
 
382 aa  89.4  9e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0833  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase, dimerization and phosphoacceptor region  27.45 
 
 
646 aa  89  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0228489 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2849  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 
682 aa  87.8  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.790064  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2703  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 
552 aa  87.4  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.191431 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4655  putative PAS/PAC sensor protein  36.05 
 
 
535 aa  86.7  6e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1105  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 
632 aa  86.3  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.097468  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.65 
 
 
456 aa  85.5  1e-15  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1928  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.82 
 
 
652 aa  85.1  2e-15  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.18674  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.82 
 
 
638 aa  84.3  3e-15  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2631  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.6 
 
 
655 aa  83.6  5e-15  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1105  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
546 aa  83.6  6e-15  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2729  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
665 aa  82.8  8e-15  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4013  histidine kinase  31.88 
 
 
637 aa  82.8  9e-15  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19690  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 
352 aa  81.6  2e-14  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0693  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 
474 aa  82  2e-14  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1706  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.93 
 
 
564 aa  81.6  2e-14  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.98975  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3746  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 
373 aa  80.5  4e-14  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.200726  normal  0.275416 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2912  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.45 
 
 
339 aa  80.1  5e-14  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0614  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 
468 aa  80.1  6e-14  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0456  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 
775 aa  80.1  6e-14  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00143274 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1321  sensor histidine kinase  30.58 
 
 
351 aa  79.7  8e-14  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.75238e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1652  histidine kinase  32.62 
 
 
373 aa  79.7  8e-14  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000168648  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1347  sensor histidine kinase  30.58 
 
 
351 aa  79.7  8e-14  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.31288  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1320  sensor histidine kinase  30.58 
 
 
351 aa  79.7  8e-14  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00123004  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1456  sensor histidine kinase  30.58 
 
 
351 aa  79.7  8e-14  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00592106  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1530  sensor histidine kinase  30.58 
 
 
351 aa  79.7  8e-14  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.90364e-25 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1265  histidine kinase  36.49 
 
 
386 aa  79.3  9e-14  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.99067 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 
541 aa  79  1e-13  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163324  normal  0.507763 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1494  sensor histidine kinase  30.58 
 
 
351 aa  78.6  1e-13  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  4.67986e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1562  sensor histidine kinase  28.43 
 
 
351 aa  79.3  1e-13  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000749794  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0830  nitrate/nitrite sensor protein NarQ  27.01 
 
 
570 aa  79.3  1e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00637063  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1421  ATPase domain-containing protein  31.73 
 
 
484 aa  79.3  1e-13  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.595659  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4606  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.56 
 
 
417 aa  79.3  1e-13  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0890367  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.18 
 
 
548 aa  78.6  2e-13  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
1229 aa  78.2  2e-13  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0664  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 
640 aa  78.2  2e-13  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1600  sensor histidine kinase  30.58 
 
 
351 aa  78.6  2e-13  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  6.96667e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1385  sensor histidine kinase  24.44 
 
 
377 aa  78.6  2e-13  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00939681  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1687  signal transduction histidine kinase, nitrate/nitrite-specific, NarQ  29.45 
 
 
643 aa  78.6  2e-13  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461201  normal  0.659068 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1400  histidine kinase  29.81 
 
 
413 aa  78.2  2e-13  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.558809 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3850  sensor histidine kinase  30.58 
 
 
351 aa  78.6  2e-13  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.54691e-06  hitchhiker  1.65716e-10 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>