78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0009 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0009  hypothetical protein  100 
 
 		 433 aa  897    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0046  hypothetical protein  75.66 
 
 		 426 aa  684    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.379833 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4109  hypothetical protein  70.48 
 
 		 427 aa  614  9.999999999999999e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3923  hypothetical protein  68.33 
 
 		 427 aa  600  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0032  hypothetical protein  67.38 
 
 		 434 aa  598  1e-170  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0037  hypothetical protein  66.67 
 
 		 428 aa  590  1e-167  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4201  putative ATP/GTP-binding protein  62.35 
 
 		 408 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4039  putative cytoplasmic protein  61.63 
 
 		 408 aa  518  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03572  hypothetical protein  62.95 
 
 		 404 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0014  hypothetical protein  62.95 
 
 		 404 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4198  hypothetical protein  62.95 
 
 		 404 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03516  hypothetical protein  62.95 
 
 		 404 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0014  conserved hypothetical protein  62.95 
 
 		 404 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3901  hypothetical protein  62.47 
 
 		 404 aa  513  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4054  hypothetical protein  62.23 
 
 		 404 aa  511  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0011  putative ATP/GTP-binding protein  60.91 
 
 		 408 aa  501  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5122  hypothetical protein  61.02 
 
 		 416 aa  499  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.116872 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4230  hypothetical protein  61.06 
 
 		 356 aa  412  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4309  hypothetical protein  35.85 
 
 		 460 aa  238  2e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0549386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  39.17 
 
 		 443 aa  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.34 
 
 		 407 aa  65.1  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.32 
 
 		 407 aa  64.7  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  34.17 
 
 		 427 aa  61.6  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  33.83 
 
 		 441 aa  55.5  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  36.44 
 
 		 432 aa  53.5  0.000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  32.5 
 
 		 430 aa  52.4  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  29.91 
 
 		 427 aa  52.4  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  29.49 
 
 		 1010 aa  53.1  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  30.91 
 
 		 642 aa  52.4  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  32.5 
 
 		 717 aa  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  34.56 
 
 		 446 aa  51.6  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1753  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  50.91 
 
 		 673 aa  50.4  0.00006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2704  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  31.75 
 
 		 660 aa  48.9  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00329778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0857  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  32.35 
 
 		 670 aa  48.5  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  31.58 
 
 		 445 aa  48.9  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  32.5 
 
 		 435 aa  48.9  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  33.33 
 
 		 450 aa  48.9  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  27.19 
 
 		 419 aa  48.5  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  31.48 
 
 		 434 aa  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  33.64 
 
 		 434 aa  48.5  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  31.06 
 
 		 428 aa  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0977  WD40 domain-containing protein  29.14 
 
 		 316 aa  47.8  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1914  WD40 domain protein beta Propeller  28.8 
 
 		 1060 aa  47  0.0006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.657093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1211  translocation protein TolB  35.51 
 
 		 462 aa  47  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  31.53 
 
 		 1028 aa  46.2  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5592  serine/threonine protein kinase  30.95 
 
 		 721 aa  46.6  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.294025 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1730  WD40 domain protein beta Propeller  31.25 
 
 		 982 aa  45.8  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.16258  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  24.84 
 
 		 445 aa  45.4  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1722  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  32.56 
 
 		 762 aa  45.4  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  35.71 
 
 		 1364 aa  45.4  0.002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0116  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  31.58 
 
 		 726 aa  45.1  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1711  WD40 domain protein beta Propeller  32.38 
 
 		 444 aa  45.8  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000750977  decreased coverage  0.0000915698 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  33.33 
 
 		 1652 aa  45.8  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1427  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  41.67 
 
 		 682 aa  45.8  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  27.61 
 
 		 443 aa  44.7  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1372  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  44.44 
 
 		 677 aa  44.7  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.330488  normal  0.102589 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  29.41 
 
 		 443 aa  44.7  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  27.61 
 
 		 443 aa  44.7  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6881  translocation protein TolB  28.44 
 
 		 462 aa  44.7  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  24.88 
 
 		 457 aa  44.3  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  33.9 
 
 		 1059 aa  44.3  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  31.16 
 
 		 444 aa  44.3  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  31.16 
 
 		 444 aa  44.3  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0614  TolB protein, putative  34 
 
 		 449 aa  44.3  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00377452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1911  peptidase S9, prolyl oligopeptidase active site region  29.44 
 
 		 683 aa  43.9  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000149858  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  37.37 
 
 		 1481 aa  43.9  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1655  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  26.79 
 
 		 692 aa  43.9  0.005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  31.16 
 
 		 444 aa  43.9  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2106  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  29.46 
 
 		 751 aa  43.9  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  26.45 
 
 		 354 aa  43.9  0.006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  29.66 
 
 		 438 aa  43.9  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1311  translocation protein TolB  27.13 
 
 		 444 aa  43.9  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03499  amidohydrolase  32.84 
 
 		 1111 aa  43.5  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4751  translocation protein TolB  28.17 
 
 		 450 aa  43.5  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4589  Periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  35.64 
 
 		 305 aa  43.1  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.519629  normal  0.731459 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  32 
 
 		 572 aa  43.1  0.009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  38.38 
 
 		 1510 aa  43.1  0.01  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  29.66 
 
 		 434 aa  43.1  0.01  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>