More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5448 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5448  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 229 aa  452  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.270851  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  75.34 
 
 		 230 aa  338  4e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_003296  RS03101  two-component response regulator transcription regulator protein  72.85 
 
 		 226 aa  309  2e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0990  transcriptional regulator  55.61 
 
 		 224 aa  239  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000166767  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 		 226 aa  212  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.11 
 
 		 226 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 226 aa  203  1e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  52.97 
 
 		 226 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  49.56 
 
 		 228 aa  203  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.6 
 
 		 226 aa  203  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  52.05 
 
 		 226 aa  201  6e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  48.43 
 
 		 228 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  47.49 
 
 		 226 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  49.78 
 
 		 226 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  46.19 
 
 		 226 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0258  DNA-binding transcriptional activator CusR  47.49 
 
 		 226 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  52.29 
 
 		 224 aa  197  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.29 
 
 		 224 aa  197  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4296  DNA-binding transcriptional activator CusR  47.49 
 
 		 226 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000252174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.67 
 
 		 226 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.4 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.4 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4369  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.83 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0732935 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2165  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.77286 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.67 
 
 		 226 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  47.98 
 
 		 223 aa  196  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.95 
 
 		 228 aa  195  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.6 
 
 		 227 aa  195  6e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.22 
 
 		 226 aa  194  9e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.95 
 
 		 226 aa  192  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1596  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.33 
 
 		 238 aa  191  5e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0274  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.69 
 
 		 232 aa  192  5e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.701823  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.39 
 
 		 230 aa  192  5e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1345  response regulator receiver  45.05 
 
 		 227 aa  191  7e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.71904 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3423  response regulator receiver protein  49.56 
 
 		 224 aa  191  8e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.699539  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2552  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.05 
 
 		 230 aa  190  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000276879  normal  0.180215 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00315  probable two component response regulator transcription regulator protein  46.4 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  47.3 
 
 		 223 aa  190  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.62 
 
 		 225 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  46.12 
 
 		 227 aa  189  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.12 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  46.12 
 
 		 227 aa  189  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  46.12 
 
 		 227 aa  189  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  46.12 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  46.12 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  46.12 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  46.12 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5099  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.95 
 
 		 228 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1841  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.95 
 
 		 228 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.99331  hitchhiker  0.00000222676 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2201  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 		 227 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.03 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.03 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.03 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  47.95 
 
 		 223 aa  189  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1749  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.78 
 
 		 242 aa  189  4e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 224 aa  189  4e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.87 
 
 		 224 aa  188  5e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0202  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.55 
 
 		 226 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0705  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.18 
 
 		 244 aa  188  5.999999999999999e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591946 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.02 
 
 		 224 aa  188  7e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 		 228 aa  188  7e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  46.7 
 
 		 230 aa  188  7e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.49 
 
 		 230 aa  188  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2725  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.23 
 
 		 227 aa  187  8e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1809  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.29 
 
 		 226 aa  188  8e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.84 
 
 		 224 aa  187  9e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  48.4 
 
 		 227 aa  187  9e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 235 aa  187  9e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3258  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.86 
 
 		 238 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206307  normal  0.0675777 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 235 aa  187  1e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.58 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1675  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.67 
 
 		 226 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.294903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.85 
 
 		 232 aa  186  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.42 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  48 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.18 
 
 		 225 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3379  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.85 
 
 		 223 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.12 
 
 		 225 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0732  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.4 
 
 		 231 aa  186  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  44.25 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.46 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.85 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.95 
 
 		 225 aa  185  4e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 241 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.2 
 
 		 231 aa  185  4e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  46.43 
 
 		 224 aa  185  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1497  heavy metal response regulator  45.66 
 
 		 228 aa  185  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.33 
 
 		 224 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  51.14 
 
 		 226 aa  185  5e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.49 
 
 		 219 aa  185  5e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 240 aa  185  6e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  45.25 
 
 		 223 aa  185  6e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1948  response regulator receiver domain-containing protein  46.82 
 
 		 226 aa  184  7e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0187  two component transcriptional regulator  48.64 
 
 		 227 aa  184  7e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.49 
 
 		 223 aa  184  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 227 aa  184  8e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 236 aa  184  8e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 227 aa  184  8e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.58 
 
 		 227 aa  184  8e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.3 
 
 		 223 aa  184  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>