More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1809 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1809  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 226 aa  460  1e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4291  two component transcriptional regulator  54.26 
 
 		 223 aa  242  3.9999999999999997e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.23 
 
 		 225 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.75 
 
 		 230 aa  210  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3918  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 230 aa  206  3e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.3 
 
 		 228 aa  204  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2762  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.89 
 
 		 225 aa  204  7e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 		 228 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3400  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 224 aa  202  4e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.105495  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.64 
 
 		 232 aa  201  5e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  48 
 
 		 227 aa  201  8e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  44.89 
 
 		 252 aa  201  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 		 233 aa  200  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.1 
 
 		 226 aa  200  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 		 226 aa  199  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 249 aa  199  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  43.36 
 
 		 235 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  44.64 
 
 		 232 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  43.36 
 
 		 235 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 227 aa  198  5e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 224 aa  198  5e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.2 
 
 		 232 aa  198  6e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.5 
 
 		 226 aa  198  7e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.67 
 
 		 226 aa  197  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 255 aa  197  7.999999999999999e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0925  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 248 aa  197  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0932454  normal  0.0109566 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.3 
 
 		 226 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  43.3 
 
 		 238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 231 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.3 
 
 		 226 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  44 
 
 		 248 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.798214 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.05 
 
 		 227 aa  194  6e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.05 
 
 		 227 aa  194  6e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  45.05 
 
 		 238 aa  194  6e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 241 aa  195  6e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.05 
 
 		 227 aa  194  6e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.05 
 
 		 227 aa  194  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.05 
 
 		 227 aa  194  6e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  45.05 
 
 		 227 aa  194  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.35 
 
 		 225 aa  194  7e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  45.05 
 
 		 227 aa  194  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.05 
 
 		 227 aa  194  7e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  45.05 
 
 		 223 aa  194  7e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  44.89 
 
 		 224 aa  194  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  45.78 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0258  DNA-binding transcriptional activator CusR  44.59 
 
 		 226 aa  193  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 224 aa  194  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.13 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.13 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.13 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4296  DNA-binding transcriptional activator CusR  44.59 
 
 		 226 aa  193  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000252174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  44.1 
 
 		 226 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 230 aa  192  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  47.09 
 
 		 227 aa  192  3e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.64 
 
 		 226 aa  192  4e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  44.14 
 
 		 230 aa  191  6e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 241 aa  191  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  45.5 
 
 		 228 aa  191  8e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  44.89 
 
 		 226 aa  191  8e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.69 
 
 		 226 aa  190  1e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5099  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.05 
 
 		 228 aa  190  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.59 
 
 		 226 aa  190  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  43.24 
 
 		 223 aa  191  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3078  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 		 234 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.13 
 
 		 223 aa  191  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.25 
 
 		 224 aa  191  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2743  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  43.75 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 		 225 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  45.33 
 
 		 224 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3442  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 		 241 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297648  normal  0.0871248 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1948  response regulator receiver domain-containing protein  46.82 
 
 		 226 aa  189  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.33 
 
 		 224 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  45.61 
 
 		 228 aa  189  4e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3374  heavy metal response regulator  47.06 
 
 		 229 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.78 
 
 		 223 aa  189  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.35 
 
 		 227 aa  189  4e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1841  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 228 aa  188  5e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.99331  hitchhiker  0.00000222676 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.59 
 
 		 266 aa  188  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3603  DNA-binding heavy metal response regulator  47.06 
 
 		 229 aa  188  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203952  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 224 aa  188  8e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 225 aa  187  8e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0047  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  43.11 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.116112  hitchhiker  0.00000494979 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.89 
 
 		 228 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.89 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.67414 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.11 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.382659  hitchhiker  0.0034413 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.4 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 240 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0064  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.11 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.11 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0868462 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 235 aa  187  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 230 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.89 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.89 
 
 		 228 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.22 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.89 
 
 		 228 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  42.22 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>