More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3257 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4667  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  73.43 
 
 
508 aa  764    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.418938  normal  0.815165 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0650  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  73.25 
 
 
515 aa  760    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.280918  normal  0.338117 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5128  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.87 
 
 
509 aa  753    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.565819 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4542  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.18 
 
 
508 aa  739    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.91832  normal  0.896051 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0782  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.8 
 
 
508 aa  735    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2604  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  85.8 
 
 
507 aa  894    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.723331 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4088  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.32 
 
 
515 aa  748    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.202019 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4961  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.89 
 
 
509 aa  756    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.267283 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3949  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.78 
 
 
508 aa  750    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0689  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.74 
 
 
508 aa  743    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3478  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.37 
 
 
508 aa  755    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110303 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0900  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  71.6 
 
 
494 aa  721    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1559  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  82.79 
 
 
500 aa  843    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4258  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  72.39 
 
 
507 aa  756    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.969937  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0301  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.41 
 
 
495 aa  736    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2180  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.06 
 
 
1119 aa  744    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0920  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.92 
 
 
533 aa  742    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0695  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.65 
 
 
508 aa  763    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5325  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.89 
 
 
509 aa  756    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000685886  normal  0.0298656 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0716  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  73.24 
 
 
504 aa  763    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2033  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  71.37 
 
 
508 aa  758    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127043  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3695  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  85.01 
 
 
507 aa  892    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.220047  normal  0.0793432 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4902  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.1 
 
 
509 aa  768    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00679319  normal  0.0803346 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0828  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.92 
 
 
509 aa  742    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.520502  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1801  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.94 
 
 
509 aa  745    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3975  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.32 
 
 
515 aa  748    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3658  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.3 
 
 
509 aa  750    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01703  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  80.36 
 
 
494 aa  812    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.995864  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4047  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.17 
 
 
508 aa  754    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0193592  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4665  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  73.43 
 
 
508 aa  764    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0943847  normal  0.197111 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3576  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.82 
 
 
524 aa  757    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1086  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  73.44 
 
 
503 aa  746    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0995729  decreased coverage  0.00377502 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0767  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  73.43 
 
 
508 aa  761    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0244  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.46 
 
 
508 aa  738    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4531  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  73.43 
 
 
508 aa  763    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00489729  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1517  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.6 
 
 
494 aa  720    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10720  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  78.27 
 
 
501 aa  800    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3406  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  73.03 
 
 
549 aa  755    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.58505  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4319  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.17 
 
 
508 aa  754    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.778752  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2009  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  87.38 
 
 
507 aa  913    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.123027 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3257  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
507 aa  1038    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0219  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  80.77 
 
 
501 aa  834    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1813  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  86.59 
 
 
507 aa  904    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3532  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  79.68 
 
 
507 aa  845    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5648  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  73.64 
 
 
503 aa  744    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3442  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.78 
 
 
508 aa  753    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0115375 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4383  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.1 
 
 
509 aa  768    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0339576 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3423  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.84 
 
 
500 aa  627  1e-178  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.190164  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0948  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.91 
 
 
496 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0854951  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2133  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.49 
 
 
497 aa  592  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1377  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  57.17 
 
 
498 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.373951  normal  0.282571 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4773  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.57 
 
 
502 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05483  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.96 
 
 
497 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3201  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.14 
 
 
501 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.55227  hitchhiker  0.000671545 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1376  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.14 
 
 
497 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0294673  normal  0.0661505 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1474  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.54 
 
 
501 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00459347 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001546  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.26 
 
 
497 aa  575  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000374  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.39 
 
 
497 aa  572  1.0000000000000001e-162  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1574  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.26 
 
 
497 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2782  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.36 
 
 
499 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1339  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.33 
 
 
497 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1668  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.94 
 
 
501 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0813192  hitchhiker  0.00645867 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18120  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.26 
 
 
497 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921037  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54620  aldehyde dehydrogenase  56.36 
 
 
502 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00325197 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1942  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.82 
 
 
501 aa  570  1e-161  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2855  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.15 
 
 
499 aa  552  1e-156  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000577054 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2770  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  55.96 
 
 
499 aa  554  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.102399 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1678  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.56 
 
 
499 aa  551  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1398  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.35 
 
 
499 aa  551  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1526  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.95 
 
 
499 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1490  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.15 
 
 
499 aa  551  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1496  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.15 
 
 
499 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2596  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  55.56 
 
 
499 aa  551  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000530409 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2663  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  55.35 
 
 
499 aa  549  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.775906  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03591  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G12870)  53 
 
 
536 aa  514  1e-144  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_23467  dehydrogenase methylmalonate-semialdhyde dehydrogenase  53.09 
 
 
537 aa  511  1e-143  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80168  mitochondrial aldehyde dehydrogenase  51.47 
 
 
543 aa  491  9.999999999999999e-139  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2159  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  50.4 
 
 
510 aa  489  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.360109 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2245  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  52.3 
 
 
500 aa  489  1e-137  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.230017  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI01990  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase, putative  52.14 
 
 
552 aa  483  1e-135  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2559  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  51.46 
 
 
497 aa  482  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02860  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating)  49.19 
 
 
508 aa  480  1e-134  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1446  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.9 
 
 
507 aa  478  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.494247  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0419  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  51.68 
 
 
498 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.214339  hitchhiker  0.00208567 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2117  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.6 
 
 
498 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0386  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  51.89 
 
 
498 aa  481  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.433719  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3302  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.1 
 
 
537 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3940  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  50.4 
 
 
498 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.90589  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0206  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.64 
 
 
497 aa  478  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515725  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0618  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  50 
 
 
499 aa  475  1e-133  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.634768  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0741  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.7 
 
 
506 aa  477  1e-133  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.888468  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1035  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.16 
 
 
506 aa  477  1e-133  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01600  putative aldehyde dehydrogenase  48.34 
 
 
497 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.510904  normal  0.728588 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1702  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  52.09 
 
 
500 aa  475  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0228992  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4566  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.34 
 
 
497 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000243063  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0642  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.34 
 
 
497 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000457228  decreased coverage  0.0000167809 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3095  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.99 
 
 
498 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.769898  normal  0.126836 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3694  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  50.65 
 
 
498 aa  474  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1312  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.45 
 
 
506 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.648779  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0775  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  46.89 
 
 
497 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00425927  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>