More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1559 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_0219  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  76.45 
 
 
501 aa  793    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4667  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  73.4 
 
 
508 aa  745    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.418938  normal  0.815165 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3658  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.53 
 
 
509 aa  735    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0650  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  70.97 
 
 
515 aa  746    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.280918  normal  0.338117 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0782  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.4 
 
 
508 aa  727    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0828  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.77 
 
 
509 aa  737    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.520502  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10720  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  76.65 
 
 
501 aa  783    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5325  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.32 
 
 
509 aa  743    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000685886  normal  0.0298656 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0689  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.4 
 
 
508 aa  728    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1559  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
500 aa  1024    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3257  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  82.79 
 
 
507 aa  856    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0900  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  72.06 
 
 
494 aa  723    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4258  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  72.38 
 
 
507 aa  749    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.969937  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1813  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  81.45 
 
 
507 aa  828    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0301  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.66 
 
 
495 aa  730    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2180  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.92 
 
 
1119 aa  743    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4665  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  73.2 
 
 
508 aa  744    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0943847  normal  0.197111 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0695  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.72 
 
 
508 aa  740    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2604  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  81.25 
 
 
507 aa  827    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.723331 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0716  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  71.8 
 
 
504 aa  758    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0767  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.95 
 
 
508 aa  737    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2033  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  71.17 
 
 
508 aa  747    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127043  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4531  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  73.4 
 
 
508 aa  745    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00489729  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3478  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.97 
 
 
508 aa  749    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110303 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2009  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  82.06 
 
 
507 aa  831    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.123027 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1801  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.18 
 
 
509 aa  739    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4088  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.68 
 
 
515 aa  743    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.202019 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3949  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.17 
 
 
508 aa  745    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4902  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.53 
 
 
509 aa  753    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00679319  normal  0.0803346 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3576  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.27 
 
 
524 aa  744    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1086  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.86 
 
 
503 aa  729    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0995729  decreased coverage  0.00377502 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0244  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.76 
 
 
508 aa  733    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01703  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  76.42 
 
 
494 aa  763    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.995864  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1517  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.86 
 
 
494 aa  719    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5128  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.27 
 
 
509 aa  740    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.565819 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3406  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.32 
 
 
549 aa  743    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.58505  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4319  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.97 
 
 
508 aa  749    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.778752  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3532  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  77.62 
 
 
507 aa  798    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3975  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.68 
 
 
515 aa  743    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3695  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  81.45 
 
 
507 aa  830    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.220047  normal  0.0793432 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4542  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.96 
 
 
508 aa  731    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.91832  normal  0.896051 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3442  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.97 
 
 
508 aa  742    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0115375 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0920  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.77 
 
 
533 aa  738    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4383  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.73 
 
 
509 aa  755    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0339576 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5648  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.67 
 
 
503 aa  733    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4047  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.97 
 
 
508 aa  749    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0193592  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4961  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.32 
 
 
509 aa  743    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.267283 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3423  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.68 
 
 
500 aa  618  1e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.190164  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0948  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.78 
 
 
496 aa  593  1e-168  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0854951  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2133  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.16 
 
 
497 aa  586  1e-166  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1377  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  56.94 
 
 
498 aa  579  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.373951  normal  0.282571 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05483  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.85 
 
 
497 aa  571  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4773  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.82 
 
 
502 aa  570  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001546  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.44 
 
 
497 aa  567  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54620  aldehyde dehydrogenase  55.62 
 
 
502 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00325197 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000374  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.47 
 
 
497 aa  560  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1376  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.93 
 
 
497 aa  556  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0294673  normal  0.0661505 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1339  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.73 
 
 
497 aa  555  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1474  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.22 
 
 
501 aa  552  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00459347 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3201  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.6 
 
 
501 aa  552  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.55227  hitchhiker  0.000671545 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2782  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.02 
 
 
499 aa  554  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1668  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54 
 
 
501 aa  551  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0813192  hitchhiker  0.00645867 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1942  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.12 
 
 
501 aa  550  1e-155  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1574  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  53.16 
 
 
497 aa  547  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2770  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  55.02 
 
 
499 aa  547  1e-154  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.102399 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18120  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  53.16 
 
 
497 aa  547  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921037  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1678  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.02 
 
 
499 aa  545  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2596  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  54.62 
 
 
499 aa  544  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000530409 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2663  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  54.42 
 
 
499 aa  542  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.775906  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1496  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.02 
 
 
499 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1490  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  53.82 
 
 
499 aa  535  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2855  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  53.82 
 
 
499 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000577054 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1398  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.02 
 
 
499 aa  537  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1526  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  53.61 
 
 
499 aa  534  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03591  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G12870)  52.45 
 
 
536 aa  510  1e-143  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_23467  dehydrogenase methylmalonate-semialdhyde dehydrogenase  52.53 
 
 
537 aa  504  1e-141  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02860  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating)  50.94 
 
 
508 aa  488  1e-136  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1446  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  51.26 
 
 
507 aa  488  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.494247  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80168  mitochondrial aldehyde dehydrogenase  50.62 
 
 
543 aa  483  1e-135  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0836  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  50.83 
 
 
498 aa  479  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0386  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  50.21 
 
 
498 aa  478  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.433719  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2159  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.38 
 
 
510 aa  476  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.360109 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0206  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  47.93 
 
 
497 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515725  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0419  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  50.42 
 
 
498 aa  475  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.214339  hitchhiker  0.00208567 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01600  putative aldehyde dehydrogenase  47.93 
 
 
497 aa  478  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.510904  normal  0.728588 
 
 
-
 
NC_006694  CNI01990  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase, putative  52.42 
 
 
552 aa  474  1e-132  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0686  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  47.23 
 
 
497 aa  472  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000335425  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.13 
 
 
506 aa  471  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2977  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.04 
 
 
508 aa  468  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0420  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  48.96 
 
 
499 aa  470  1.0000000000000001e-131  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3049  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  47.84 
 
 
508 aa  467  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2368  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.54 
 
 
504 aa  467  9.999999999999999e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1035  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  47.58 
 
 
506 aa  465  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2559  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.95 
 
 
497 aa  465  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3940  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.17 
 
 
498 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.90589  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2475  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.54 
 
 
498 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.55823  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1877  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.02 
 
 
508 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00719864 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2245  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  49.38 
 
 
500 aa  462  1e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.230017  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2117  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  47.36 
 
 
498 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3095  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.74 
 
 
498 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.769898  normal  0.126836 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>