More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05483 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05483  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
497 aa  1033    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1678  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  73.35 
 
 
499 aa  755    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1668  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.86 
 
 
501 aa  749    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0813192  hitchhiker  0.00645867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2133  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.77 
 
 
497 aa  756    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1526  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.95 
 
 
499 aa  751    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001546  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  89.94 
 
 
497 aa  947    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1490  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.75 
 
 
499 aa  750    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2782  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.54 
 
 
499 aa  752    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1376  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  74.04 
 
 
497 aa  781    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0294673  normal  0.0661505 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2770  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  73.15 
 
 
499 aa  751    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.102399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4773  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.57 
 
 
502 aa  761    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1574  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.61 
 
 
497 aa  721    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1398  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.95 
 
 
499 aa  749    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1942  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.21 
 
 
501 aa  758    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1496  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.75 
 
 
499 aa  751    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1474  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.06 
 
 
501 aa  749    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00459347 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3201  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  71.86 
 
 
501 aa  755    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.55227  hitchhiker  0.000671545 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1377  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  72.29 
 
 
498 aa  761    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.373951  normal  0.282571 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0948  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  73.63 
 
 
496 aa  770    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0854951  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2596  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  73.15 
 
 
499 aa  751    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000530409 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2663  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  72.95 
 
 
499 aa  749    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.775906  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1339  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  70.62 
 
 
497 aa  748    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2855  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.55 
 
 
499 aa  747    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000577054 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000374  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  77.42 
 
 
497 aa  816    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18120  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.4 
 
 
497 aa  719    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921037  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54620  aldehyde dehydrogenase  71.51 
 
 
502 aa  762    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00325197 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0767  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.51 
 
 
508 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0695  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.88 
 
 
508 aa  611  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4667  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.31 
 
 
508 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.418938  normal  0.815165 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0782  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.72 
 
 
508 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4665  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.31 
 
 
508 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0943847  normal  0.197111 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0689  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.51 
 
 
508 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4531  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.31 
 
 
508 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00489729  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4258  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  57.17 
 
 
507 aa  596  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.969937  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0716  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  57.34 
 
 
504 aa  595  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4902  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.88 
 
 
509 aa  594  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00679319  normal  0.0803346 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2033  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  56.77 
 
 
508 aa  592  1e-168  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.127043  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3576  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.17 
 
 
524 aa  593  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4383  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.88 
 
 
509 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0339576 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1086  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.18 
 
 
503 aa  591  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0995729  decreased coverage  0.00377502 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4961  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.69 
 
 
509 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.267283 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5325  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.69 
 
 
509 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000685886  normal  0.0298656 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3478  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.34 
 
 
508 aa  587  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110303 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0650  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  57.17 
 
 
515 aa  585  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.280918  normal  0.338117 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3975  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.57 
 
 
515 aa  587  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3949  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.57 
 
 
508 aa  585  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3406  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.69 
 
 
549 aa  587  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.58505  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4088  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.57 
 
 
515 aa  587  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.202019 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4319  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.14 
 
 
508 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.778752  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5648  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.98 
 
 
503 aa  585  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4047  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.14 
 
 
508 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0193592  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0244  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.37 
 
 
508 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3442  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.36 
 
 
508 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0115375 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2180  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.27 
 
 
1119 aa  579  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3658  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.68 
 
 
509 aa  580  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0301  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.78 
 
 
495 aa  577  1.0000000000000001e-163  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0828  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.27 
 
 
509 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.520502  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0920  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.27 
 
 
533 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3257  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.96 
 
 
507 aa  577  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1813  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.37 
 
 
507 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0900  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  56.88 
 
 
494 aa  574  1.0000000000000001e-162  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4542  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.35 
 
 
508 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.91832  normal  0.896051 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1801  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.75 
 
 
509 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5128  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.37 
 
 
509 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.565819 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1517  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.48 
 
 
494 aa  573  1.0000000000000001e-162  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0219  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.28 
 
 
501 aa  570  1e-161  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3695  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.97 
 
 
507 aa  568  1e-161  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.220047  normal  0.0793432 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2009  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  56.97 
 
 
507 aa  570  1e-161  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.123027 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10720  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.68 
 
 
501 aa  568  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2604  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  57.58 
 
 
507 aa  567  1e-160  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.723331 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1559  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.85 
 
 
500 aa  561  1.0000000000000001e-159  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3532  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.57 
 
 
507 aa  562  1.0000000000000001e-159  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01703  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.52 
 
 
494 aa  562  1.0000000000000001e-159  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.995864  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3423  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  51.51 
 
 
500 aa  539  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.190164  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03591  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G12870)  49.38 
 
 
536 aa  499  1e-140  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  50 
 
 
506 aa  488  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_23467  dehydrogenase methylmalonate-semialdhyde dehydrogenase  51.05 
 
 
537 aa  487  1e-136  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3670  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.04 
 
 
502 aa  482  1e-135  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2245  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  51.47 
 
 
500 aa  483  1e-135  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.230017  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1319  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.31 
 
 
489 aa  484  1e-135  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0129024  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2217  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.1 
 
 
488 aa  482  1e-135  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0015  acylating methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.59 
 
 
512 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1629  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  52.52 
 
 
500 aa  480  1e-134  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.118006  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1702  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  51.89 
 
 
500 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0228992  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0687  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  49.9 
 
 
500 aa  478  1e-133  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3917  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.09 
 
 
512 aa  476  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0420  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  48.65 
 
 
499 aa  477  1e-133  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3271  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.28 
 
 
502 aa  474  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.190179  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4060  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.58 
 
 
496 aa  474  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1877  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.78 
 
 
508 aa  473  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00719864 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2931  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.09 
 
 
508 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2399  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  47.72 
 
 
502 aa  473  1e-132  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169024  normal  0.676059 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0202  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.09 
 
 
508 aa  471  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4070  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.09 
 
 
508 aa  471  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0686  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.33 
 
 
497 aa  472  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000335425  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2977  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  50 
 
 
508 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3333  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.38 
 
 
508 aa  472  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1611  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.09 
 
 
508 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3049  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  49.78 
 
 
508 aa  473  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1791  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  48.88 
 
 
508 aa  474  1e-132  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>