More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3825 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_3825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
261 aa  511  1e-144  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2742  short chain dehydrogenase  65.99 
 
 
252 aa  311  6.999999999999999e-84  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0442377  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3980  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.66 
 
 
267 aa  285  4e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13582  short chain dehydrogenase  60.78 
 
 
259 aa  282  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.117031 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5265  short chain dehydrogenase  60.87 
 
 
265 aa  278  8e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4682  short chain dehydrogenase  59.11 
 
 
244 aa  274  8e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.138307  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4768  short chain dehydrogenase  59.11 
 
 
244 aa  274  8e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0810301  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5067  short chain dehydrogenase  59.11 
 
 
244 aa  274  8e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.325095  normal  0.532115 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1491  short chain dehydrogenase  59.49 
 
 
233 aa  268  8.999999999999999e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1462  short chain dehydrogenase  58.8 
 
 
259 aa  263  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780505  normal  0.472933 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1386  short chain dehydrogenase  59.53 
 
 
256 aa  258  6e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1512  short chain dehydrogenase  54.51 
 
 
262 aa  256  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.538743  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2066  short chain dehydrogenase  56.85 
 
 
251 aa  254  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3476  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.32 
 
 
257 aa  248  8e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.746633  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2137  short chain dehydrogenase  53.69 
 
 
256 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.422468  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2830  short chain dehydrogenase  57.89 
 
 
247 aa  236  2e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0192298 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3749  short chain dehydrogenase  53.44 
 
 
254 aa  230  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3623  short chain dehydrogenase  51.41 
 
 
280 aa  227  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2633  short chain dehydrogenase  56.45 
 
 
252 aa  221  7e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.522404  normal  0.186354 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8757  short chain dehydrogenase  46.91 
 
 
256 aa  182  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.215149  normal  0.0548986 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
262 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 
295 aa  155  9e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  40.49 
 
 
254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17920  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  42.62 
 
 
251 aa  152  4e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.355358 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
258 aa  152  7e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
260 aa  148  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.818797  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  39.52 
 
 
261 aa  146  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
261 aa  146  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
275 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0623  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.53 
 
 
260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
248 aa  144  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
264 aa  143  3e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  36.25 
 
 
255 aa  141  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  36.25 
 
 
255 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
272 aa  141  9.999999999999999e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.101922  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
263 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
257 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  35.46 
 
 
255 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  36 
 
 
257 aa  135  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2043  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
254 aa  135  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.681724 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
252 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
251 aa  133  1.9999999999999998e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  36.03 
 
 
252 aa  133  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.15 
 
 
247 aa  133  3e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  35.77 
 
 
256 aa  133  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
256 aa  132  3.9999999999999996e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
274 aa  132  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
257 aa  132  5e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3263  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  38.59 
 
 
255 aa  132  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
249 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
270 aa  132  6e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.374056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2456  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
255 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716886 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
266 aa  132  6.999999999999999e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
286 aa  132  6.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.92 
 
 
246 aa  131  7.999999999999999e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3863  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
250 aa  132  7.999999999999999e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.385562  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
239 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  32.94 
 
 
255 aa  131  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
265 aa  131  9e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
256 aa  130  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4238  short chain dehydrogenase  35.36 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.78 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
249 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5135  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
251 aa  130  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.971494  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.78 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.390803 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1738  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.78 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
255 aa  130  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.89 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  37.55 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.715574  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  33.74 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2723  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.54 
 
 
255 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.849254  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
266 aa  129  3e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
268 aa  130  3e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0201969  normal  0.963829 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
261 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
255 aa  130  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  37.65 
 
 
261 aa  130  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16710  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.78 
 
 
250 aa  129  4.0000000000000003e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.59 
 
 
246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  38.65 
 
 
261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>