More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3623 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3623  short chain dehydrogenase  100 
 
 
280 aa  552  1e-156  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3749  short chain dehydrogenase  56.35 
 
 
254 aa  252  6e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1462  short chain dehydrogenase  51.2 
 
 
259 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780505  normal  0.472933 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.2 
 
 
261 aa  240  2e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2742  short chain dehydrogenase  53.28 
 
 
252 aa  232  4.0000000000000004e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0442377  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4682  short chain dehydrogenase  48.16 
 
 
244 aa  229  4e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.138307  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4768  short chain dehydrogenase  48.16 
 
 
244 aa  229  4e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0810301  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5067  short chain dehydrogenase  48.16 
 
 
244 aa  229  4e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.325095  normal  0.532115 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3980  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
267 aa  226  3e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3476  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.38 
 
 
257 aa  225  6e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.746633  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1512  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 
262 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.538743  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1491  short chain dehydrogenase  48.52 
 
 
233 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5265  short chain dehydrogenase  47.79 
 
 
265 aa  219  5e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13582  short chain dehydrogenase  48.4 
 
 
259 aa  216  5e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.117031 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2066  short chain dehydrogenase  49.19 
 
 
251 aa  211  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2137  short chain dehydrogenase  46.53 
 
 
256 aa  206  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.422468  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1386  short chain dehydrogenase  52.19 
 
 
256 aa  205  5e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2830  short chain dehydrogenase  48.77 
 
 
247 aa  202  7e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0192298 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2633  short chain dehydrogenase  48.36 
 
 
252 aa  193  3e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.522404  normal  0.186354 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8757  short chain dehydrogenase  45.71 
 
 
256 aa  177  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.215149  normal  0.0548986 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
264 aa  138  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0105  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
295 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.39 
 
 
247 aa  135  9e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
295 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.245177  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.19 
 
 
245 aa  132  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
262 aa  132  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  35.41 
 
 
257 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.15 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
257 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.78 
 
 
247 aa  130  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34130  oxidoreductase  36.25 
 
 
260 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
256 aa  130  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.346824  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
261 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
266 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 
295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
294 aa  129  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  34.71 
 
 
292 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2475  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.56 
 
 
258 aa  129  7.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000418459  decreased coverage  0.00157029 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
262 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.74 
 
 
244 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  33.47 
 
 
260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
250 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  37.15 
 
 
264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 
253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16710  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 
250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1148  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.43 
 
 
323 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0291  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.98 
 
 
286 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
289 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
253 aa  126  3e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
258 aa  127  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
260 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
257 aa  126  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
269 aa  127  3e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2928  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.43 
 
 
286 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.458345  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2773  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.43 
 
 
286 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  34.24 
 
 
257 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1536  oxidoreductase  35.08 
 
 
257 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.328678 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  33.88 
 
 
292 aa  125  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
258 aa  125  7e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
262 aa  125  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2972  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
245 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  33.85 
 
 
257 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2709  oxidoreductase  35.46 
 
 
258 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
282 aa  124  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
270 aa  124  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
265 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0458  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.54 
 
 
245 aa  124  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.63 
 
 
266 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.54 
 
 
245 aa  124  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.82564  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
266 aa  124  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
255 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.79 
 
 
245 aa  123  3e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
265 aa  123  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.76513  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
262 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.05 
 
 
256 aa  123  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
257 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
304 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
260 aa  123  4e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2783  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.63 
 
 
245 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335841  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
256 aa  122  5e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
244 aa  122  6e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
256 aa  122  6e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.92 
 
 
248 aa  122  6e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.55 
 
 
246 aa  122  6e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1768  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  35.25 
 
 
245 aa  122  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.323162  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.29 
 
 
245 aa  122  6e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 
259 aa  122  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17920  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  36.07 
 
 
251 aa  122  7e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.328183  normal  0.355358 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3574  short chain dehydrogenase  33.59 
 
 
267 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.11528  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.43 
 
 
249 aa  122  9e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1904  oxidoreductase  32.69 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.29 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00307059  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2429  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.39 
 
 
247 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>