183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3227 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3227  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 545 aa  1111    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2426  regulatory protein, LuxR  30.25 
 
 		 578 aa  97.4  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0946556 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0081  regulatory protein, LuxR  22.38 
 
 		 589 aa  92  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.318865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0408  regulatory protein, LuxR  25.84 
 
 		 568 aa  87.8  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0801  alpha/beta hydrolase fold  29.62 
 
 		 309 aa  86.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0816  alpha/beta hydrolase fold  29.62 
 
 		 309 aa  86.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0721579 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0813  alpha/beta hydrolase fold  29.43 
 
 		 309 aa  86.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3162  alpha/beta hydrolase fold protein  28.06 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.571946 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  23.95 
 
 		 586 aa  83.6  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1917  alpha/beta hydrolase fold protein  28.32 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0087  hypothetical protein  24.07 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.451342  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4760  alpha/beta hydrolase fold protein  25.69 
 
 		 285 aa  74.3  0.000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0768  LuxR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1870  alpha/beta hydrolase fold  25.52 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.368078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2217  hydrolase, alpha/beta hydrolase fold family  25.52 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0111  alpha/beta hydrolase fold  27.86 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0670852 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4621  alpha/beta hydrolase fold  30.14 
 
 		 273 aa  70.5  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0743  alpha/beta hydrolase fold protein  28.57 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.00683299  normal  0.316768 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2649  alpha/beta hydrolase fold  27.17 
 
 		 316 aa  70.1  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0585324  hitchhiker  0.00353536 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0293  alpha/beta hydrolase fold protein  24.9 
 
 		 267 aa  69.3  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02370  non-heme chloroperoxidase (abhydrolase_1 family)  30.32 
 
 		 274 aa  68.2  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.165493  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1162  alpha/beta hydrolase fold protein  29.71 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2279  non-heme chloroperoxidase  28.31 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.294789  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2036  alpha/beta hydrolase fold  22.91 
 
 		 588 aa  67  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.743168  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2331  alpha/beta hydrolase fold  27.4 
 
 		 274 aa  66.6  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0600878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0514  alpha/beta hydrolase fold  28.99 
 
 		 302 aa  66.2  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3404  alpha/beta hydrolase fold protein  27.37 
 
 		 273 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2625  alpha/beta hydrolase fold protein  26.62 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000189214  hitchhiker  0.00302353 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2004  alpha/beta hydrolase fold  26.76 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.914633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0256  alpha/beta hydrolase fold protein  26.15 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.022774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2997  alpha/beta hydrolase fold  25.38 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0607383  normal  0.79762 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3540  alpha/beta hydrolase  24.22 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.291632  normal  0.258269 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3997  alpha/beta hydrolase fold  27.27 
 
 		 338 aa  63.2  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.481692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3362  alpha/beta hydrolase fold  27.27 
 
 		 290 aa  62.4  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.351371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4854  alpha/beta hydrolase fold  27.73 
 
 		 273 aa  62  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.395513  normal  0.376362 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1463  alpha/beta hydrolase fold  27.47 
 
 		 273 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.879851  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6365  alpha/beta hydrolase fold  27.47 
 
 		 273 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0929699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5284  alpha/beta hydrolase fold  26.81 
 
 		 273 aa  61.6  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3278  alpha/beta hydrolase fold  24.44 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.654015  normal  0.634842 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4969  Alpha/beta hydrolase  27.64 
 
 		 273 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0107972 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1162  alpha/beta hydrolase fold protein  24.5 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1149  alpha/beta hydrolase fold  25.76 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.163686 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7032  alpha/beta hydrolase fold  27.47 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.137031  normal  0.207733 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7960  alpha/beta hydrolase fold protein  23.68 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5209  Alpha/beta hydrolase fold  26.55 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1809  non-heme chloroperoxidase  27.84 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.308788  normal  0.0377897 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2299  alpha/beta hydrolase fold protein  26.62 
 
 		 296 aa  59.7  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0516  alpha/beta hydrolase fold protein  24.9 
 
 		 291 aa  59.7  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.241118 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6134  alpha/beta hydrolase fold  25.09 
 
 		 273 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.639564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2381  putative non-heme chloroperoxidase  26.79 
 
 		 273 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5312  non-heme chloroperoxidase  27.57 
 
 		 273 aa  59.3  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.66387 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3084  alpha/beta hydrolase fold  28.51 
 
 		 235 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4822  alpha/beta hydrolase fold  26.01 
 
 		 340 aa  58.9  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.692836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1605  alpha/beta hydrolase fold  27.01 
 
 		 334 aa  59.3  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5079  alpha/beta hydrolase fold  26.28 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5600  alpha/beta hydrolase fold  25.9 
 
 		 324 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.350573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3170  alpha/beta hydrolase fold  26.28 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5198  alpha/beta hydrolase fold  26.28 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.581838  hitchhiker  0.00844034 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3133  alpha/beta hydrolase fold  27.98 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2407  alpha/beta hydrolase fold protein  26.18 
 
 		 275 aa  58.2  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0419558 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3177  alpha/beta hydrolase fold  26.24 
 
 		 273 aa  57  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0955063  normal  0.862905 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0107  Alpha/beta hydrolase fold  25.64 
 
 		 286 aa  57  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2040  alpha/beta hydrolase fold protein  26.67 
 
 		 274 aa  55.5  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0367886  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3128  alpha/beta hydrolase fold protein  25.7 
 
 		 304 aa  55.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3450  alpha/beta hydrolase fold  26.76 
 
 		 273 aa  55.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3745  Alpha/beta hydrolase  25.53 
 
 		 280 aa  55.1  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.173154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0159  alpha/beta hydrolase fold protein  27.84 
 
 		 277 aa  55.1  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4112  alpha/beta hydrolase fold protein  27.14 
 
 		 278 aa  55.1  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.308124  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5598  alpha/beta hydrolase fold  32.54 
 
 		 273 aa  54.3  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.33887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5814  alpha/beta hydrolase fold  32.54 
 
 		 273 aa  54.3  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.086599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5410  alpha/beta hydrolase fold protein  28.06 
 
 		 322 aa  54.3  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1113  Chloride peroxidase  27.08 
 
 		 324 aa  54.3  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0083  alpha/beta hydrolase fold  26.4 
 
 		 289 aa  54.3  0.000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0797  alpha/beta hydrolase fold  27.51 
 
 		 316 aa  53.9  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0173044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2171  alpha/beta hydrolase fold protein  25.74 
 
 		 281 aa  53.5  0.000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.595309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1567  chloride peroxidase  26.9 
 
 		 274 aa  53.5  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3245  alpha/beta hydrolase fold  25.91 
 
 		 271 aa  53.5  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3239  chloride peroxidase  27.31 
 
 		 273 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.826064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5816  alpha/beta hydrolase fold  24.82 
 
 		 324 aa  53.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.953252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5449  alpha/beta hydrolase fold  29.08 
 
 		 272 aa  52.8  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.343862 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5030  Alpha/beta hydrolase fold  27.01 
 
 		 274 aa  52.4  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.414449 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1153  Alpha/beta hydrolase fold  26.32 
 
 		 299 aa  52.8  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11215  hypothetical protein  25.4 
 
 		 304 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00309878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4771  alpha/beta hydrolase fold protein  24.41 
 
 		 278 aa  52.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0144083  hitchhiker  0.000189374 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2084  alpha/beta hydrolase fold protein  27.37 
 
 		 275 aa  52.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.446473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4478  Alpha/beta hydrolase fold  24.54 
 
 		 272 aa  52  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.785695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5666  LuxR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 363 aa  51.6  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.547238  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6030  LuxR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 363 aa  51.6  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795046  normal  0.297975 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1983  alpha/beta hydrolase fold  25.95 
 
 		 310 aa  52  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0775049  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13341  hypothetical protein  32 
 
 		 308 aa  52  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.650315 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0077  alpha/beta hydrolase fold  26.91 
 
 		 289 aa  52  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.775579  normal  0.0946583 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6520  LuxR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 363 aa  51.6  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514397 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12958  arylesterase (aryl-ester hydrolase)  25 
 
 		 276 aa  51.2  0.00004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3265  Alpha/beta hydrolase fold  25 
 
 		 272 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.279729  normal  0.0341286 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0220  alpha/beta hydrolase fold  25.95 
 
 		 272 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.723702 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2267  alpha/beta hydrolase fold  23.91 
 
 		 278 aa  51.6  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239733 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0189  alpha/beta family hydrolase  25.37 
 
 		 314 aa  50.8  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2561  alpha/beta hydrolase fold  27.41 
 
 		 286 aa  50.4  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0975578  normal  0.452958 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4936  alpha/beta hydrolase fold  26.45 
 
 		 273 aa  50.4  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000404482 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2427  alpha/beta hydrolase fold  28 
 
 		 278 aa  50.4  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>