More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1385 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1385  50S ribosomal protein L13  100 
 
 		 152 aa  317  3.9999999999999996e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2426  50S ribosomal protein L13  83.55 
 
 		 164 aa  270  7e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0464276  normal  0.161189 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1602  50S ribosomal protein L13  82.24 
 
 		 152 aa  262  1e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.206566  normal  0.915061 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2969  50S ribosomal protein L13  78.43 
 
 		 154 aa  261  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0186742  normal  0.340557 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0022  50S ribosomal protein L13  77.78 
 
 		 154 aa  257  3e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.550014  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1651  50S ribosomal protein L13  77.78 
 
 		 154 aa  257  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2176  50S ribosomal protein L13  76.47 
 
 		 154 aa  253  8e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1164  50S ribosomal protein L13  64.71 
 
 		 153 aa  219  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529766  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0862  50S ribosomal protein L13  64.71 
 
 		 154 aa  215  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1322  50S ribosomal protein L13  64.71 
 
 		 154 aa  215  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1873  ribosomal protein L13  65.56 
 
 		 156 aa  214  4e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.948163 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0901  50S ribosomal protein L13  64.47 
 
 		 154 aa  213  5.9999999999999996e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.469735  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1514  50S ribosomal protein L13  64.05 
 
 		 154 aa  213  7e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.8697  normal  0.477541 
 
 
-
 
NC_004310  BR0791  50S ribosomal protein L13  64.67 
 
 		 154 aa  212  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.532879  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0787  50S ribosomal protein L13  64.67 
 
 		 154 aa  212  9.999999999999999e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.945783  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1235  50S ribosomal protein L13  64.71 
 
 		 154 aa  212  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.751554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1682  50S ribosomal protein L13  62.75 
 
 		 154 aa  212  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0124683  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1378  ribosomal protein L13  63.82 
 
 		 156 aa  211  2.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0874566 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0148  50S ribosomal protein L13  63.4 
 
 		 153 aa  211  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2495  50S ribosomal protein L13  64.67 
 
 		 154 aa  211  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4612  50S ribosomal protein L13  63.4 
 
 		 153 aa  210  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0118736 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1178  50S ribosomal protein L13  63.4 
 
 		 153 aa  210  5.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.130484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1421  50S ribosomal protein L13  62.09 
 
 		 154 aa  209  7.999999999999999e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.356798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2455  50S ribosomal protein L13  62.09 
 
 		 154 aa  209  7.999999999999999e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.409282  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2707  50S ribosomal protein L13  63.4 
 
 		 154 aa  209  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.613136  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2671  50S ribosomal protein L13  62.75 
 
 		 154 aa  208  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.133439 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2842  50S ribosomal protein L13  62.75 
 
 		 153 aa  207  5e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.890414 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2619  50S ribosomal protein L13  62.75 
 
 		 153 aa  207  5e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.161745 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3106  50S ribosomal protein L13  62.09 
 
 		 154 aa  206  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.668534  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2649  50S ribosomal protein L13  62.09 
 
 		 153 aa  205  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0243  50S ribosomal protein L13  64.19 
 
 		 159 aa  203  6e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.396614 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2152  50S ribosomal protein L13  60.78 
 
 		 154 aa  202  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0607483  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2696  50S ribosomal protein L13  60.78 
 
 		 154 aa  201  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0952933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2937  50S ribosomal protein L13  61.18 
 
 		 187 aa  200  5e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000493547 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4592  50S ribosomal protein L13  58.82 
 
 		 154 aa  197  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2250  50S ribosomal protein L13  59.06 
 
 		 158 aa  197  6e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4344  50S ribosomal protein L13  57.52 
 
 		 153 aa  196  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.284229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4595  50S ribosomal protein L13  60.81 
 
 		 159 aa  192  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1477  50S ribosomal protein L13  59.73 
 
 		 160 aa  191  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.207503 
 
 
-
 
NC_002978  WD0067  50S ribosomal protein L13  54.61 
 
 		 152 aa  182  2.0000000000000003e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3026  50S ribosomal protein L13  55.26 
 
 		 157 aa  181  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3286  50S ribosomal protein L13  57.43 
 
 		 159 aa  179  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0822  50S ribosomal protein L13  53.95 
 
 		 156 aa  176  1e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.865147  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0246  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 144 aa  175  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0124742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1019  50S ribosomal protein L13  51.97 
 
 		 156 aa  172  9.999999999999999e-43  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0840  50S ribosomal protein L13  52.63 
 
 		 152 aa  171  1.9999999999999998e-42  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.637892  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16870  50S ribosomal protein L13  55.94 
 
 		 147 aa  171  3.9999999999999995e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2077  50S ribosomal protein L13  54.55 
 
 		 142 aa  170  6.999999999999999e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3497  ribosomal protein L13  59.42 
 
 		 150 aa  168  3e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000146493  normal  0.686311 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1340  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 		 149 aa  166  9e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100491  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1346  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 		 149 aa  166  9e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000278561  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0429  ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 154 aa  166  1e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.669525  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0252  ribosomal protein L13  51.35 
 
 		 149 aa  166  1e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0969  50S ribosomal protein L13  52.08 
 
 		 144 aa  165  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.476944 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1881  ribosomal protein L13  51.72 
 
 		 144 aa  164  2.9999999999999998e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.366723  normal  0.0642672 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0794  50S ribosomal protein L13  56.64 
 
 		 144 aa  164  4e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000346357  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1747  50S ribosomal protein L13  54.86 
 
 		 142 aa  164  5.9999999999999996e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000679553  normal  0.257999 
 
 
 
NC_008531  LEUM_0230  50S ribosomal protein L13  52.78 
 
 		 147 aa  163  5.9999999999999996e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00330553  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0735  ribosomal protein L13  49.65 
 
 		 145 aa  163  6.9999999999999995e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0901  50S ribosomal protein L13  52.45 
 
 		 143 aa  162  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000118039  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0922  50S ribosomal protein L13  53.42 
 
 		 147 aa  162  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23250  LSU ribosomal protein L13P  53.62 
 
 		 147 aa  161  2.0000000000000002e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  53.85 
 
 		 142 aa  162  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2607  50S ribosomal protein L13  50.69 
 
 		 144 aa  161  3e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0161967  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0721  ribosomal protein L13  53.79 
 
 		 151 aa  160  4.0000000000000004e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0726  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 		 144 aa  161  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.618323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0720  50S ribosomal protein L13  50.35 
 
 		 147 aa  160  5.0000000000000005e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2994  50S ribosomal protein L13  53.96 
 
 		 143 aa  160  5.0000000000000005e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.348957  hitchhiker  0.00829551 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4943  50S ribosomal protein L13  52.08 
 
 		 144 aa  160  6e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04440  50S ribosomal protein L13  53.24 
 
 		 150 aa  160  6e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.913726  normal  0.278676 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3106  ribosomal protein L13  51.05 
 
 		 147 aa  160  6e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0798  50S ribosomal protein L13  54.17 
 
 		 142 aa  160  6e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1685  ribosomal protein L13  52.74 
 
 		 147 aa  160  6e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6565  50S ribosomal protein L13  49.32 
 
 		 147 aa  160  7e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.870556  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1155  50S ribosomal protein L13  51.41 
 
 		 146 aa  159  9e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.291819  normal  0.013183 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0744  50S ribosomal protein L13  51.75 
 
 		 142 aa  159  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000518641  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4284  ribosomal protein L13  53.62 
 
 		 147 aa  159  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2836  50S ribosomal protein L13  53.85 
 
 		 142 aa  159  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0137  50S ribosomal protein L13  52.45 
 
 		 145 aa  159  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000751399  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0732  50S ribosomal protein L13  51.05 
 
 		 142 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000680495  hitchhiker  0.00347567 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2207  50S ribosomal protein L13  51.05 
 
 		 142 aa  159  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146726  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0723  50S ribosomal protein L13  51.05 
 
 		 142 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000205135  hitchhiker  0.00003559 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0144  50S ribosomal protein L13  51.05 
 
 		 145 aa  159  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000514694  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2613  ribosomal protein L13  52.45 
 
 		 147 aa  159  1e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.888861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3652  50S ribosomal protein L13  51.05 
 
 		 142 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055141  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0211  50S ribosomal protein L13  53.52 
 
 		 142 aa  159  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000131451  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0136  50S ribosomal protein L13  53.15 
 
 		 145 aa  159  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000986136  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02460  50S ribosomal protein L13  48.95 
 
 		 142 aa  158  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000118525  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01510  50S ribosomal protein L13  48.95 
 
 		 142 aa  158  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.25739e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2918  50S ribosomal protein L13  51.37 
 
 		 147 aa  159  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4534  50S ribosomal protein L13  51.05 
 
 		 142 aa  158  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1315  50S ribosomal protein L13  51.05 
 
 		 142 aa  158  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.161959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1565  50S ribosomal protein L13  53.47 
 
 		 142 aa  157  3e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000267326  normal  0.325038 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4694  50S ribosomal protein L13  51.75 
 
 		 142 aa  158  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00889549  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4741  ribosomal protein L13  56.2 
 
 		 147 aa  158  3e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000831745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2355  50S ribosomal protein L13  52.9 
 
 		 149 aa  158  3e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.310176  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4409  50S ribosomal protein L13  51.05 
 
 		 142 aa  158  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.867094  normal  0.414733 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0946  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 		 145 aa  157  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000305629  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1693  50S ribosomal protein L13  48.65 
 
 		 149 aa  157  4e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0818735  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1062  50S ribosomal protein L13  53.15 
 
 		 144 aa  157  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000039802  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>